我们生活在一个由物质构成的世界，无论是我们自己，还是我们周围的一切，都是由各种各样的物质组成的。但是，这些物质究竟是由什么构成的呢？有没有一种最基本的单元，可以解释所有物质的性质和行为呢？
氦原子结构示意图。图中灰阶显示对应电子云于1s原子轨道之概率密度函数的积分强度。而原子核仅为示意，质子以粉红色、中子以紫色表示。事实上，原子核（与其中之核子的波函数）也是球型对称的。 （对于更复杂的原子核则非如此）
这个问题在两千多年前就被一位古希腊哲学家提出了，他叫做德谟克利特。他认为，存在着一种最小的、不可再分割的物质单元，他称之为“原子”，意思是“不可切割”。他认为，原子是构成所有物质的基本组成部分，它们之间通过不同的方式组合和排列，就形成了我们看到的各种物体。
德谟克利特的想法虽然很有创见，但是缺乏科学的证据和方法。直到19世纪末20世纪初，科学家们才通过实验和理论发现了原子的存在和结构。他们发现，原子并不是不可切割的，而是由更小的粒子组成的。原子核是原子中最重要的部分，它由带正电荷的质子和中性的中子组成，而在原子核周围，则有轻盈的、带负电荷的电子围绕着。
质子夸克结构的简单示意图，每个单独夸克的颜色可以随意设定，但是必须用到三种不同颜色，混合成为白色
原子核中质子的个数决定了原子属于哪种元素。例如，氢原子只有一个质子，氧原子有八个质子，金原子有79个质子。不同元素之间可以通过化学反应相互转化，例如燃烧就是一种氧化反应，将碳和氢转化为二氧化碳和水。但是，在化学反应中，原子核并没有发生变化，只有电子发生了重新分配。
核聚变反应速度会一直与温度一起上升，直到最大反应速率温度后、逐渐下降。DT反应速度峰值的温度是最低的（约70 keV或八亿度k)，，而且高于另外的反应。
如果想要改变原子核，就需要进行核反应。核反应可以使原子核分裂或者聚合，从而释放出巨大的能量。例如，在太阳内部，就发生了核聚变反应，将氢原子转化为氦原子，并放出光和热。而在核武器和核电站中，则利用了核裂变反应，将重元素如铀或钚分裂为轻元素，并放出辐射和热。
无论是化学反应还是核反应，都表明了原子具有惊人的能量潜力。一个人体内大约有10^ 28个原子，如果将它们全部转化为能量，相当于爆炸了数千万颗氢弹。但是，在自然界中，并没有这样极端的情况发生。相反，大多数情况下，原子之间保持着一定的距离和稳定性，并通过相互作用形成了各种复杂而美妙的结构。
克鲁克斯管实验可以显示出电子的粒子性质。如图所示，从左往右直线移动的电子束，遇到一个十字形标靶，从而在真空管右面底端显示出十字形阴影。
原子是如何形成这些结构的呢？这要归功于电子。电子不仅决定了原子的化学性质，也决定了原子的物理性质。电子是一种量子粒子，它不像经典的小球那样有确定的位置和运动，而是像波那样有不确定的概率分布。
光子从激光的相干光束中射出
这就意味着，电子可以存在于不同的能级上，而且可以在能级之间跃迁。当电子从高能级跃迁到低能级时，就会放出一定波长的光子，也就是光。不同元素的电子有不同的能级分布，因此放出的光也有不同的颜色。这就是为什么我们可以通过光谱分析来识别元素的一种方法。
电子还可以使原子之间形成化学键，从而组成分子或晶体。当两个或多个原子靠近时，它们的电子云会发生重叠，从而产生吸引力或排斥力。如果吸引力大于排斥力，那么原子就会结合在一起，形成一个更稳定的系统。
这种结合可以是共享电子的共价键，也可以是转移电子的离子键，还可以是极化电荷的偶极键。不同类型和数量的化学键决定了分子或晶体的形状、大小、强度、柔韧性、导电性、磁性等物理性质。
原子通过化学键形成了无数种类的分子和晶体，从而构成了我们所熟悉的各种物质。例如，水分子是由两个氢原子和一个氧原子通过共价键连接而成的，它具有很强的偶极性，因此可以与其他水分子或其他带电荷的物质发生吸引或排斥。水分子还可以根据温度变化而改变状态，从固态的冰到液态的水再到气态的水蒸气。水是生命所必需的物质之一，它参与了许多生命活动和化学反应。
另一个例子是碳原子，它具有很高的化学活性，可以与自身或其他元素形成多种多样的化合物。碳原子可以通过共价键形成链状、环状或网状的结构，从而产生不同的碳同素异形体。
例如，石墨是由层状的六边形碳环组成的，它具有很高的导电性和润滑性；金刚石是由三维的四面体碳网组成的，它具有很高的硬度和折射率；富勒烯是由类似足球皮的碳球组成的，它具有很高的稳定性和弹性。碳还可以与其他元素如氢、氧、氮、硫等形成有机化合物，这些化合物是构成生命体系和生物大分子（如蛋白质、核酸、脂质、碳水化合物等）的基本单元。
以上只是原子形成复杂结构的一些例子，实际上还有更多更奇妙的现象等待我们去发现和探索。