1925年3月12日，孙中山先生因病在北平逝世。3月24日，在北平中央公园（今中山公园）举行公祭，七十万余人前往吊唁。但时为中华民国临时执政的段祺瑞并未前往，其解释是“在穿着礼服时，段祺瑞忽觉皮鞋太小，洗脚后再穿，更觉不能入，故急派代表前来代祭”。
3月22日《大公报》曾报道，段祺瑞拟定于24日下午三时，亲赴社稷吊唁孙中山，并已通知治丧处，但最终他并没有来，而是派了代表前往。事后，对他中止吊唁的原因有多种说法。
当时，段祺瑞对外的解释是，他原本定于24日亲祭吊唁，事前也曾拟定礼单，仪式颇为隆重。是日除各部总、次长外，并每机关遣派代表二人随祭，更由执政府指定由王颐孙、袁龄为礼官。正午十二时，自吉兆胡同执政府至中央公园，沿途皆派有军警特别警备，五步一军，十步一警。执政府方面照料丧事人员并且在中央公园门首预先雇一小轿，以便段祺瑞下汽车后至社稷坛乘坐之需。但在穿着礼服时，段祺瑞忽觉皮鞋太小，洗脚后再穿，更觉不能入，故急派代表前来代祭。段祺瑞亲自撰写的祭文曰：“呜呼，玄黄操黩，川狱茫茫。群龙战野，风起云骧。不有俊豪，认能自决。呜呼先生，实为人杰。即躬其实，不有其名。来如龙见，去若鸿冥。功成不居，厥志愈伟。垂老兵间，岂系得已。飘然北上，语我以诚。方期安坐，共话澄清。天不慭遗，溘然长逝。不敏如余，敦与图治。豪情胜概，照眼犹新。盱衡世变，倍念前尘。过隙不留，抟沙易散。永閟玄房，虚瞻金范。天风苍苍，海水琅琅。灵先爽熠，奠此椒浆。呜呼尚飨！”
这一说法与1936年12月8日《玫瑰画报》的《段合肥吊中山先生轶事》一文大致相同。段祺瑞于1936年11月2日在上海病逝并举行公祭，该文作者叔禺有感而发，联想起当年曾受命缮写答谢书之事。文称：24日中山先生在北平中央公园举行公祭，时段祺瑞任临时执政，是日下午三时，特定为执政亲临吊奠之期。政府及军警大员一百余人均已到齐，雍容肃穆，恭候执政之来临。而段祺瑞因极具诚意，事前特斋戒沐浴，适新置之皮鞋过小夹脚，步履维艰，临时只好改派内务总长龚心湛代祭。事前治丧处主任李协和（名烈钧）特备谢词一篇，措词极为得体，事先李曾命余缮写，以资应用。其辞曰：“邦国不幸，元首上宾，举国悲哀，山岭安仰。中山罹病之始，承执政府派员视疾延医，厚谊隆情，靡不周至。今日开吊，复蒙执政躬临祭奠，并致哀词，家族及治丧同人，实深感德。回忆辛亥建国，中山倡之，而合肥和之；马厂起义，则合肥倡之，而中山和之；是中山与合肥在民国已往之历史，已有至大之关系，为全国人所敬仰。曹吴乱国，联合兴师。合肥与中山又共扶国难，是合肥与中山在最近历史，其密切之关系，更有异于寻常者。中山与合肥实为吾国两大天柱，兹不幸折其一矣，后此两公应负之责，则合肥一人应负之。羹沸频天，四百兆同胞陷于水深火热者，不获绥济须臾，想合肥视民如伤，必有以慰九泉良友海内同胞者，烈钧代表同人致募贤者之意耳，惟合肥察焉！”
而1925年3月29日《申报》的《段执政中止亲祭中山之原因》一文则称：段祺瑞在去年冬天就执政职着礼服时，并未听说他的皮鞋太小，且以段执政而只蓄皮鞋一双，当然为必无之事。故无人不知其为饰词也。后从执政府方面得到消息，谓段氏本拟亲往，在十一时许，有一不知姓氏者，忽以电话报告，谓民党某派分子，今日已有预备，如段氏亲往，恐遭危险。又有人警告，谓梁任公、王来、卫兴武前车可鉴，执政今日往祭，彼等青年气盛之徒，恐言词不逊。我以礼往，彼以暴来，将奈之何？不如遣人代祭，较为妥当。段氏深以为然，遂命龚心湛代往。
另一种说法是：早在1924年，段祺瑞作为国民政府的执政邀请孙中山北上商议国事时，他与孙中山就有过几次交锋。在孙中山病重期间，段祺瑞并不十分关心，一次没有亲往近视。更兼3月24日中午，段祺瑞接到线报，会有所谓民党某派分子，今日已有预备，如段氏亲往，恐遭危险。段祺瑞于是遂命他人代往。
孙中山一生为国为民，临死遗言仍不忘国家社稷。其遗嘱有三：一致其夫人及子，谓：[我四十年，未成家产，今只有屋宇和衣服与书籍，可归吾妻宋氏。] 二嘱：[保存尸体莫令朽腐，亦如俄之列宁。] 又致国民党谓：[致力于国民革命，凡四十年。积四十年之经验，深知欲达此目的，必须唤起民众，及联络世界上的平等待我之民族，共同奋斗。最后，最沉痛且最重要之语为：[革命未成功，同志仍须努力]。
国父孙中山是一名虔诚的基督教徒，因此孙中山的儿子孙科和夫人宋庆龄主张在协和教堂举行宗教祈祷仪式。在这一点上，孙中山家属与部分国民党人产生争执。宋庆龄和孙科坚决要求举行祈祷仪式，部分国民党员认为，孙中山为国民党总理，若举行祈祷仪式，“不独玷辱孙氏，且玷辱国民党精神”。之所以产生争执，与20世纪20年代兴起的非基督教运动有关。非基运动是当时反帝斗争的一个重要组成部分，而为孙中山举行宗教祈祷仪式有悖于当时社会的反帝情绪，也不利于塑造孙中山及其国民党的民族主义形象。最后，国民党中央执行委员会裁定此举“为家族行动，与党无关”，故得以行之。
孙中山治丧处还决定抬棺不用杠夫，而是由国民党党员抬棺，以示敬意。“分三组二十四人轮流抬棺：第一组为张继、汪精卫、孔祥熙、林森、石清阳、宋子文、喻敏西、石蘅青；第二组为于右任、陈友仁、李大钊、白云梯、邹鲁、戴天仇、邵元冲、钮永健；第三组为李烈钧、姚雨平、郭复初、焦易堂、邓家彦、朱卓文、蒋作宾、林祖涵。”由国民党员亲自抬棺既是对孙中山表达敬意，也蕴含了国民党团结一致、共同努力奋斗的寓意，而对于具体的抬棺者而言，这也是党内地位的一种体现。