南佐遗址位于甘肃省庆阳市西峰区后官寨镇南佐村，坐落于泾河一级支流蒲河左岸的董志塬西部，董志塬是黄土高原第一大塬地。
遗址于1957年调查时发现，1984至1986年、1994至1996年有过两个阶段的发掘。2021、2022年，为了厘清黄土高原尤其是陇东地区的文明化进程，展开第三阶段的考古发掘工作，两年共发掘面积约1600平方米，还进行了大面积调查和勘探，取得了重要收获，初步认为遗址面积超过600万平方米，确认这是一处黄土高原仰韶晚期具有都邑性质的大型高等级中心聚落，碳十四测年距今约5100～4700年。
1.遗址核心区有9座呈倒“U”字形对称分布的夯土台，“九台”外侧有两道环壕，环壕和“九台”围成约30万平方米的遗址核心区。遗址总面积至少600万平方米，勘探发现外侧可能还有环壕。遗址核心区有9座呈倒“U”字形排布的夯土台，北台圆形，东西八台方形，各40米见方，西3号台残高约5～7米。“九台”外侧有两道环壕。通过解剖发掘，发现夯土台西侧壕沟局部宽约20米、深约10米，壕沟侧壁以2～4米宽的夯土逐层加固形成护壁，沟底也经过夯筑，非常结实，壕沟实为大型水利工程。
2.在“九台”中央偏北发现一座面积3600多平方米的长方形“宫城”，这是目前发现年代最早、布局最严整的“宫城”。“宫城”中部偏北为主殿F1,F1东西两侧还各有一列侧室（侧殿）对称分布。所有墙体都以版筑方法夯筑得十分坚实精整，是国内发现年代最早、规模最大、保存最好的夯土建筑遗存。建筑材料还包括土坯和最早的红砖，地面、墙壁都以石灰多层涂抹，这也是国内最早大范围使用白灰面装饰建筑的实例。
3.“宫城”中部偏北的主殿F1占地面积720多平方米，夯土墙体宽约1.5米，残高约2米。主殿由“前厅”和“殿堂”两部分构成，东西墙外侧还有散水台。前厅内有三排柱洞，殿堂内有两个直径约1.7米柱洞、一个直径约3.2米的大型火坛。前厅和殿堂之间的墙中开三门。F1废弃后前室用黑褐色与浅黄色土相间夯填。这是目前发现的5000年前后中国规模最大、保存最好的大型宫殿建筑。
4.南佐“宫城”区出土了制作水平高超的白陶、黑陶、绿松石珠等贵重物品，成套的彩陶、朱砂陶、白衣陶、白泥堆纹陶，涂抹朱砂的石镞、骨镞，以及大量炭化水稻遗存，与普通居址区形成鲜明对照，显示当时不但有了较高水平的专业化分工，而且已出现礼制和阶级分化。
5.在主殿F1东侧空间、F2祭祀空间以及宫殿周围发现了数以百万粒炭化稻米，在黄土高原地区前所未见，大量水稻不排除当地种植的可能性，但也有可能是从长江中游等地远距离贸易获得。同时还发现大量的猪骨等。
南佐遗址考古工作一开始就将多学科合作研究作为重要组成部分，取得了重大进展。包括碳十四测年、动植物考古、同位素分析、陶器残留物分析、陶器科技分析等诸多方面，分析表明南佐陶器火候在1000℃以上，与长江流域和黄河下游存在远距离联系。
南佐聚落如此巨大的体量和规模，“九台”、壕沟和宫殿建造所需要的强大组织调动能力，是黄土高原区域公共权力或者区域王权出现的最有力证明。南佐“宫城”区出土物还体现出与长江中下游、黄河下游等地区的联系，说明存在国家对稀缺资源远距离的控制。南佐都邑及“宫城”中轴对称、布局严整，开后世古典建筑格局之先河。
南佐的发现表明距今5000年前后黄土高原已经进入早期国家或文明社会阶段，这对于客观认识黄河上中游、黄土高原尤其是陇东地区在中华文明起源和形成过程中的关键地位，对于实证中华五千年文明史，都具有极为重要的意义。