土地承包经营权流转是盘活农村土地资源，提升土地利用率的重要举措，一方面对于很多不方便耕种、外出务工的农民，既避免了土地荒废，又增加了收入来源；另一方面为致力于农业发展的个人、合作社、公司或其他单位等，提供了获取土地资源的渠道与途径；更重要的是，土地承包经营权流转还能够有效遏制土地撂荒现象，让荒山、荒地、缓坡得到有效使用，推动乡村振兴建设。但是，随着新农村建设的发展，很多土地被重新规划使用，因此会出现农民将土地承包经营权流转后被依法征收的情况。
那么，此时被征收的土地补偿款应该归谁所有？是村集体？土地承包人？还是土地流转受让方？首先，我们要厘清以下几个问题：一是农村土地所有权、土地承包权与土地经营权分别归谁所有？二是转让土地承包经营权与出租（转包）土地经营权有什么区别？之后，我们才能进一步确定土地补偿款的归属问题。本文现就上述问题进行一一解析，以供参考。
一、农村土地所有权、土地承包权与土地经营权分别归谁所有？
1.农村土地所有权始终归农民集体或国家所有。根据《中华人民共和国农村土地承包法》（以下简称“《农村土地承包法》”）第二条规定，“本法所称农村土地，是指农民集体所有和国家所有依法由农民集体使用的耕地、林地、草地，以及其他依法用于农业的土地。”以及第四条规定，“农村土地承包后，土地的所有权性质不变。承包地不得买卖。”由此可知，农村土地所有权的性质是不可以随意改变的，如承包人与受让人在协议中约定“土地买卖”，该约定为无效约定。
2.农村土地承包权归承包方享有，承包方原则上为农村集体经济组织成员，“四荒”地除外。根据《农村土地承包法》第三条规定，“国家实行农村土地承包经营制度。农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。”以及第五十一条规定，“以其他方式承包农村土地，在同等条件下，本集体经济组织成员有权优先承包。”由此可知，原则上农村集体经济组织成员才能够享有本集体土地承包权；荒山、荒沟、荒丘、荒滩等“四荒”地，本集体经济组织成员之外的人员或单位也可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包，但同等条件下，本集体经济组织成员享有优先承包权。
3.农村土地经营权归承包方或其受让方享有，土地承包权和土地经营权相分离。根据《农村土地承包法》第九条规定，“承包方承包土地后，享有土地承包经营权，可以自己经营，也可以保留土地承包权，流转其承包地的土地经营权，由他人经营。”由此可知，该条规定奠定了土地承包权和土地经营权相分离的基础，享有土地经营权并不必然享有土地承包权；享有土地承包权，但在土地流转后一定期限内即不享有土地经营权。
二、出租（转包）土地经营权与转让土地承包经营权有什么区别？
1.权利处分效力不同。出租（转包）土地经营权，处分的仅仅是土地的经营权；而转让土地承包经营权，处分的是土地的承包经营权，转让土地承包权会导致原承包方与发包方在该土地上的承包关系终止，并不得再要求承包土地，属于对权利的重要处分。
2.受让方身份不同。出租（转包）土地经营权，受让方非必须属于本集体经济组织成员；而转让土地承包经营权，受让方必须为本集体经济组织成员。
3.所经程序不同。出租（转包）土地经营权，属于承包方意思自治的范畴，该出租（转包）行为非必须经发包方同意，仅需向发包方备案即可；而转让土地承包经营权，必须向发包方提出书面申请、经发包方同意。未经发包方同意的，土地承包经营权转让合同无效。
4.流转期限不同。出租（转包）土地经营权，流转的期限由承包方与受让方自行约定；而转让土地承包经营权，导致原承包方与发包方在该土地上的承包关系终止，故流转的期限为原剩余承包期限。如转让土地承包经营权合同中约定了权利转让期限或类似约定，一般应当理解为出租（转包）土地经营权。
三、土地补偿款归谁所有？
《中华人民共和国土地管理法》第四十八条第二款规定，“征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。”本文所指的土地主要是耕地，针对耕地则存在以下几种补偿款：
1.土地补偿费：即征收单位依法对被征地对象土地被征用所造成的经济损失而支付的一种经济补偿。
2.安置补助费：即征收单位对被征地对象安置因征地所造成的富余劳动力而支付的补偿费用。
根据《中华人民共和国民法典》第二百六十一条的规定：“农民集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有。下列事项应当依照法定程序经本集体成员决定：……（三）土地补偿费等费用的使用、分配办法；……”因此，土地补偿费、安置补助费等费用的归属不属于意思自治范畴，由本集体成员所有，并且其分配方式由本集体成员决定。
3.青苗补偿费：即征收单位对被征用土地上的青苗因征地受到毁损，向种植该青苗的单位和个人支付的一种补偿费用。
4.地上附着物补偿费：即征收单位对被征用土地上的附着物，如房屋、其它设施，因征地被毁损而向该所有人支付的一种补偿费用。
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第三十二条第二款规定，“地上附着物和青苗等的补偿费用，归其所有权人所有。”《最高人民法院<关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题>的解释》第二十条规定，“承包地被依法征收，承包方请求发包方给付已经收到的地上附着物和青苗的补偿费的，应予支持。承包方已将土地经营权以出租、入股或者其他方式流转给第三人的，除当事人另有约定外，青苗补偿费归实际投入人所有，地上附着物补偿费归附着物所有人所有。”因此，在土地发生流转且土地承包权与经营权相分离的情况下，除有特殊约定，青苗补偿费和地上附着物补偿费属于土地实际投入者所有。但需要注意的是，如土地承包经营权依法发生转让后，原承包人即退出承包关系，受让方与发包方即建立新的承包关系，土地承包经营权的权利主体发生变更，土地被征收后，受让方有权享有相应的补偿费用。