平行志愿按照“分数（位次）优先、遵循志愿、一轮投档、一档一投”的原则进行投档。
一是“分数（位次）优先”。即：考生与考生之间比位次，同分也要按照排序规则排出顺序，位次高的考生要先投档，哪怕仅仅高一个位次。假设考生福福排在第1000位、建建排在第1001位，则福福第1000个被检索投档，当对福福的检索投档结束后，才开始对建建进行检索投档，以此类推，直到完成对最后一位考生的检索投档。所以，位次低的考生须等位次高的考生填报的所有志愿都检索投档结束后，才轮到自己投档。
二是“遵循志愿”。即：考生自己的志愿与志愿之间比顺序，当轮到某一考生投档时，计算机会自动严格依据考生所填报志愿的顺序，从第一到第二，再到第三……依次检索投档。假如考生福福的平行志愿按照想去院校专业组的先后顺序，依次是A、B、C、D、E、F……则先检索A院校专业组，若A院校专业组招生计划有空额，就投到A院校专业组，后面的志愿不再进行检索。若A院校专业组招生计划已满额，则检索B院校专业组，若B院校专业组招生计划有空额，就投到B院校专业组，后面的志愿不再进行检索，以此类推。所以，平行志愿也是有先后顺序的，考生要根据自己的意愿填报。投出档案都被视为第一志愿，由高校择优录取。
三是“一轮投档、一档一投”。平行志愿不是“多轮投档”也不是“一档多投”，不管是常规志愿，还是征求志愿，每轮次投档时考生都至多只有一次投档机会。也就是说，不管考生填报几个院校专业组或专业志愿，只要计算机按顺序检索后投档到某个院校专业组或专业了，该生的本轮次检索投档就结束了。即使投档后学校按规定将其退档，该生也不能再投档到其本轮次填报的其他志愿，而只能参加本批次征求志愿或下一批次志愿的投档。
（来源：福建省教育考试院、福建省教育厅）
对于平行志愿，需要提醒一下大家，虽然对于院校来说，每个同学的志愿都是一样的，但是，投档顺序是分数高的同学优先投档，那就是往年很多人问的，“老师我高考500把这个学校放在第30个志愿，其他人490分放在第一志愿会不会比我先投档录取”，平行志愿下，只要你成绩比其他人高，就算你把志愿放在最后一个，也会比分数低的同学优先投档。
另外，还要提醒大家的是，平行志愿下，你自己的40个志愿顺序很重要，考试院在对你的志愿投档的时候，是会看你的志愿顺序，比如你620分，第一志愿是福大，第二志愿是厦大，那就是会被福大录取，而不是被往年分数更高的厦大录取了，所以，自己的志愿规划顺序很重要！
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