打开网易新闻 查看更多图片

背景介绍

Oxford Nanopore纳米孔测序能够解析先前无法识别的基因组区域和变异、生成T2T(端粒到端粒)基因组组装、探测碱基修饰以及提供异构体水平的转录组信息,而且全部在单个平台上完成。

Oxford Nanopore纳米孔技术能够为所有核心实验室的科学团队提供更深入的见解,拓展应用,帮助加速测序过程的每个阶段,以提高项目的启动和完成速度,完成其他测序技术无法企及的前沿研究项目。

2023年12月7日,我们邀请到浙江大学良渚实验室龚亮研究员、中国农业科学院深圳农业基因组研究所张兴坦研究员、北京大学现代农业研究院,单细胞组学和单分子分析平台李博生主任,为大家带来他们所在的实验室利用Oxford Nanopore纳米孔测序技术获得的临床研究,农业研究等多项研究成果。

会议日程

14:00 – 14:05

欢迎致辞

王海Oxford Nanopore高级战略客户经理

14:05 – 14:40

纳米孔测序在医学基因组学中的应用:从基础到临床

龚亮研究员 浙江大学良渚实验室

14:40 – 15:15

基于Oxford Nanopore 技术的超复杂栽培甘蔗基因组组装

张兴坦研究员 中国农业科学院深圳农业基因组研究所

15:15 – 15:50

Nanopore 三代测序在作物中的应用

李博生北京大学现代农业研究院

15:50 – 16:00

结束致辞

王海Oxford Nanopore战略客户经理

嘉宾简介和演讲摘要

龚亮

浙江大学良渚实验室

个人简介:浙江大学良渚实验室“百人计划”研究员,浙江大学医学院附属第一医院双聘研究员,博士生导师。主要聚焦第三代纳米孔测序,结合表观遗传学、三维基因组学等前沿基因组技术和生物信息学分析工具,研究癌症和遗传疾病的基因组变异、转录调控及基因功能。在Nature Methods、Nature Genetics、PNAS、Trends in Cancer等国际著名期刊上发表多篇论文,Google Scholar引用2900余次,主持国家自然科学基金面上项目,国家自然科学基金外国资深学者研究基金项目子课题负责人。担任Genome Research、Nucleic Acids Research、G3、STAR Protocols、iMeta等学术期刊专业评审。

演讲题目:纳米孔测序在医学基因组学中的应用:从基础到临床

演讲摘要:结构变异数目多、类型复杂,但基因组中存在大量重复序列和低复杂度序列,短读长测序只能分析少数简单类型的变异。纳米孔长读长测序在检测结构变异时具有高灵敏性和高准确性。

全面解析基因组结构变异有助于理解其产生和变异的分子机制,进一步阐明其参与转录调控的作用模式,能为疾病的筛查诊断和精准医疗提供新思路。

打开网易新闻 查看更多图片

张兴坦

中国农科院深圳农业基因组所研究员、博导

个人简介:张兴坦,中国农科院深圳农业基因组所研究员、博导,热带作物生物育种全国重点实验室副主任,国家基金委优秀青年基金获得者。从事植物基因组学研究,开发一系列算法工具完成高重复的性染色体、高杂合的二倍体基因组和首个同源多倍体(甘蔗)基因组分型组装。研究成果发表于Cell、Nature、Nature Genetics、Nature Plants 等学术期刊。

演讲题目:基于Oxford Nanopore 技术的超复杂栽培甘蔗基因组组装

演讲摘要:甘蔗为世界80%的蔗糖提供原材料,既是重要的经济作物又是不可或缺的国家战略资源。我国是甘蔗第一大进口国,进口糖到岸价格比国产低800元/吨,导致蔗农种植积极性缺乏,是影响国家糖料安全的潜在隐患。因此推动甘蔗现代化生物育种,培育高产、高糖、抗病和宜机化甘蔗品种,是满足我国蔗糖自给、降低生产成本的关键。然而,现代栽培种甘蔗基因组极其复杂,是由高糖多汁的八倍体热带种和高抗逆的多倍体割手密种杂交,再经与热带种多轮回交高贵化培育而成。其同时存在同源(即自身基因组加倍)和异源(即不同物种杂交导致的基因组加倍)组分,且祖先亲本染色体频繁重组并部分丢失,为同源异源非整倍体,是目前已知的最复杂最难组装的基因组之一,也是目前唯一尚未破译基因组的大宗作物。甘蔗复杂的基因组特性,严重制约其现代生物育种进程。为解决这一问题,本团队基于单分子测序的多重三维染色质构象捕获(Pore-C)等技术,借助其1)长读长测序;2)可以捕获多种互作子;3)可以区分等位甲基化这三个优势增加同源染色体的区分度,开发新算法和实验方法,解决多倍体的染色体分型组装。

李博生

北京大学现代农业研究院,单细胞组学和单分子分析平台主任

个人简介:

2002-2013,北京林业大学,生物技术系学士,森林培育系博士

2010-2014,美国耶鲁大学,分子和细胞发育系,联合培养博士,博士后

2014-2016,美国加州大学戴维斯分校,博士后

2016-2022,南方科技大学,生物系,研究副教授

2021至今,北京大学现代农业研究院,研究员

演讲题目:Nanopore 三代测序在作物中的应用

演讲摘要:

UPDATING

更多Oxford Nanopore核心实验室相关活动请参考

报名方式

扫描上方二维码免费报名参加

责编|探索君

排版|探索君

End