这个比较有一定的难度，四川大学华西医院是一个独立的医院，此外还有几个附属医院，同样的重庆医科大学附属的医院也有好几所，每一所的附属医院也都是独立的医院，而且技术实力，特长等都不完全一样。
如果要比较，我们只能将重庆医科大学第一附属医院和四川大学华西医院做一个简单的比较。当然这种比较的目的没有吹捧或贬低的目的，而是作为一种知识传播或是普及，让公众对我国各类医院的概况有一个基本的了解。
从医院的排名来比较。
根据2023年全国洒家医院综合实力排名榜来看，在全国前三位的三甲医院中，北京协和医院排名第一，华西医院排在第二位，北京301医院排在第三位。重庆医科大学第一附属医院排在第四十三位。
从医院的地位来比较。
四川大学华西医院始建于1892年，是中国西部疑难危急重症诊疗的国家级中心、中国著名的高等医学学府，也是中国一流的医学科学研究和技术创新的国家级基地，综合实力处于国内一流、国际先进行列。华西医院也被称为国家队，属于国家卫健委直接管理的医院之一。
重庆医科大学附属第一医院于1957年由原上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）部分专家西迁来渝创建，是集医疗、教学、科研、预防、保健及涉外医疗于一体的三级甲等综合性教学医院，也是属于国内第一方阵的医院之一，但不属于国家队，而是省级医疗中心。
从医院的综合实力来比较。
华西医院现有教育部国家重点学科9个，重点培育学科2个；有国家临床重点专科37个，数量名列全国医院第一。在全国专科综合排名榜上，麻醉科、放射科排名第一。领军人才方面，有中国科学院院士1人、“国字号”高层次人才140人次，国家级学会、协会主委/副主委专家58人、高级职称1513人、研究生导师1056人。
重医附属医院医院拥有国家临床重点专科建设项目21个，国家中医药管理局临床重点专科1个，国家疑难病症诊治能力提升工程1个（肿瘤疾病）。重庆市临床诊疗中心35个，重庆市医疗质量控制中心23个。综合诊断治疗水平居国内先进行列。
重医现有正高级专家369人，副高级专家512人，博士生导师132人，硕士生导师512人，享受政府津贴专家20人，现任国家级学会、协会学术职务654人次，重庆市学术技术带头人及后备人选101人，重庆市医学会正副主任委员、重庆市医师协会正副会长139人次。
从医院就诊人次来比较。
华西医院收治疑难复杂病种患者比例在80%以上，出院患者病例组合系数（CMI）1.47，排名全国第二；全院微创手术占比24.59%，四级手术占比38.79%，每年四级手术总量位列全国第三；2022年门、急诊量897万人次，出院病人30.23万人次，手术20.75万台次。
重医附属医院2022年门诊量284.63万人次，出院病人15.40万人次，手术6.90万台次。
从教学科研实力来比较。
华西医院本科教育涵盖临床医学（五年制、八年制）、护理学、医学影像技术、康复治疗学、医学检验技术、眼视光学等六大专业，是全国首批八年制示范试点高校院校、全国“三全育人”综合改革试点单位。
研究生教育拥有临床医学、中西医结合、护理学、医学技术等4个一级学科博士、硕士学位授权点，68个硕士学位点，67个博士学位点，在校学生超6504人。
在复旦大学中国最佳医院排行榜上，科研得分连续13年名列全国第一。自然指数Nature Index排名全国医院第一、全球第10位。获国家自然科学奖二等奖1项、国家科技进步二等奖1项、省部级一等奖15项在内的科技成果奖100项。
重庆医科大学附属医院设有临床医学博士后流动站，一级学科博士学位授权点6个、硕士学位授权点10个，二级学科博士学位授权点41个、硕士学位授权点49个。
已建成国家级重点学科2个、国家中医药重点学科1个（中西医结合临床）和国家卫健委“功能性脑疾病诊治重点实验室”。获批成为国家临床教学培训示范中心。
近10年来医院承担包括国家科技重大专项、国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目等各级纵向科研课题2239项。获国家科技进步二等奖2项，全国创新争先奖1项，2022年度中国医院科技量值医院综合排名全国第47位，3个学科进入全国学科前10名，6个学科进入全国学科前20名。
综合以上比较，无论是从医院的知名度，品牌建设、教学科研实力、还是就医人次等来分析比较，重庆医科大学附属医院和华西医院都不属于同一个层次。华西在国家队的医院也属于顶级的医院；重医附属医院在全国属于中等偏上的位置，但属于重庆市第一方阵的医院。