内阁制度出现于明代，清代统治者仿而效之，不过在实际内容上却有颇多变化，确切一点说，清代的内阁远远没有明代那么有实权。
有人把清内阁渊源追溯到关外皇太极时代的文馆和内三院。文馆创于天聪三年（1629年），出任者都是当时稍有学问的儒生，主要从事翻译汉文典籍和记录国家政事，属于备“顾问”性质。
由文馆改为内三院，是皇太极适应改元称帝，实行体制的一个部分。三院的名目分为国史院、內秘书院和内弘文院。三院各置大学士（起初叫承政），掌领院事。
入关后，清廷的日常政务大大增加，于是内三院便承担了转呈一部分题奏本章的任务，不久又将翰林院并入内院，称内翰林国史院、内翰林秘书院和内翰林弘文院。
与此同时，内三院的职官设置也渐渐完备，除满汉大学士、学士外，还有侍读学士、侍讲学士等官，又规定大学士品级与各部尚书相等，学士等同于侍郎。
顺治十五年（1658年）正式将内三院改成内阁（满文称多尔吉衙门），大学士加殿阁衔。康熙初年，辅政四大臣以“摒去汉俗”，“仰法太祖、太宗谟烈”为由，曾一度恢复内三院名称，把大学士品级由正二品改归为正五品，但为时不长，到康熙九年（1670年）康熙掌权后，又恢复了内阁名号。
雍正、乾隆时期的内阁变动，主要限于官员品衔、数额等方面的调整。雍正时设额外大学士，即后来的协办大学士，是大学士的副职，由晋大学士为一品衔，协办大学士从一品。
乾隆十三年（1748年），确定了大学士员额是满汉各二名，协办大学士满汉各一至二名，学士满六、汉四，并重新调整殿阁兼衔，由原四殿（中和、保和、文华、武英）二阁（文渊、东阁），更改为保和、文华、武英三殿，文渊、体仁、东阁三阁。道光、咸丰以后，大学士的员规例，又趋向与松动。
根据《会典》的记载，内阁“掌议天下之政”，为皇帝草拟颁布制、诏、敕，下属大臣向皇帝进呈的题奏表签，都经过内阁票拟，奉旨后转六部各院执行。
内阁是协助皇帝办理国家政务的最高中枢机构。所以在清代，很多人把它比之为前代的中书省。将如内阁叫做“登政府”，荣呼大学士为“相国”、“宰执”、“揆席”，也有叫做“中堂”的。
但是，上面这些称呼，很大程度上就形式而言的。在清代专制主义集权新发展的情况下，内阁行事都得严格秉承皇帝的旨意。
正如乾隆所言：“夫宰相之名，自明洪武时也废而不设，其后置大学士，我朝亦相沿不改，然其职仅票拟承旨，非如古所谓秉钧执政之宰相也”。离开了皇帝，内阁大学士就无法行使其职。
尽管如此，在清代，内阁毕竟是具有“表率百官”的法定部门，能代皇帝草诏票拟，且得利用讨论折本的机会，与皇帝商议政事。这在当时就是很大的特权，弄的不好，难免会出现明代那样大学士擅权、弄权的局面。
在康熙年间，玄烨很重视衙门听政，议政，内阁的职权也发挥得比较充分，有的大学士便利用机会结党营私，先后被揭露出来的就有索额图、明珠、余国柱、徐乾学等人，所以清朝统治者特别注意防范。
顺治、康熙之际是满洲贵族大臣专权时期，“凡军国重务不由阁臣票发者，皆交议政大臣会议”。后来，康熙又视南书房大臣为亲信，也夺去了内阁部分权力。到雍正建立军机处时，内阁实际上已经就是个摆设了。
内阁虽是摆设，但大学士一般兼任各部尚书又多充为军机大臣，所以大学士的权力并没有遭到挤压。