距今4500年前，神农统治日衰，于是出现诸侯割据，形成了炎帝、黄帝、蚩尤三股势力，即上古三国鼎立。最终，黄帝先在阪泉之战中击败炎帝，后在涿鹿之战中击败蚩尤，完成了上古的统一霸业。
然而问题在于，炎黄蚩为何会爆发战争？对于4500年前的先民来说，要么为争权、要么为信仰、要么为掠夺、要么为生存的资源，那么炎黄蚩的战争原因到底是哪一个呢？考古发现改写认知，爆发战争的原因极有可能只是一场吃什么的路线之争。
关于黄帝始源地，如今通常认为是在西部陕西一带，但学者王宁在《“黄帝”考源》中指出，“黄帝传说本起源东方，而后随民族之迁徙而散播于四方”。笔者认为，如今可以基本确认蚩尤源于东部，那么黄帝也应该来自东部。
荀子说“古者汤以薄、武王以镐，皆百里之地也”，孟子说“夏后、殷、周之盛，地未有过千里者也”，现代考古也基本证实这种说法的可信度。夏商周时尚且如此，那么交通能力更差的洪荒时代，黄帝、蚩尤能否率军数千里大跃进，然后两者相战于涿鹿（据说在如今河北张家口）？
即便大军可以千里跃进，但战争理由呢？上古地广人稀，完全可以容得下黄帝、蚩尤、炎黄三部肆意的扩展。既然如此，又何必拼得你死我活？
以此逻辑来看，黄帝不太可能源自西部，更可能与蚩尤部落相邻，甚至就是同一个大部落里的不同部族。史记上说，神农氏世衰后，导致诸侯割据，因此黄帝、蚩尤就可能是神农朝统治时的两个部族。
其实，不从逻辑上看，史料上也更倾向于黄帝始于东部，比如司马迁说黄帝源于河南郑州一带，孔子说黄帝是少昊之子，《今本竹书纪年》记载“黄帝轩辕氏，母曰附宝，生帝于寿丘（在山东曲阜）”。关于少昊，周初秦人西迁，将其信仰的少昊带到西部，从而导致少昊成为西方白帝。正因如此，宋代真宗时在山东寿丘建造景灵宫，共有1320间，玉雕黄帝像，用最高的太庙礼仪祭祀黄帝。
除此之外，综合史书记载，笔者认为黄帝生于姬水之畔，实际应该是济水之畔，姬水之姬与河水毫无关系，不太符合中国的造字规律。当然，也可能先有姬族，后有姬水，只是历史上这种情况较为少见。
总之，无论从史料上，还是从逻辑上看，黄帝极有可能源于鲁西豫东，与蚩尤相距不太遥远，甚至就是一个部落里的两个部族，所以双方才会爆发冲突。
正史对黄帝蚩尤之战的过程，记载的比较简略，基本上只有“黄帝蚩尤战于涿鹿”，但在《山海经·大荒北经》中却有一段神话传说。
相传，蚩尤主动攻打黄帝，随后黄帝派应龙作战，应龙掀起洪涝灾害，准备水攻蚩尤。蚩尤召开风伯雨师，也以水攻黄帝。于是，双方一度僵持不下，但不久之后黄帝派遣女魃出战，导致雨止、大旱，随后黄帝杀死蚩尤。
黄帝蚩尤之战中，黄帝得到应龙、女魃，其他版本中还有九天玄女等的帮助，这些超自然的援助自然不可信，但阅读神话故事，最关键的不是古人说什么，而是古人为何这么说！在黄帝蚩尤之战中，古人为何用代表雨水的应龙与代表干旱的女魃，来帮助黄帝战胜蚩尤？
根据黄蚩神话之战，应龙代表蓄水，女魃代表干旱，都指向了极端天气。以现在的眼光来看，黄帝蚩尤之战持续时间较长，甚至长达几年，中间遭遇极端洪涝、与极端干旱。那么，在这种极端气候下，黄帝战败了蚩尤的原因到底何在？原因很简单，相比于旱作粟米（种植地势可以较高），水稻生长条件比较苛刻，一般生长在低洼临水地区，很怕洪涝与干旱。
一般来说，中国古代是“南稻北粟”，后来变成“南稻北麦”，但现代考古改写认知，至少在山东河南地区，早在距今5000年左右时，就已经开始种植水稻。
在山东地区，从大汶口文化中期到龙山时代早期，山东烟台杨家圈遗址与大仲家遗址，日照尧王城遗址（距今4500年）等，其中都发现过碳化水稻。不过，没有证据表明当时水稻种植成为主流，大概是主粮的补充。
在河南地区，河南考古研究院蓝万里指出：在龙山（4500年前—4000年前）至二里头时期，河南农业主要还是以粟黍为主，但稻米已经相当普及，“五谷”的传统农业格局已经形成。其中，疑似夏都的新砦遗址、二里头遗址先民们，都是以水稻为主粮。
因此，黄帝击败蚩尤的原因，极有可能是因为蚩尤大力种植水稻，却遭遇到极端天气，导致粮食危机，进而被黄帝击败，或者说蚩尤推广失败遭遇信任危机，在水稻与粟米的路线之争中失败，从而黄帝在权争中胜出。至于极端天气与应龙女魃的出现，可能是黄帝为了神化自己，也可能后人据此编造而来，而失败的蚩尤则被污名化。
对于黄帝蚩尤爆发战争的原因，除了路线之争外，还可能是争夺资源。学者钟阿城认为是蚩尤代表的先进的稻作文明，和黄帝代表的落后的粟作文明，对资源的争夺战。笔者认为，水稻过多占用水资源，影响粟米种植，可能也是双方冲突的重要原因之一。
纵观中国数千年历史，很多重大事件都与粮食问题息息相关，比如陈胜吴广起义、黄巾起义、黄巢起义、李自成起义、太平天国运动等，后世尚且如此，洪荒时代的黄帝、蚩尤更会遇到粮食问题，尤其当时还面临种什么的路线问题。所以，黄帝蚩尤因为粮食问题爆发冲突，其实非常符合历史逻辑。