1999年3月，美国及其北约盟国以“人道主义干预”为名武装干涉南斯拉夫的科索沃冲突，对南斯拉夫进行空中打击。
北京时间5月8日清晨5时45分，从美国密苏里州怀特曼空军基地起飞的一架美B-2轰炸机向中国驻南斯拉夫联盟共和国大使馆投下5枚全球定位系统制导、全天候、各重2000磅的联合直接攻击导弹，造成3名中国记者死亡，20多名使馆工作人员受伤，使馆馆舍严重毁坏。
5月9日，美国总统克林顿致函江泽民主席表示，“对昨天发生在中国驻贝尔格莱德大使馆的悲惨场面和人员死亡表示我的道歉和诚挚的哀悼。”
5月10日，中国外交部发言人宣布推迟中美两军高层交往，推迟中美防扩散、军控和国际安全问题磋商，中止两国人权领域的对话。
5月14日，应美国总统克林顿的要求，江主席与克林顿通了电话。克林顿对炸馆事件表示道歉，表示将对这一事件进行彻底、全面的调查。
6月16日，美国总统特使、副国务卿皮克林在北京向中国政府报告了炸馆事件的调查结果。
7月，中美双方举行两轮会谈，就人员伤亡赔偿问题达成协议，美方向中国政府支付450万美元的赔偿金。
9月11日，江主席与克林顿在新西兰奥克兰出席亚洲太平洋经济合作组织（简称APEC）领导人非正式会议期间举行了正式会晤。这次会晤对推动中美关系的恢复、改善和发展具有重要意义。11月15日，中美代表在北京签署了《中华人民共和国政府和美利坚合众国政府关于中国加入世界贸易组织的双边协议》。
12月16日，中美双方就美国轰炸中国驻南斯拉夫联盟共和国大使馆的赔偿问题达成协议。美国将向中国支付2800万美元，赔偿中方的财产损失。中方也对美国驻华使领馆在中国民众抗议期间所遭受的破坏做出一定经济补偿。
2000年4月8日，美国副国务卿皮克林约见中国驻美大使李肇星，通报美国中央情报局对美轰炸我驻南联盟大使馆责任调查的结果。美方只承认使用了不合适的目标定位方法，而且每一级审查都未能发现其中错误，以致造成“误炸”。美方惩处了中央情报局8名人员，其中1人已被解雇。