1959年，庐山会议后，洪学智受牵连而离开总后勤部长位置。上级把在高等军事学院学习的邱会作任命为部长，这对于邱会作来说是突然的。总后勤没人了没，怎么从外面挑选一位，成为当家人？
周总理对物色总后勤部部长曾经找过罗帅，他提出带继续用四方面军将领，如王新亭、王宏坤都是不错人选。但意见没被采纳，或许首长已经隐约感到此次用人是分比寻常。也就是说继续维持此前的用人平衡可能要改了。他对罗帅说，这是他们个人之间的探讨。
当总参谋长一职，林彪推荐罗瑞卿担任，此时总后勤部人选的范围也就锁定了，必须从红1军团中选择。
此时总参谋长是红1军团的罗瑞卿，目前总政部主任是红1军团的谭政，总后勤自然而然还是红1军团的人，选择了邱会作。
邱会作不是后勤的门外汉！
在土地革命时期就干过后勤供给，还干过财务，有一定的经验。
1954年，他从中南军区调任总后勤部副部长兼副政委，因为黄克诚的精力在总参和军委，后勤工作主要由洪学智、邱会作牵头负责。仅仅工作2年，因洪学智调任部长，他就离开去高等军事学院脱产学习了，学制3年。
1959年，庐山会议后，洪学智被免职，在物色人员上，一开始并没有确定的人选，或许邱会作被选中也是参考总参。
当时，总后勤部副部长中，最有资历的是张令彬，从土地革命时就一直干后勤，一直到没换过其他岗位。可以说资历深，经验丰富，唯一一点就是年龄偏大。那时候的他已经57岁了，而且总后勤需要一个有能力，有经验，精力旺盛的人来担任最合适。
那时候总后勤不少都是老干部，政委李聚奎55岁，汤平56岁等等，而邱会作才45岁。
总后勤部随着抗美援朝，地位日益凸显，虽然很多人还有不少旧观念，认为干后勤没出息。可是未来战争打得就是粮草，抗美援朝是深有体会。要改变这样的观念，把后勤工作抓起来，也是势在必行的事情。
客观上讲，邱会作的业务能力还是可以的，很多人曾经夸他精明能干。不然，上级不会把如此重要的位置给他，他也不会在这个位置一干就是十几年。当然，功是功，过是过。他此后的错误得到最终的审判。