科学要破译神学的秘密，甚至是反神学的，但是很多科学家都认为科学的尽头是神学。果真如此吗？
依照现在的科学发展，没办法破译地球的秘密，就是破译人类自身的秘密都不可能，就更别提破译宏观宇宙和微观量子世界的秘密了。在科学出现之前，一直都是神学统治人类的头脑，也一直都是人们认为的神灵在作用于宇宙万物。远古时期的人们不懂自然规律，也不懂科学，却把自然界神秘的力量称为神灵，或者看成是神灵的力量，有着超验的感触，甚至在意识形态里创造了上帝，创造了诸多神灵。如此一来，神学就成了一种信仰，不问青红皂白，不明所以，只要别人信了，自己就跟着信了。哪怕盲目信仰，也要照信不误。也就是说，人有认知局限，不能完全认识宇宙自然的奥秘，只能认识有限的事物，也只能生活在人这种层次上，靠眼耳鼻舌身意感触，却不具备超越这六种感触的超验感触。很多看不见的神秘力量不是人类能够理解的，既然如此，那么就不去理解了，直接称之为神，崇拜它们，信仰供奉它们，让它们为人类造福，甚至为了有求必应，人们造出了很多具备一定职位和神通的神灵，求子的找送子娘娘，求财的找财神，求平安的找佛陀，求长生的找老君。其实，神灵的职位是按照人间官员的职位来设置的，具备一定的特性，却让人们弄不清到底有什么奥秘在里面。
科学出现之后，本身就有着反神学的特性。科学家不相信上帝的存在，更不相信宗教学说，而是要用科学实证作为基础，得出一些科学理论，用以验证世界的丰富多彩，验证自然物质的规律，甚至可以验证宇宙运行的规律。哥白尼提出“日心说”，被教会打压；布鲁诺维护“日心说”，被教皇烧死；伽利略发明了望远镜，才证明“日心说”的合理性。但是，人们至今无法破译宇宙的奥秘，不知道宇宙到底是个什么东西，宇宙间的规律到底是怎样的，有没有黑洞，有没有吞噬行星和恒星的巨大生物，有没有外星人，有没有超越光速的时空旅行等。一切的科学说法都是假说，甚至是科幻，而不是实证。因为无法证明，也无法获得人们的认同。以至于伟大的物理学家牛顿晚年沉迷于神学，认为科学的尽头就是神学。他要寻找维持行星运转的神秘的“上帝之力”，却无法发现上帝。
当科学家遇到科学无法解释的问题时，往往会寻求神学的答案；而当神学需要更加具体的解释的时候，往往会寻求科学的实证。人类的认知有限，并非全知全能，也并非上帝，但人类可以探求外界世界的奥秘，探求自身的奥秘。神学是人类还处在旧时代的时候，盲目迷信的结果，但对一些神秘事物和现象保持了一定的认知，只是迷信，却不会解释，也不会用科学证明。即便到了现在，也仍然有很多无法解释的事物和现象，无法获得全部认知。无论是大到宇宙还是小到量子世界，人类都无法通过科学知道力量究竟是从何而来，也无法知道到底是谁或者某种力量设计了宇宙和量子世界。著名物理学家爱因斯坦认为上帝是宇宙的力量和能量，是存在于一切事物中的智慧和秩序。“上帝”不是个性化的、有感情的、人格化的存在，而是一种自然的力量，贯穿于整个宇宙。著名物理学家杨振宁说过：“我们可以看到宇宙的组织结构，它是有秩序和规律的。这一切必须来自某个更高的智慧，更高的力量，更高的目的。”他还在采访中说过：“科学告诉我们宇宙是如何存在的，它是如何运作的，它是如何被创造的。宗教则告诉我们为什么宇宙存在，为什么我们存在。”
物理学家研究各种力，从宇宙间星体的力量，到量子世界的力，研究越深，就越相信神学的观点，认为无论是宇宙间的力还是神学的力，都有神秘的力量在创造，在支撑。神学把这种力称为人格化的上帝，而科学家只是看成神秘的力量，叫法不同，但实质上是一个东西。于是，科学家不禁感叹，科学的尽头是神学。无论是科学还是神学都承认宇宙间存在着神秘的不为人知的力量，也都承认人类的认知局限，只是神学不去探索，不去用科学的手段求证，而是盲目迷信，盲目崇拜，盲目信仰，甚至为此而愚民，而科学要用实证的手段去求证，去探索，哪怕经历种种失败也要探索，得出一种令人信服的结论。当然，科学研究也有研究不下去的时候，有让科学家疑惑的时候，而这个时候，正是进入神学猜想的时候，甚至可以借助神学故事来破译远古时期文明的奥秘。很多科学家都相信人类经历过几次文明，只不过前几次文明都被毁灭，而现在的文明得以幸存而已。如果这种猜想也算是神学的话，那么科学本身就是在科幻乃至神学的指导下开始了实证之路，即便是破译神学也仍然和神学有关系。
或许，科学的尽头真的是神学，抑或许科学和神学相伴相生，都是人类认识世界的学问，只是采用的方法不一样而已。说到底，人类认识的世界本身就不太可靠，即便是科学验证了的道理也不是十分可靠，因为人类有意识，有思维，只能感知能够感知到的事物，对于感知不到的事物视而不见，当然也就无法全方位研究宇宙了，只能在有限的时空内，有限的维度层次以内搞研究，当然也就有些神学的意味了……