在一百年前，人类的天敌“巨人”突然出现，针对性地消灭了大部分的人类，剩余的人类建立了三道同心圆高墙，最外围的是玛利亚之墙、中间是罗塞之墙、最内侧是席纳之墙，并在城墙的保护下和平生活了百年，大部分的人类安于现状，但艾伦却认为如果无法去城外探索，那么人类就像被眷养的家畜一样，然而就在某一天，超大型巨人以及盔甲巨人的突然出现，打破了玛利亚之墙百年来的防御，居民们被迫迁移至罗塞之墙内，而亲眼目睹妈妈被巨人杀害的艾连一行人，则立下誓言要杀光所有巨人，并加入了训练兵团…
第1话：给二千年后的你
过去人类用自己的力量打败巨人，找到人类做出的「墙外据点」才有现在安全的家。845年西甘希纳区，艾伦做了个可怕的恶梦，梦到「那一天人类想起了过往，想起了被那些家伙支配的恐惧，以及被囚禁在鸟笼里的耻辱」，但艾伦醒来后忘记这个梦的内容，脸上却满是泪痕。
生活在玛利亚之墙内的居民，已经度过了一百年的和平生活，因为这期间从未有巨人能越过高五十公尺的玛丽雅之墙，导致城内的驻扎兵团心态十分松懈散漫，每每在值班时间都是饮酒作乐。后来遇到守城门的汉尼斯先生在执勤时喝酒漫不经心的样子让艾伦不高兴这样如何和外面闯进来的家伙们战斗。
艾伦一副想要加入调查兵团的样子，米卡莎苦心劝他别加入，同时，调查兵团正好回来墙内，不过当中一个成员与艾伦对眼时却移开视线，原来是氛围很低落，只有这些人活着回来。
当中一个士兵的母亲失去儿子崩溃大哭，只想问儿子也没有成为人类反击的助力，却没想到将军说这次的调查也完全没有收获，没能知道外面那些家伙的真面目，这消息对艾伦来说很震惊，而其他村民开始说着交税金给调查兵团只是在养肥他们。
回到家，米卡莎突然在餐桌上说艾伦要加入调查兵团，母亲非常担心，父亲则是冷静地问为什么，艾伦表示自己不想要不明不白地在墙内躲一辈子，更何况需要有人传承这工作，才不会让过去已经牺牲的人白白死掉，父亲并没有反对，甚至说回来后会给艾伦看他地下室珍藏的东西。
阿尔敏被欺负时，米卡莎和艾伦及时赶到，才知道阿尔敏是因为说人类迟早要到外面的世界去而被视为异教徒，政府也禁止人类对外面世界感兴趣，毕竟怕把外面的巨人引进来。
说着说着，突然来一声闪电爆炸，眼前竟然就突然出现艾伦梦中的景象，巨人爬上50公尺高的墙，巨人们闯进来摧毁墙和家园，艾伦的家被砸碎，妈妈被压在瓦砾底下，妈妈要艾伦和米卡莎快跑， 此时汉尼斯出现，他发现自己竟然没有勇气对抗巨人，只好依照卡露拉的希望把两个孩子救走，而艾伦则是眼睁睁地看着妈妈被冲进来的巨人吃掉。