十三个直辖县（新竹、苗栗、彰化、南投、云林、嘉义、屏东、台东、花莲、宜兰、澎湖、金门、连江）
1新竹
新竹旧名为『竹堑』，缘于本地以前为平埔族中的道卡斯族之竹堑社的居住地而来。清雍正元年之后，本地成为『淡水厅』的所在地，一直到光绪元年，台北建府后，改淡水厅为『新竹县』，才有新竹的地名。『新竹』的意义，乃是指在竹堑所新设之县。或云取竹堑之竹字，期其地之日新又新，故名新竹。
2宜兰
宜兰旧称『噶玛兰』或是『蛤仔难』，这些名称都是翻译自原来居住于宜兰平原上的平埔族噶玛兰族的族名，后来到了清光绪元年，在此设县，县名即是在原 来的『兰』字上，加上『宜』这个文雅的字，成为宜兰县，而一直沿用至今。
3苗栗
本市旧称为『猫里』，因早期此地为平埔族道卡斯族之『猫里社』所居。『猫里』是平原的意思。
4彰化
彰化从前称为「半线街」，是平埔族中巴布萨族半线社的所在地。雍正元年乃改称彰化。「彰化」一称之由来，据福建巡抚王绍兰「彰化县碑记」中的一段话：「实获众心、保域保民、彰圣天子、丕昌海隅之化欤」，可得知『彰化』就是显彰皇化的意思。
5云林
始於清朝在嘉义县与彰化县之间设置新县时，县治位在沙连堡林圯埔近郊的九十九崁云林坪上，遂将之命名为云林县，
6南投
南投之地名由来于洪雅平埔族（Hoahya）社名南投社。据诸罗县志所载：「东为南投山，内社二，溪南（猫罗溪）为南投，溪北为北投」。由此可窥知汉人以其对北投译音社名之位置关系而命名为南投社。
7嘉义
地名由来有二说:一、嘉义昔称『诸罗山』，这是出自于当地的平埔族洪雅族『诸罗山』社之译音。二、由于本地地形诸山罗列，故原名诸罗。后因清乾隆51年(西元1786年)林爽文之乱，淡水、彰化曾先后陷落，猪罗被困，军民不屈，清高宗获悉乃于次年赐名为嘉义，以示嘉许全城军民义举。
8屏东
屏东市昔称「阿猴」，是原住民方言谐音；后来又成为平埔族阿猴社民的部落，所以也称「猴社」、「阿猴寮」。又由于全市的地形好像一只坐着的猴子，故称「阿猴」，日据时期因猴字不雅而将「犬」部改为「糸」部。后来发现此地是位于高雄半屏山之东，所以按照位置来取名为「屏东」。
9澎湖
澎湖县旧称平湖、澎瀛、澎海、西瀛、岛夷和菊岛,于16世纪被欧洲人称为渔翁岛,因港外海涛澎湃,港内水静如湖而得名。
10花莲
在花莲溪口一带，由于外海港湾有黑潮暖流由南向北流，碰到凸出的海岸地，溪水注入和海浪冲击形成「洄澜状」，汉人见了，就把这处海港叫做「洄澜港」；由于台语「洄澜」和「花莲」发音相近，清代时雅化为「花莲港」，日据时期简称「花莲」。
11台东
清光绪年间，台湾建省之后，增设直隶州于此，当初以其位居台湾之东部，故命名为台东直隶州，『台东』之地名便是由此而来。台东以前为卑南、阿美族定居之地，清咸丰五年才有汉人与平埔族移入，道光年间形成聚落称「宝桑庄」，光复后设镇「台东镇」，民国六十五年升为市。
12金门
古称“浯洲”、“仙洲”等，唐德宗贞元十九年（公元803年）为牧马监地，五代时编入泉州属地，1915年1月正式设县，以“固若金汤、雄镇海门”之意而称“金门”
13连江
因县境有一独流入海的小江名连江,县因江名。
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