奈曼旗隶属于清代内札萨克蒙古六盟之一的昭乌达盟，为昭乌达盟11旗之一，在奈曼旗札萨克治理旗政的300多年中，曾有12世16人充任札萨克掌管旗务，其中有14人受封多罗达尔汉郡王爵位。
后金天聪元年（1627年），成吉思汗20世嫡孙，蒙古奈曼部领主衮楚克脱离察哈尔林丹汗的统治，率所部归附后金皇太极。（衮楚克为图鲁博罗特玄孙，纳密克曾孙，卑麻之孙、也先威正<额森伟征诺颜>之子）
天聪二年（1628年），随皇太极西征察哈尔部，因战功，被赐号达尔汉。
天聪三年（1629年），随皇太极率军号称10余万，避开宁远、锦州，分兵三路从龙井关、洪山口、大安口突入关内，攻占遵化，直逼京师。
天聪五年（1631年），随皇太极进攻明朝辽西攻大凌河和锦州等地。
天聪六年（1632年），随皇太极二征征察哈尔林丹汗，并在回师途中参加了第一次入塞攻明，攻打明朝归化城和宣府等地。
天聪八年（1634年），随皇太极第二次入关攻明，攻打明朝大同和朔州等边镇。
崇德元年（1636年），皇太极将国号由“后金”改为“清”，并划奈曼部为一旗·奈曼旗，衮楚克受封奈曼旗首任札萨克多罗达尔汉郡王。
崇德三年（1638年），因喀尔喀札萨克图汗素巴第谋划进攻归化城，随皇太极北征喀尔喀札萨克图汗；同年九月又随多尔衮、岳托开展了第五次入关攻明，兵锋直达山东济南。
崇德四年（1639年），敖汉旗、奈曼旗、翁牛特左翼旗、翁牛特右翼旗，会盟于翁牛特左翼旗东部昭乌达，初步形成昭乌达盟。同年参加了松山之战。
顺治三年（1646年），蒙古苏尼特部腾机思(又名腾吉思)等叛清，率部北投喀尔喀部，土谢图汗、车臣汗合兵三万迎之，并掠夺蒙古巴林部人畜，顺治帝命豫亲王多铎为扬威大将军往征，衮楚克亦跟随多铎出征，击败喀尔喀土谢图汗和车臣汗部的援军。
顺治十年（1653年），衮楚克于病故，其次子阿罕承袭爵位，是为第二代奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
顺治十六年（1659年），阿罕由于窝藏密谋反清绰尔济喇嘛之事被其属下翁俄拜者发现，唯恐被告发将翁俄拜者满门抄斩以灭口，最终阿罕因滥杀无辜之罪被清廷削爵贬为庶人，并夺其所属人役。
阿罕被削爵后，顺治十七年（1660年），衮楚克三子扎木萨承袭爵位，是为奈曼旗第三任札萨克多罗达尔汉郡王。
康熙十四年（1675年）三月，察哈尔亲王布尔尼趁清廷忙于应付三藩之乱之际起兵反清，扎木萨积极响应布尔尼，并派遣心腹到扎鲁特等旗串联和煽动，以图联合反清，但这场叛乱仅历经2个月便被清廷平定，事后扎木萨向朝廷自首投案“经旨乞罪”，康熙帝以扎木萨能认罪自首而旨谕“特旨贷死”饶其一命，贬为平民，“留其妻子及牲畜，饬自给”。
扎木萨被贬后，衮楚克长子巴达礼长子一等台吉鄂其尔承袭爵位，是为奈曼旗第四任札萨克多罗达尔汉郡王。
康熙二十五年（1686年），鄂其尔受领朝廷颁发的印信，始建奈曼旗札萨克公署机构。
康熙二十六年（1687年），鄂其尔病逝，其第六子班第于次年康熙二十七年（1688年）承袭爵位，是为奈曼旗第五任札萨克多罗达尔汉郡王。
康熙四十六年（1707年），班第去世，其子垂忠（又作吹忠），承袭爵位，是为奈曼旗第六任札萨克多罗达尔汉郡王。
康熙五十九年（1720年），垂忠因在任期间大兴土木，以超出郡王府规格修建王府和跟随皇帝巡狩，因未经请命，私返回府的两项罪名被削职去爵，其弟阿萨拉（又作阿杂拉，班第之第三子）承袭爵位，是为奈曼旗第七任札萨克多罗达尔汉郡王。
雍正九年（1731年），奈曼旗奉命出兵，随清军征剿噶尔丹策凌，此战最终以清军在和通泊之战大败而告终，奈曼旗的表现不得而知。
同时阿萨拉在任期间，奈曼旗的宗教文化十分兴盛，绰尔济庙（法光寺）、曼楚克庙（法禄寺）、和硕庙（经缘寺）、博尔梯庙、哈他海庙（靖安寺）等喇嘛庙在其任期内相继建成。
另外雍乾时期，清廷传诏“借地养民”，提倡从关内移民，开垦蒙旗地生息后，从乾隆六年（1741年）起，奈曼旗境南部开始流入少量汉族，垦荒种地，旗始有种植业生产。
乾隆二十二年（1757年），阿萨拉病故，其长子拉旺喇布丹承袭爵位，是为第八任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
乾隆二十九年（1764年），乾隆皇帝钦谕：奈曼旗札萨克王位由鄂其尔一系永久承袭。成为“奈曼札萨克王皆鄂其尔裔也”的由来。
拉旺喇布丹在任期间，将奈曼旗札萨克王府建于今太山木头苏木巴彦敖包嘎查境内。并且于乾隆四十三年（1778年）将原址在今章古台苏木伊和大沁嘎查附近的大沁庙（距嘎鲁尺3公里）移建于巴彦敖包以东4公里处。翌年，乾隆皇帝御笔题字“寿宁寺”匾额，赐予大沁庙。
嘉庆八年（1803年），拉旺喇布丹病故，其次子巴喇楚克承袭爵位，是为第九任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
巴喇楚克在任期间，将王府由巴彦敖包移建到今桥河乡五福堂村境内，并兴建回思庙（福济寺）、波日和硕庙（安乐寺），扩建了大沁庙。
嘉庆十五年（1810年），承德府改置热河道都统，此后卓索图、昭乌达二盟所属各旗重大事件，皆由都统专奏。期间，巴喇楚克出任昭乌达盟副盟长，封御前行走。
嘉庆二十四年（1819年），巴喇楚克去世，其长子阿旺都瓦底扎布承袭爵位，是为第十任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
道光元年（1821年），任昭乌达盟帮办盟务；
道光四年（1824年）十二月，赏戴三眼花翎;
道光七年(1827年)，任昭乌达盟盟长;
道光八年（1828年），升任昭乌达盟盟长。
道光九年(1829年)，升格一级;
道光十年(1830年),任御前行走;
道光十九年（1839年），朝廷传旨，在内札萨克6盟均设一员“备兵札萨克”，统辖全盟蒙古兵，专理军务；
道光二十年(1840),任散秩大臣;
道光二十二年(1842),赏用赤金紫缰辔等恩赐品；
道光二十三年(1843),阿旺都瓦底扎布兼首任昭乌达盟备兵札萨克职，统理昭乌达盟军政公务。
此外其在任期间还新建赛罕庙（成善寺）、图萨拉克齐庙和舍唐庙等3座喇嘛庙。
道光二十八年（1848年），阿旺都瓦底扎布病逝，其长子德木楚克扎布承袭爵位，是为第十一任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
德木楚克扎布于道光十二年(1832年）被选入宫，并在道光二十一年（1841年）与道光皇帝第四女（咸丰皇帝胞姊）固伦寿安公主成婚，成为了道光皇帝的乘龙快婿，因此深受器重，从咸丰元年(1851年）起，先后历任御前大臣、管旗都统、镇抚北部大臣、火器营大臣、中正殿学经事务大臣、内务大臣、正白旗领侍卫内大臣等众多军政要职。
咸丰三年(1853),太平军北伐时,德木楚克扎布献银五百两,供助军费,升位一级;
咸丰四年(1854)二月,献银七千两补助国库,升位五级;
咸丰八年(1858年)二月,宫城内,神武门,顺正门,御花园,千秋亭等失火,其因努力救火,升位一级;
同治元年(1862年)，献军服五百身,升位三级;
同治二年(1863年)十二月,献战马百匹,升位一级.当年又移建奈曼王府于大沁他拉，
咸丰十年（1860年）闰三月，寿安固伦公主病故于京师，年35岁。
同治四年（1865年）六月，德木楚克扎布病逝，清廷追认他为和硕亲王爵，赐与福晋寿安公主合葬。
德木楚克扎布死后无子，于是围绕着爵位继承问题奈曼旗内部发生了长达一年的争论，最后经由清廷任命阿旺都瓦底扎布次弟的嫡孙，德木楚克扎布的堂侄萨嘎拉（又作萨哈拉）在同治五年（1866年）十一月承袭了爵位，是为奈曼旗第十二任札萨克多罗达尔汉郡王。
同治九年（1870年），在位仅三年的萨嘎拉病故，其次子玛什巴图尔承袭爵位，是为第十三任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
光绪六年（1880年）三月，赏戴三眼花翎，任御前行走；
光绪十五年(1889年）正月，赏用紫垂缓，以彰光绪皇帝大婚庆典。
光绪十七年(1891年),热河爆发“金丹教”起义，波及到奈曼旗，玛什巴图尔率领旗属兵丁，配合官军平息了教民之乱。次年，因“平息骚乱，安抚地方有功”，受到清廷嘉奖。并获晋升为和硕亲王衔郡王。
同时也是在其在任期间奈曼旗王府陵寝庙——孟根庙以及胡拉斯台庙、敖来哈日盖拉庙（法诚寺、俗称瘸喇嘛庙）、乌力吉芒石庙、索布日格庙（尚经寺，俗称塔子庙）等寺庙修建竣工。
光绪十一年（1885年），奈曼旗遭灾歉收，玛什巴图尔请示热河都统“开垦牧场，收得租银，用以赈济”。清廷批准热河都统谦僖所奏“请将蒙古玛什巴图尔旗空闲牧场开垦，以期得租赈济”。但是奈曼旗局部放垦遭到广大牧民的激烈反对，在光绪十三年（1887年）还发生了旗民状告旗札萨克的案件。
光绪二十九年（1903年），清廷责成理藩院，“行催各盟，赶紧开办垦务”后，奈曼旗内开始迁居大批汉人，开垦土地，播种五谷。
光绪二十一年(1895年）十二月，当时担任御前行走、前引大臣的玛什巴图尔因病辞职返回奈曼。
光绪三十一年（1905年）六月，玛什巴图尔病故，其次子苏珠克图巴图尔承袭爵位，为第十四任奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王。
光绪三十四(1908年)二月，任御前行走，六月赏戴三眼花翎。
宣统三年（1911年），随着清帝逊位，清王朝宣告灭亡，但是奈曼旗札萨克多罗达尔汉郡王的统治得到了保存。
民国元年（1912年）9月，苏珠克图巴图尔由多罗郡王晋升为和硕亲王爵，11月被授予二等嘉禾章。
民国二年（1913年）10月，被任命为卓索图、昭乌达、锡林郭勒、哲里木四盟宣慰使；
民国三年(1914年),热河特别行政区在辽河以南各旗县实行旗下设区的区划，废除清代实行的扎兰、苏木区划，奈曼旗被划分为12个区。
民国四年（1915年）8月，苏珠克图巴图出任昭乌达盟盟长。
民国五年（1916年）4月，因镇抚巴布扎布党徒有功被授予亲王双俸并授一等文虎勋章；12月，兼任昭乌达盟备兵札萨克。
民国六年（1917年）7月，苏珠克图巴图尔当选为民国政府参议员，并在次年被授予“通威将军”称号。
民国十三年（1924年）8月，苏珠克图巴图尔被民国政府任命为卓索图、昭乌达、锡林郭勒、哲里木四盟警备总司令。但是在同年10月，随着直系在第二次直奉战争中兵败，张作霖、段棋瑞上台执政，“唯恐王权集中，日后有变”于是下令撤销四盟警备总司令部，将苏珠克图巴图尔调回奈曼；同年12月， 苏珠克图巴图尔被其副手、昭乌达盟副盟长扎嘎尔指控为“纵匪殃民”而被免去盟长职务，由扎嘎尔继任昭乌达盟盟长一职。
民国十五年（1926年）10月，苏珠克图巴图尔从北平经奉天返回奈曼途中染病，并于奈曼旗波日和庙病逝，终年38岁。
苏珠克图巴图尔死后，其弟特固斯阿拉坦呼雅克（又作阿拉坦胡雅克，玛什巴图尔三子），遵照遗嘱获护理奈曼旗札萨克印务之职。
民国十七年（1928年）7月，经时任昭乌达盟长的巴林亲王扎嘎尔提议，热河省保安司令汤玉赋任命特固斯阿拉坦呼雅克为奈曼旗暂行代理札萨克，特固斯阿拉坦呼雅克成为事实上的奈曼旗第十五任札萨克。
民国二十年(1931年) 12月，奈曼旗代理札萨克向国民政府蒙藏委员会呈文，请示批准二等台吉苏达那木达尔济为协理，以补充曾于民国十四年(1928年）因病辞职的原协理都特乃那木吉拉之职缺；四等台吉、记名协理哈斯宝为协理，以补原副协理古纳麻迪之职。但是蒙藏委员会在民国二十一年（1932年）只任命哈斯宝为旗务委员（相当于协理)；同年10月，奈曼旗札萨克公署再次呈文国民政府蒙藏委员会转呈行政院，请求批准特固斯阿拉担呼雅克递补为正式札萨克，未果。
一直到民国二十二年(1933年),国民政府行政院才以五一五号训令正式批准苏达那木达尔济（玛什巴图尔五子）为昭乌达盟奈曼旗札萨克，但是由于当时昭乌达盟已被日军占领，通信中断使札萨克之《荐任状》未能及时送达，暂存于蒙藏委员会驻（北）平办事处，至此，苏达那木达尔济被确认为奈曼旗第十六任札萨克。
1934-1945年，奈曼旗为伪满洲国的一部分，苏达那木达尔济也成为伪满洲国奈曼旗旗长。
抗日战争胜利后，以奈曼旗末代王爷苏达那木达尔济为首保守势力，为维护自己的封建统治地位，紧急追随国民党，与人民为敌，最终被人民的力量所取代，奈曼旗翻开了历史的新篇章。