很多人可能对市政府秘书长和市政府办公室主任这两个职位都有一些了解，我们从相关的三定方案当中也可以知道，市政府秘书长和市政府办公室主任级别都是正处级，也都属于市管干部，而且市政府秘书长和市政府办主任都是在市政府工作，为市领导服务，很多市政府秘书长还兼任市政府办主任，那两者又有什么区别呢？其实，两者区别还是很大的，总结来说有以下两个方面：
第一、地位相差很大。
我们从很多市政府官方网站上关于市政府领导一栏中可以看到，市政府领导除了市长和副市长之外，还有市政府秘书长，这足可以说明，市政府秘书长是属于市领导的，因为市政府秘书长是市政府党组成员，在市政府党组会议上有发言权，表决权，还有建言权，而市政府很多重要的事务是需要市政府党组研究决定的，而作为市政府党组成员的市政府秘书长，影响力自然可见一斑。市政府秘书长一般对接市长，可以代表市政府出席有关会议，协调相关事务，对外发表言论等，政治排序也是非常靠前的，仅次于副市长。市政府秘书长，如果兼任办公室主任，则主持办公室全面工作，如果不兼任办公室主任，则分管办公室、市政府驻京联络处，协助市政府日常工作。
而市政府办主任，是市政府组成部门的负责人，不属于市政府领导，在市政府只能算是中层，一般只能列席市政府党组会议，没有相应的发言权和表决权，更没有市政府秘书长的影响力。出席相关会议，市政府办主任，排名在市政府秘书长之后，一般坐在台下，与其他政府组成部门负责人同席，而市政府秘书长，一般坐在主席台，与市领导同台。
总的来说，市政府秘书长是市政府办主任的直接领导，他们是上下级关系，市政府办主任要接受市政府秘书长的领导，落实秘书长的批示和指示要求。
第二、发展前景不同。
我们知道，市政府秘书长被很多人称之为“准副厅”，这正是对市政府秘书长发展前景的一个肯定。在市级机关，想要升任副厅，是极其难的，竞争极其激烈，而市政府秘书长却是升任副厅的最大可能性之一，能与之匹敌的也只有区委书记、市发改委主任等寥寥几人。市政府秘书长大多能升任副市长、市人大常委会副主任或者市政协副主席等等。
而市政府办公室主任，则很少能够直接提拔为副厅级领导，一般要经过市政府秘书长的职位锻炼之后才会提拔。市政办主任在提拔副厅上与其他政府组成部门负责人相比，没有太大的优势，由市政府秘书长兼任的除外。
总之，市政府秘书长和市政府办主任，虽然级别一样，都是正处级，在职责上也是服务于市领导，有很多相似之处，而且，无论是市政府秘书长还是市政府办主任，都要根据市长的提请，由市人大常委会决定市人民政府秘书长和市政府办主任的任免，并报省政府备案，但两者在政治地位、权力职责、发展前景上还是有很大的区别的。