1895年中日《马关新约》签订，标志着中国在甲午战争中的惨重失败。1896年6月，中国第一批留日学生到达东京就读。学者一般认为，这是中国政府正式向日本派遣留学生起始的一年。从此开始，清朝逐渐兴起了去日本留学的热潮，在1900以后清朝留学欧洲的公费自费生不足2000人，而留学日本的有2.5万。那么现在我们主要来回答以下两个问题。
一、为什么那么多留学生选择留学日本
日本文明可以说中国文明的学生，以往历史上日本与中国的几次交手，无不以日本战败告终，但甲午战争中国竟然输给了小国日本。这让中国朝野之中，许多人想不明白，因此当时便有大臣奏请派学生赴日留学之议。张之洞的《劝学篇》被皇帝颁发各省，留学日本便被确立为政策。往昔的弟子，昨日的敌国，于今成为中国学子问学之所，变化何其巨大。前引《劝学篇》说，二十年前，日本派人去西洋或学政治工商，或学水陆兵法，“学成而归，用为将相。政事一变，雄视东方”，其显效如此。“日本小国耳，何兴之暴也”，中国人要去看一看，日本人怎样学习西方，使自己强盛起来的。张之洞说：“中东情势风俗相近，易仿行，事半功倍，无过于此”。
当年1896年仅有13人赴日留学，但此后数年留日人数增加并不多，一直到1898年，日本公使矢野文雄才第一次与清朝正式商谈，以日本政府每年可资助200名清朝留学生为条件，来换取日方在福建修筑铁路的权益。
而清朝真正爆发赴日留学潮要到八国联军侵华之后。1902年以前二年，八国联军武装侵略中国，并在1901年9月7日同清政府签订了严重损害中国独立主权的《辛丑和约》，《辛丑和约》彻底打醒了清王朝，使顽固派名声扫地，进而引发当时留学国外的热潮。日本也从《辛丑和约》规定的对外赔款中获得了巨大的一份，于是1902年中国留日学生人数猛增。
1905年，日俄两国在美国撮合下签订《朴茨茅斯和约》，宣告了日本取得日俄战争的胜利。当日本与俄国的军事和经济实力相差悬殊：俄国陆军常备军人数是200万、日本是20万；俄国年财政收入是20亿日元，日本是2.5亿日元。未曾想到，貌似庞大的俄国却败在日本手下，证明了亚洲人也能打败欧洲人，时至今日，日本仍对日俄战争津津乐道。安倍在2015年8月14日发表的“安倍谈话”中一开始便称：“日俄战争鼓舞了许多处在殖民统治之下的亚洲和非洲的人们。”日本获胜，对中国人的刺激自然是极其强烈的。据报道，这年底，留日中国人约达8600之多。1906年大约也有8000之谱。
可见日本通过变法迅速强大，不仅战胜清王朝，还打败了欧洲列强，给中国人乃至全亚洲人都带来了极大的刺激。所以当时的中国人也想学习日本变法图强，实现民族独立，打败西方列强。
二、日本为什么允许那么多中国留学生来日本学习？
由于日本是当时列强中唯一的亚洲国家，所以日本为防止被欧洲列强孤立，在国内十分流行“亚细亚主义”，那就是日本应该带领清朝、朝鲜、越南等东方亚洲国家，联合起来与西方的欧洲列强对抗。
而吸引亚洲留学生来留学是日本成为亚洲精神领袖的最好办法。正如唐朝时期日本派遣唐使来中国，回国后就日本就实现了中国化，以后长期与中国友好。当时日本政府也认为“清政府若是模仿日本的兵制，清朝的军事就会日本化，理科的留学生在日本学习了器械知识，日本的工商业就会扩张到清朝；文科的学生学习了日本的社会制度后，日本的势力就会毫无疑问地扩展到大陆。”
因此，日本允许有资助清朝大量派遣留学生赴日留学，以实现从思想文化上控制清朝，蒋介石留学日本振武军校期间，每月有13块日元的生活补助，其中10日元为清政府补贴，另外3元则是日本政府补贴。
可见，日本允许清朝大量派遣留学生赴日留学，是因为当时的日本政府想通过文教来控制清朝。而之所以后来日本侵华，主要是当时日本军方的一些战争狂人，刺杀了首相，取得了战争的决策权，日本从此放弃文教手段，改用武力手段侵略中国。近代中国留学日本的热潮也就此终结。