清代原本沿海各省的水师都是由各省自行管辖，没有一个全国统一的指挥机构。到晚清时节因为列强不断从海上入侵，开始筹办海防之初，也是由北洋大臣和南洋大臣分别筹划北洋、南洋的海军，负责自己辖区的海防事宜。然而这么一来对于北洋大臣、南洋大臣来说，自然是各自为政，以自己辖区内的事务最为优先，颇有自扫门前雪的心态。
比如说中法战争爆发前夕，清廷鉴于广东、福建一带局势日益紧张，有意让北洋水师抽调军舰南下支援，北洋大臣李鸿章就以北洋船少，自己守口尚且不够，担心法国军舰北上为由推三阻四，不愿意派军舰南下。南洋大臣曾国荃也宣称南洋各舰“不足当铁甲一炮”，对于此事不怎么积极。
而等到福建船政水师全军覆没，法国远东舰队封锁台湾，左宗棠再次提议南洋、北洋选拔得力快船护送陆军援台，军机处命李鸿章、曾国荃办理的时候。李鸿章知道东南门户洞开，已经无可推诿，才于10月24日派“超勇”、“扬威”两艘巡洋舰南下，留下旧式炮舰和伦道尔式炮艇留守北洋。南洋大臣曾国荃也抽调南洋水师的巡洋舰“开济”、“南琛”、“南瑞”和炮舰“驭远”、“澄庆”五舰准备出战。
然而对于李鸿章和曾国荃来说，北洋、南洋的防务才是自己最关心的，因此虽然在清廷严令之下勉强派出军舰参战，却并不着急，两洋水师在上海会师以后就以加强防护和火力为由，一起在上海进行改装，迟迟不肯出发。
就这样拖到12月4日不等援台各舰出发，甲申事变就已经爆发，北方局势骤然紧张。李鸿章在12月10日致电军机处，认为京畿安全重于南方，不容有失，希望立刻抽调在上海原定援台的七舰全数北上，以压制日本海军。
军机处当然也怕京畿有变，可是此时中法战争正打得激烈，也不能轻言放弃。经过一番权衡，军机处最终在12月11日致电李鸿章，同意“超勇”、“扬威”立刻返回北洋，而南洋五舰则继续准备南下牵制法国舰队。
不久军机处又认为法国舰队强而日本海军弱，此时在上海的七艘军舰中以炮舰“驭远”、“澄庆”最弱，因此再次致电李鸿章，希望“超勇”、“扬威”继续留在上海，而“驭远”、“澄庆”北上，和北洋水师留守各舰一起应变。
然而李鸿章深知此时日本有“扶桑”、“比叡”、“金刚”三艘铁甲舰，仅靠几艘旧式炮舰显然无法与之抗衡，起不到威慑作用。而且他多少也有几分私心，不愿意让手里仅有的两艘主力战舰去和法国舰队硬碰硬。
于是在12月14日李鸿章回电军机处，假意宣称“超勇”、“扬威”已经根据之前命令离开上海北上（“超勇”、“扬威”实际离开上海是在12月16日），无法接收电报改变行程。清廷接到回电以后只能维持原议，继续让两舰北上。就这样，李鸿章成功地瞒天过海，避开了和法国舰队交锋。
中法战争以后，清廷也意识到了海防建设各自为政的弊端，于是设立了海军事务衙门，试图统一海军的指挥权。可惜最后还是虎头蛇尾，到了甲午战争的时候，南洋水师也是推三阻四不肯北上，最后剩下北洋水师孤军奋战。