1997年，20岁陈鹭芸被选入国家队集训，尽管此前已经在福建队和国青队打出了名声，但是来到国家队时，她是个彻头彻尾的新人，无论是经验还是体能都与队内的老前辈有差距，再加上原本打中锋现被调到了二中锋位置，一时之间难以适应，最终被淘汰出了国家队，在之后的一年多里再未入选。
在1999年，国家女篮战绩再次严重下滑，在亚运会接连输给了日本和韩国两队，最终无缘悉尼奥运会，曾经的世界强队一下子跌入了谷底，而有着“救火教练”之称的宫鲁鸣指导也是在那个时候再次出山，执教女篮教鞭。
在宫指导上任之后，马上就进行了大刀阔斧的改革，大胆任用了苗立杰、隋菲菲、陈楠等新人，还把被前任淘汰的陈鹭芸再次召入队中，从而组成了女篮的“黄埔一期”。
众所周知，宫指导是出了名的训练狂魔，在国家队集结完毕之后，就带着女篮众将跑到了高原上进行集训，那是一场为期四个月的魔鬼训练，除了每天上午在球场的日常训练之外，宫指导每天中午十二点就安排女将们出去练体能，每天一百次球场往返跑，接球困难40个一组做三组，还有每天半个小时的滑步……当时很多女生都练得哭了，而陈鹭芸的妈妈也是一直打电话叫她回去，不要练了……
但是陈鹭芸最终还是坚持了下来，哪怕在晕倒之后，她也要爬起来继续跑，在这次训练之后，陈鹭芸成了队内体能最好的二中锋，而且由于她的年纪比其他几位核心球员都要大一些，就担任了女篮队长的职务，成为了宫指导最信任的五大首发之一。
陈鹭芸是当时女篮的美女之一，但由于为人低调，跟苗立杰、隋菲菲等名将比起来似乎不那么出名，但是她是女篮中兴的重大功臣之一，在2002年的釜山亚运会决赛上，苗立杰满犯离场，中国队落后七分，这时陈鹭芸站了出来，在关键时刻拿下4分，帮助球队逆转夺冠。
在1999年-2004年期间，陈鹭芸多次为国家队效力，和女篮的姑娘们一起帮助球队拿下了多个奖杯，在2000年拿下女篮亚锦赛冠军，在2002年拿下世界杯第六名以及亚运会冠军，在2004年又再次拿下亚锦赛冠军……
在2004年的雅典奥运会上对阵世界强队新西兰时，全队都打得很拼，陈鹭芸也豁出去了，做了很多平日里不敢做的动作，由于过于忘我，没能注意保护自己，陈鹭芸遭遇了十字韧带拉伤，不得不退出比赛。
在受伤之后，陈鹭芸进入了漫长的恢复期，在接下来一年多的时间里，她进行了多次手术，但她在养伤期间始终关注着国家队的动态，她那时唯一的愿望就是早日康复回到赛场为国征战。
在2005年，正在养伤的陈鹭芸接受了媒体的采访，当媒体问及会不会回到国家队时，陈鹭芸表示：两种方式。一种是直接的，如果恢复的好的话，在甲级队打好比赛，靠实力打回国家队。间接方式就是当教练，为国家输送人才。
很可惜，由于伤病问题，陈鹭芸在复出之后状态严重下滑，再也没能回到国家队，在2007年，她逐渐开始转型成为了一名篮球教练，其实她本不愿成为教练，在1999年的时候，陈鹭芸明确表示：在退役之后要进入厦门大学学习经济学，不想从事教练工作，她说干教练太累了，她不想干几年就变得头发发白……
然而，在为国家队征战的那几年，陈鹭芸改变了自己的想法，她愿意为了祖国的篮球事业改变初衷，从2007年开始，陈鹭芸就进入了国家教练的培养名单之中，但她始终没有退役，一边打球，一边在厦大进修经济学，一边又在开始自己的教练生涯。