伴随着苏菲主义在中亚的传播，和卓因其血统和道统得到了广泛的信仰。在传说中，和卓作为现世存在的“神”，能够创造各种奇迹，甚至能使死人复活。除了平民的狂热崇拜外，当时的统治者也纷纷以其为精神导师。

大约在16世纪中叶，和卓势力就已经开始渗入新疆地区，当时的伊斯兰苏菲派宗教领袖穆罕杜姆·阿扎姆从布哈拉来到喀什噶尔传教。

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当地的统治者及武装

穆罕杜姆·阿扎姆此人代表了中亚和卓政治的顶峰，有“神学源泉”“真理的卫护者”等称号，具有崇高的威望。因此，在传教过程中，他很快获得了大量当地居民的虔诚信仰。

穆罕杜姆·阿扎姆在传教之余娶了当地女子为第三房妻子，生下一子，名为伊斯哈克·瓦里。在他死后，庶出的伊斯哈克·瓦里与长兄穆罕默德·伊敏争夺教主之位失败，遂辗转来到母亲的故乡喀什噶尔。他在叶尔羌汗国统治者的支持下，在当地取得了巨大成功，其信徒被称作“黑山派”(教徒礼拜时戴黑帽)。