历任党委书记
蒋笃运（2000.07—2003.02）
蒋笃运，1954年9月出生，河南永城人，汉族，北京师范大学博士研究生学历，1973年3月参加工作，中共党员。
曾任河南省人大常委会副主任。
郑永扣（2003.02—2015.11）
郑永扣，1954年10月生，男，汉族，内蒙古卓资人，教授，博士生导师。第十一届、十二届全国人民代表大会代表，第八届、九届中共河南省委委员。
曾任郑州大学党委书记。
牛书成（2015.11—2020.06）
牛书成，男，汉族，河南淅川人，1960年2月出生，中共党员，管理学博士，教授，博士研究生导师 。河南省第十二届人大常委，第十三届全国人大代表，河南省社科联第九届委员会副主席。
郑州大学原党委书记。
宋争辉（2020.06—2021.09）
宋争辉，男，汉族，1966年3月生，河南淇县人，1991年7月参加工作，1990年7月加入中国共产党，研究生学历，管理学博士学位。 现任河南省人民政府副省长、党组成员，龙门实验室理事长。
刘炯天（2021.09—2023.04）
刘炯天，男，汉族，1963年1月生，河南南阳人，在职研究生学历，工学博士，教授，博士生导师，中国工程院院士，享受国务院政府特殊津贴，1986年9月加入中国共产党，1983年8月参加工作。
现任河南省政协副主席，河南省委决策咨询委员会执行主任。
别荣海 2023年04月-至今
别荣海，男，1968年出生，河南南阳人，博士，教授，博士生导师。长期从事高等教育管理的实践和研究工作。
现任郑州大学党委书记。
历任校长
曹策问（2000.07—2003.01）
曹策问，男，汉族，1940年2月出生，湖南长沙人，研究生学历，郑州大学教授，郑州大学原校长。1957年9月进入北京大学数学力学系数学专业学习；1963年9月在北京大学数学力学系读研究生。
申长雨（2003.02—2012.10）
申长雨，中共党员，汉族，1963年6月生，河南南阳人，材料成型及模具技术专家，国家杰出青年基金获得者，“973”计划首席科学家，1993年被评为教授，2009年当选为中国科学院院士。
现任第十四届全国政协常委，国家知识产权局党组书记、局长。
刘炯天（2013.06—2022.06）
刘炯天，男，汉族，1963年1月生，河南南阳人，在职研究生学历，工学博士，教授，博士生导师，中国工程院院士，享受国务院政府特殊津贴，1986年9月加入中国共产党，1983年8月参加工作。
现任河南省政协副主席，河南省委决策咨询委员会执行主任。
李 蓬 2022.06—至今
李蓬，1965年10月出生于江西宁都。分子生理学家，中国科学院院士，发展中国家科学院院士，清华大学生命科学学院教授、博士生导师，郑州大学校长、党委副书记，“河南省实施创新驱动、科教兴省、人才强省战略首席科学家”。
1987年李蓬从北京师范大学毕业；1988年获得中美CUSBEA奖学金留学美国；1995年获得加州大学圣地亚哥分校博士学位，随后在新加坡国立大学分子与细胞生物学研究所、美国达拉斯西南医学中心，霍华德休斯医学研究所进行博士后研究；1997年应聘在新加坡分子和细胞生物学研究所任研究室主任和助理教授；2003年任香港科技大学生物系研究室主任、助理教授；2006年全职回国任清华大学生物科学与技术系教授；2009年起任清华大学生命科学学院副院长；2012年获得何梁何利基金科学与技术进步奖；2015年12月当选中国科学院院士；2016年11月当选为发展中国家科学院院士；2017年获得第二届叶剑英奖；2022年6月，受聘担任郑州大学校长。
长期从事脂代谢和代谢性疾病研究，发现细胞内调节脂代谢的细胞器脂滴可通过特殊的融合方式而生长，鉴定多个与脂滴融合相关的重要蛋白和调控因子，系统阐明脂滴融合的生物化学和细胞生物学机制。