1954年，批判胡适思想风起，遂愈演愈烈。在这场运动中，不要说胡适原本的对立者，就连他以前的朋友故旧，乃至学生都一起上阵，对胡适方方面面的思想都进行了强烈批判。
大量批判胡适的文章纷纷见报，其中重量级的就有150多篇200多万字，汇编成八册《胡适思想批判》，由三联书店出版。作者包括了汪子嵩、李达、艾思奇、胡绳、金岳霖等。
其中表现最激进的是郭沫若，他曾对《光明日报》的记者说：“胡适的资产阶级唯心论学术观点在中国学术界是根深蒂固的……我们在政治上已经宣布胡适为战犯，但在某些人的心目中胡适还是学术界的‘孔子’。这个‘孔子’我们还没有把他打倒，甚至可以说我们还很少去碰过他。”
郭沫若为批判胡适运动定了调子，教授学者们便争先恐后地按着这样的调子批判胡适。郭沫若关于胡适和蒋介石是“一文一武，难兄难弟”的一段话，常被当作经典引用。
然而在这场轰轰烈烈的运动中，却唯独不见一个人。即胡适最为得意的弟子，也是最早与他划清界限，分道扬镳的吴晗。
毫无疑问，对于吴晗的学术生涯，影响最深的是胡适。甚至可以说，没有胡适就没有后来的吴晗。
吴晗少年家贫，考上上海吴淞的中国公学后，想转入北大读书。1931年，吴晗同时参加了北大和清华的转学生考试。吴晗的中国文史根底很好，胡适对他的评价是“功力判断都不弱”，但是他理科极差，数学得了零分。
照理来说，吴晗是无法被录取的，还好有胡适。胡适觉得这是个难得的人才，便写信给清华代理校长翁文灏和教务长张子高：
“此人家境甚贫，本想半工半读，但他在清华无熟人，恐难急切得一个工读机会。他若没有工作的机会，就不能入学了。我劝他决定入学，并许他代求两兄帮忙。此事倘蒙两兄大力相助，我真感激不尽。”
胡适鼎力相助吴晗入学清华，并顺利解决工读手续，解决后顾之忧。吴晗从清华毕业后，胡适又介绍他到燕京大学当图书馆管理员。
吴晗对胡适也是感激涕零，在他们往来的信件中，吴晗时不时向胡适请教学问，并以得到胡适的指点和帮助为莫大荣幸。
“明知先生很忙，不过除了先生之外，我实在想不出一个比先生更能用科学的方法来解决和指导路径的人。”
吴晗坦诚：“治学的方法，以至立场基本上是胡适的弟子”。
彼时吴晗对胡适的感激，犹如滔滔江水，在得到吴晗关于明史研究方向的点拨后，吴晗感叹：
“上次先生所指示的几项，读后恍如在无边的旷野中，夜黑人孤骤然得着颗天际明星，光耀所及，四面八方都是坦途。”
也不得不承认，胡适眼光不错，吴晗确实是个有才华的人，时间不长，吴晗已在国内历史学界崭露头角，并被聘为西南联大教授。照此发展下去，他将来在历史学界的地位有望超越众多前辈师长，前途不可估量。
但正如同在西南联大任教的同事施蛰存所评价：
吴晗这个人，性直气爽，很急躁，对一切事情太主观。他似乎没有客观世界。在我们这一辈人中间，吴晗可以说是飞黄腾达得最快的一个。但也因此而助长了他的自信和骄气。
学而优则仕，吴晗不再满足于埋头研究学问，他从一名历史学家转变为社会活动家，进而跨入仕途。
后来的事情，大家都知道了，
也正是在此期间，吴晗与胡适渐行渐远，吴晗试图劝说胡适接受他的主张，胡适当然不愿意。吴晗说“联大从昆明搬回北平后，我做胡适工作，可是他顽固不化，我的脚就不再踏上他家的客厅了。”
而当胡适看到得意弟子如此决绝之后，亦不由感叹：“吴晗可惜，走错路了。”
此时的胡适，早已听不进恩师的规劝，逐渐忘记了自己历史学家应有的客观立场，也丧失了知识分子独立思考的特点，学术沦为为政治服务而随波逐流。
且不说，后来顶着北大教授和历史学者身份成为北京市副市长的吴晗，支持拆除了北京城墙、牌楼、古建筑，以及积极支持开挖定陵，等等造成不可恢复的重大损失的举动。单说学术方面，吴晗的《朱元璋传》从40年代到60年代四易其稿，史学基础从“影射史学”转为了“命题史学”。
所以我读吴晗的《朱元璋传》一直有点别扭，一个历史学家写的书，咋就充满了大无畏的革命英勇气概呢。
及至五十年代批判胡适风起，对知识分子的思想改造运动几番展开，风雨中的运动力度时重时轻，在全国范围内让知识分子在思想领域无处可遁。
奇怪的是，早已公开与胡适划清界限的吴晗，却始终没有攻击过老师。
要知道，当时批判胡适是潮流所向，他在大陆的许多友人门生都对胡适进行批判。胡适留在大陆最亲近的三位弟子：吴晗、罗尔纲、顾颉刚。罗、顾都写过文章批判胡适。甚至连胡适留在大陆的次子胡思杜也不例外，不顾亲情写文向父亲开炮，震惊中外。
胡适并不以为意，他认为，他们已经“没有不说话的自由”。
唯有吴晗，虽然与恩师胡适早就决绝，吴晗却并没有对胡适上纲上线恶毒污蔑攻击，更不要说写文章批判胡适。时至今日，你去翻看三联书店出版的《胡适思想批判》，目录中确实没有吴晗的名字。
按照经历、性格与当时的位置，吴晗似乎是最有“资格”写批判文章的。然而，他没有这样做。毫无疑问，一言未发的吴晗当时承受了可以想象的压力。可惜，无从得知他当年是如何“过关”的。
及至后来，在知识圈内说吴晗好话的不多，有人说是欺师灭祖、媚权、篡史等等。90年代，学术界权威回忆那段岁月，尚不肯原谅吴晗。
在一次茶话会上，众人提到了吴晗家庭的惨剧，曾经不问世事的钱钟书突然对着身旁的费孝通说：“你还记得吗？吴晗在1957年对待别人时，难道不是一样毫不留情吗？”
确实如此，当昔日的老友沈从文遭困，在博物馆扫地时看到吴晗，试图与其握手，但吴晗装作没看见，径直离开。
钱钟书大约是还记着这些，不愿为吴晗说话，费孝通也只得报以一丝苦笑。刹那间，大家都不开口了，没有人再继续追问下去。
进入新世纪，学界对吴晗的看法逐渐有了一些改观，主要是集中在吴晗为何没有对胡适进行批判上。
对此问题，2008年黄裳先生写了一篇《忆吴晗》，其中写到“后来国内大举对胡适批判，广大知识界几乎全体上阵，成书五册之多，吴晗却未加入此一大合唱。说他是念旧情殷可，说他未能划清界限也未尝不可。”
段炼先生也曾写过一文《事关吴晗》，其中提到，钱锺书、何兆武等一些老一辈的知识分子对“反右”以后的吴晗的看法，说明他们对吴晗是有“某种‘后见之明’”，换言之，是所谓“真诚的人犯了真诚的错误”。
如今的人们或许不能感同身受，在那个年代，吴晗能坚持做到这点，需要很大的勇气，并且承受巨大的压力。
因为那是天地为之变色的颠覆和解构传统道德的年代，全体知识分子都经历了一个小说家王蒙所说的“失态的季节”，而“当时对胡适的批判，更多地映现了一个时代铺天盖地的政治狂澜，这狂澜中什么人情、礼法、师友、前辈统统化为乌有，剩下的只是惟一的政治标准”。
因此，罗尔纲认为，吴晗没有写文章批判胡适是“为人忠厚诚笃的一种表现”。
吴晗或许是明白了什么，但悔之已晚。吴晗没有批判胡适，可以看作是人性另一面的表露。或许，谢泳先生说得大致不差：作为正直的知识分子，吴晗有过失误，有过政治迷失，但良心还在。
吴晗的悲剧在于，本是个学者，却偏偏要去搞政治，不好好研究学问，偏要去走仕途。一个书呆子怎么能懂得政治风云如何变幻无常呢？