1.增加和激活土壤养分。有机肥促进土壤中有机质和无机质的转化，加速有机质在土壤中的循环，有利于提高土壤肥力。
2.改良社会土壤进行理化性质：有机肥没有经过腐熟、发酵后变成一个蓬松体，到土壤中可以通过增加导致土壤的孔隙度、增加氧离子代换量。
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3.提高农产品质量，促进农作物生长。施用有机肥可以改善农产品的营养品质、风味品质和外观品质，有机肥还含有维生素、激素、酶、生长素和腐植酸等，促进作物生长和抗逆性，腐植酸还能刺激植物生长。
4.提高了土壤微生物活性和酶活性。有机肥为土壤微生物提供了大量的营养和能量，加速了土壤微生物的繁殖，提高了土壤微生物的活性，也提高了土壤中一些酶的活性。
5.提高化肥利用率。有机肥中所含的腐殖质是一种吸附能力强的有机胶体，可以与土壤中的化肥配合使用，吸附铵离子和钾离子，从而降低铵离子和钾离子的流动性，随着失水量的增加而减少。
6.施用有机肥还可以减少作物对铜、锌、铅、汞、铬、镉、镍等重金属离子的吸收。有机肥中的腐植酸是一种很好的螯合剂，能与土壤中的铜、锌、铅、汞、铬、镉、镍等重金属离子形成稳定的配位化合物，使这些重金属离子的作物吸收率下降，从而减少进入食物链的重金属含量，减少重金属对人体健康的危害。
7.有机肥料中的腐殖质对一部分农药的残留有吸附、降解影响作用、 还可以同时通过不断促进我国土壤环境微生物活性，利用不同土壤微生物对农药残留问题进行研究生物技术降解，有效地消除或减轻农药对食品的污染。