从地理位置来看，尽管东晋曾经占据了当时的江南地区，但是它的势力范围并没有达到整个南方地区，更不用提跨越长江与黄河两大流域的辽阔地域了。相反，相比于后来的宋、齐、梁、陈等政权，东晋的政治影响力主要集中在江浙一带，并且其领土边界大多是在战乱频繁的情况下被确立下来的。因此，对于“南北朝”的定义来说，东晋缺乏在整个南方区域内建立起稳固政治秩序的能力。从文化传统来看，由于受制于北方文化的强烈影响，东晋时期的文学艺术表现形式及其背后的观念倾向多呈现出一种保守、内敛的特点，这与后来代表南方文化的开放、多元化的风格形成了鲜明对比。更重要的是，东晋时期的文化活动并未突破传统的礼教束缚，仍强调孝悌忠信等伦理道德规范，从而与之后所谓的“文人墨客”主导的风雅文化有着较大的区别。从制度建设上来看，相较于南方其他国家如南齐、梁、陈等地而言，东晋本身的行政管理方式显得较为原始和粗糙。例如，中央政府权力分散在各个亲贵手中，以至于出现了诸如“九锡”这样的滥封现象；同时，在军队组织方面也没有建立起完善的将领选拔及晋升机制，导致许多武官能力平庸却掌握着巨大的军事力量。
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