1931年，孔原因向忠发的背叛而意外地成为了江苏省委组织部部长，从此踏入了风云变幻的隐蔽战线。当年的上海，共产党中央机关遭受重创，孔原的任务是在极端困境中重建破碎的组织。
1933年的春末，孔原北上，秘密在东北建立起抗日武装力量，他与散居的东北民众联络，鼓励他们举起武器，开展游击战争。在寒风刺骨的长城脚下，他与察绥抗日同盟军的将领们密谋策划，图定未来行动。
孔原后来又潜回繁华的上海，继续他的地下工作，甚至秘密前往莫斯科参加了共产国际的大会。他的行动如同行走在刀尖上，每一步都需极度小心。
1939年，随着南方局的组建，孔原面临的挑战更为艰巨。国民党的反共力量汹涌澎湃，毛主席指示要利用一切机会稳扎稳打。孔原这时接任了南方局组织部部长，与周恩来一同策划和实施抗日救国活动。
在风起云涌的重庆，孔原一边构建西南工作委员会，一边与周恩来密切协作，提出多项具有前瞻性的策略。他们在城市的阴影中筹划，如何在充满敌意的环境中保持党的活力和安全。
国民党的猛烈追捕使得情况更加复杂。孔原制定了一套严密的保密工作规定，特别翻译了季米特洛夫的传记，通过报纸传播这位革命英雄的故事，以提高地下工作者的士气和警觉性。
1942年，一位泪眼婆娑的女地下党员找到了孔原，她在暗无天日的地下工作中感到极大的压力和孤独。孔原倾听她的倾诉，然后以极大的耐心和同情，逐步化解她的疑惑和恐惧，最终让她重新坚定了信念。
在这一系列的努力下，周恩来最终制定了“十六字”方针，为国统区党组织的稳固与发展奠定了坚实的基础。
随着抗日战争的结束，孔原的战斗舞台从战场转移到了政治的前线。尽管他未曾成为中央委员，但刘少奇在向毛主席的电报中提到了孔原，显示出中央对他的高度重视。孔原被派往资源丰富的东北，参与那里的党的重建和治理工作，直至新中国的曙光初现。
1949年的某个夏日清晨，孔原接到了进京的通知。在京城的一个清净的书房内，周总理亲自会见了他。周总理直言不讳地表达了中央的决定：孔原将负责筹建新中国的海关总署。面对一个自己并不熟悉的领域，孔原感到迷茫，他诚恳地表达了自己的担忧。
然而，周总理坦然地对他说，“不了解业务不是障碍，关键是你的领导和组织能力。”他细致地向孔原解释了海关在国家经济中的核心地位，以及它如何被外国利用作为掠夺中国资源的工具。在封建军阀和帝国主义的双重压迫下，中国海关长期未能真正服务于国家。
周总理的话让孔原深受感动，最终接受了这一重任。按照周总理与陈云的指导，孔原召集了来自全国各地的海关工作人员，组织了一场座谈会。在会上，他详细阐述了筹建海关总署的重要性和紧迫性，并听取了来自基层的声音。
这次座谈会的讨论结果显示，全国的海关管理方法各异，急需统一标准以便更高效地服务于国家。在这次会议的推动下，全面的筹备工作随即展开，最终在孔原的卓越领导下，海关总署正式成立。
孔原担任首任海关总署署长，迎接了海关完全回归国家主权的历史性时刻。在他的主导下，制定了《暂行海关法》及相关的进出口税则，确立了30多个关键的海关业务规章制度。
在新中国建立之初，孔原及其团队面临的最大挑战之一是反走私。走私活动在旧中国时期已经猖獗到极点，新政府成立后，这一活动如果不加以遏制，将严重影响国家的经济安全。孔原与他的团队通过严格的监管和有效的关税政策，逐步控制了边境的走私问题，确保了国家经济的健康发展。
在抗日战争的硝烟散去后，孔原依旧未居高位，却被赋予了重建东北的艰巨任务。毛主席在刘少奇的电报中读到了孔原的名字，一个在东北默默耕耘的老战士，中央的高度重视显而易见。
新中国筚路蓝缕之际，1949年的夏风吹过北京的长安街，孔原接到了召回京城的命令。周恩来总理亲自接见了他，在那间布置简朴的书房里，总理直截了当地布置了一个全新的任务——建立新中国的海关总署。
面对这一重要而陌生的任务，孔原本能感到不安，他坦承对海关工作知之甚少。然而周总理用他那独有的平和与智慧，详述了新中国建立海关的迫切需要：“海关不仅是国家的门户，更是经济安全的第一道防线。”
在周总理的鼓舞下，孔原接受了这一挑战。他组织了一次全国海关工作人员的座谈会，就如何打造一个全新的、服务于人民的海关体系进行了广泛讨论。座谈会上，孔原详尽地解释了海关统一的必要性和其对国家安全的重要性。
在孔原的推动下，海关总署很快成立，他被任命为首任署长。在他的领导下，新中国的海关不仅彻底改变了旧中国时期被外国控制的局面，还建立了一套有效的反走私机制，大大增强了国家的经济实力。
随后，孔原的职责更为重大，他在1953年被任命为对外贸易部副部长。在这个岗位上，他不仅监督国家的进出口业务，还代表中国与朝鲜签署了援助协定，巩固了两国的友谊与合作。
进入1962年，孔原再次转战新的战线，接替逝去的李克农成为中央调查部部长。在人民大会堂的庆祝大会上，孔原与其他中央领导一道，向人民挥手致意。正是在这样的公众场合，他锐利的目光发现并阻止了一起潜在的暗杀企图。
退居幕后后的孔原，在政协和人大中继续贡献他的智慧和经验。他特别关注了张国庶夫妇的案件，经过深入调查，终于洗清了张国庶一家的冤屈，使他们得以恢复名誉。
1988年，孔原以他对国家的非凡贡献被授予一级红星勋章，成为非军人获此殊荣的少数人之一，这不仅是对他个人的肯定，也象征了他一生为国家、为人民所作出的无私奉献。
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