1999年5月7日，美国B-2隐形轰炸机向我国驻南联盟大使馆投入5枚直接攻击弹药（JDAM），致使新华通讯社记者邵云环、《光明日报》记者许杏虎和朱颖当场牺牲，数十人受伤，大使馆建筑严重损毁。
消息传来，李肇星异常愤怒。让他更为气愤的是，美方轻描淡写地将"炸馆"说成是“意外事故”，并且丝毫没有要道歉的意思。
一时间，举国上下掀起了声讨以美国为首的北约暴行的浪潮，愤怒的学生和民众向美国驻华使领馆抛掷矿泉水瓶等物，砸坏了一些窗户的玻璃。
在处理“炸馆事件”的过程中，驻美使馆处在风口浪尖，李肇星作为驻美大使，也面临着严峻考验。他明白，只有愤怒解决不了问题，在巨大的挑战面前，既要严格执行国内指示，又要与使馆同志们一起，用智慧和胆量从容应对此复杂局面。
克林顿大概觉得要对中国有个说法，于8日晚上派国务卿奥尔布赖特紧急赶到中国驻华盛顿大使馆，希望能和李大使见面谈谈。
美国国务卿相当于我国外交部长，在正常情况下，都是她约见李大使去美国国务院见面，这次“屈尊”来到中国使馆，让大家都感到很意外。
李肇星明白，所谓“无事不登三宝殿”，奥尔布赖特带着副国务卿皮克林、美国参谋长联席会议副主席罗斯顿、白宫国安会亚洲事务高级主任李侃如和几个保镖来到使馆，表面看来郑重其事，其实只是准备就“炸馆事件”向中国大使简单解释几句而已。
李肇星自然不会让她的“阴谋”得逞。他先让何亚非公使衔参赞与其周旋，自己在别处等待中国驻华盛顿的记者来到后再去见她。
20多分钟后，李肇星走出房间。
此时已是晚上11点半，可是奥尔布赖特仍然提出，自己是奉总统之命来中国使馆，只见大使一人，不见记者。
李肇星本来就有气，听了她的话，更是气上加气。奥尔布赖特此前和李肇星在联合国共过事，两人算是老朋友。但李肇星仍然口气强硬地回应说：
“你见不见记者不是我的事，但你知道，在‘炸馆事件’中遇难的三名中国公民当中，邵云环是中国最大的通讯社新华社的一位女记者，许杏虎是《光明日报》的年轻记者，他们的同行们能不关心这次事件吗？”
可是奥尔布赖特仍未道歉，只是说这是一次非常严重的意外，克林顿总统、她本人和美国政府都深感痛心和遗憾。总统希望能与江泽民主席通电话解释一下此事。
李肇星对此要求没有直接答复，仍是严肃地要求奥尔布赖特代表美国政府向中国人民道歉。
奥尔布赖特要求先休会5分钟，自己和助手们商量一下。
此时，中国记者已经赶到大使馆，围在会客室门外。
奥尔布赖特知道后，问李肇星使馆有没有后门——为避开记者，狡猾的奥尔布赖特选择在深夜来中国使馆，来的时候也没走正门。
李肇星心想，你还想偷偷溜走？没门！
他回答道：“在中国使馆，你的安全是有保障的，我们也没有后门。”
会见一结束，李肇星立刻回到办公室向国内汇报。
奥尔布赖特后来在回忆录中说，自己到底未能避开记者，刚一走出会客室，就被一群中国记者挡住了去路，“严厉责问美国为何杀害他们的同事”。
奥尔布赖特只好退回会客室，让助手回复记者说，我今天来，就是要代表美国政府向中方表达歉意的......
这是美国官方在“炸馆事件”发生后的第一次公开道歉，算是被李大使给“逼”出来的。
5月13日，克林顿在白宫会见了李肇星。
大使要求克林顿应该向中国政府和中国人民并拿出吊唁簿，一字一句地说：
“中国人特别重视白纸黑字，所以请总统先生将道歉写下来。”
克林顿沉默了一会儿，拿起笔在吊唁簿上写下“对死难者表示深切的哀悼，对其家属和中国人民表示真诚的歉意”，并签了自己的名字。
克林顿道歉后，于6月份派副国务卿皮克林访华，再次致歉并通报了对事件的处理结果——解雇了1名责任人，处分了其他6名责任人。
2000年初，中美双方经过谈判达成赔偿协议：美方支付中方伤亡人员赔偿金450万美元、中国驻南使馆财产损失赔偿金2800万美元。
当然，我们也赔偿了美驻华使馆的财产损失。
“炸馆事件”发生后，很多国人恨得牙痒痒，恨不得马上进行针锋相对、以眼还眼、以牙还牙的斗争。
可是当时我们却不能意气用事，必须想大事，谋大局。
中国的大局是什么？无疑是经济建设和改革开放，是实现中华民族的伟大复兴。
邓小平说过，不论发生了什么事情，只要不是大规模的外敌入侵，我们都要紧紧扭住经济建设这个中心不放。
这也是我们要以自强不息的精神，把满腔的爱国热情转化为维护国家利益、促进祖国发展的实际行动中去的原因。只有国家强大了，才能在国际斗争中赢得更大主动权、立于不败之地。