连花清瘟胶囊上市近20年，大量的理论、基础及临床研究数据，不断验证其在病毒类呼吸系统传染性疾病治疗中的有效性与安全性，彰显其临床价值。“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究” 2011年荣获国家科技进步二等奖。“中药连花清瘟治疗新型冠状病毒肺炎研究及应用”获得2020年河北省科技进步一等奖。
从处方组成看连花清瘟的疗效
中成药命名的常用方法之一是：两种主药的简称+功能+剂型。连花清瘟胶囊（颗粒）的“连花”药名取自组方中“连翘”和“金银花”两个代表性中药；功能是“清瘟解毒、宣肺泄热”，“清瘟”就是清除流感、新冠这类具有传染性的外感热性疾病；胶囊或颗粒是剂型。“瘟，疫也”，“疫，民皆疾也”，今常并称指具有传染性、可引起流行的一类疾病，如流感、新冠等都属于中医瘟疫的范畴，中医称流感为“时行感冒”或“时疫感冒”。据《中国疫病史鉴》记载自西汉以来两千多年间我国发生过300余次瘟疫流行，平均每6年发生一次，与近20年来病毒类呼吸系统传染病暴发频率基本一致。
大疫之后必有良方，中医药有着丰富的抗疫理论总结和临床实践经验。连花清瘟正是结合中医药两千多年来数百次瘟疫疾病发病规律，汇聚历史上三次大的瘟疫之后留下来的经典名方化裁而成。以东汉张仲景《伤寒杂病论》麻杏石甘汤与清代吴鞠通《温病条辨》银翘散为基础方，汲取明代吴又可《温疫论》治疫病用大黄的用药经验，同时添加广藿香芳香化湿护脾胃，红景天提高免疫固正气，祛邪与扶正兼顾，体现了“清瘟解毒、宣肺泄热”的治法特点。
尤其是针对疫病传遍速度快且性烈的特点，基于中医“肺与大肠相表里”的理论基础，连花清瘟组方中加入的大黄可以通腑清肺、通腑泻肺、通腑安肺，让毒邪快速从大便清出，截断病势。现代药理学研究显示大黄具有明确抗流感病毒、新冠病毒及其变异株的药理活性，具有抗炎、解热镇痛等作用。
中医的精髓是辨证施治，证即是指证候，是疾病发展过程中某一阶段通过望、闻、问、切对病理的一种概括描述，如热毒袭肺证、气滞血瘀证等。每一个“证”里面都会包括很多个症状，中医在治疗过程中在判断出了疾病的本质“证”，才能做出精准的治疗。不同的疾病，在其发展过程中，由于出现了相同的病机，其表现出来的“证”相同，因而可以采用同一方法治疗，也就是“异病同治”。流感、新冠等病毒类呼吸系统传染性疾病属于外感温热病的范畴，均表现出发热、咳嗽、痰黏不能咳出、咽痛、乏力、肌肉酸痛等这类疫毒袭肺证的症候群，因此连花清瘟都可进行治疗，且效果显著。
实验证实连花清瘟具有广谱抗病毒、广谱抑菌、退热抗炎、止咳化痰作用
连花清瘟作为由13个药味组成的复方制剂，具有多成分、多途径的系统药效作用。自该药上市以来，研究人员通过现代技术正在不断阐释其发挥多重药效作用的物质基础。
实验证实连花清瘟可延长甲型H1N1病毒感染小鼠平均存活时间，减小感染小鼠肺指数，减轻肺组织炎症病变，保护小鼠肺组织；实验证实连花清瘟可多环节抑制甲型流感H3N2病毒，具有综合抑制、预防病毒吸附、抑制病毒吸附后复制增殖以及直接杀伤病毒作用。此外，研究证实连花清瘟明显抑制流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒等多种病毒。
实验证实连花清瘟还具有广谱抑菌作用，具有退热抗炎、止咳化痰作用。
临床研究证实连花清瘟具有良好疗效
连花清瘟从新药研发之初就已采用临床循证医学研究方法，后续围绕甲流、新冠不同类型患者均遵从循证研究要求，开展规范、权威的临床研究，并获得扎实可靠的临床数据支持。
三期临床研究显示连花清瘟治疗流感安全有效。采用随机、双盲、阳性药平行对照、多中心临床试验设计方法，纳入流行性感冒（毒热袭肺证）患者416例，随机分为试验组312例和对照组104例。结果显示连花清瘟明显提高证候疗效和体温疗效显效率，明显减轻咽干咽痛、肌肉酸痛、咳嗽等症状，缩短发热起效时间，提高体温复常率，且试验组未见不良反应发生。
2009年甲流疫情期间，连花清瘟开展了与西药奥司他韦的随机、双盲、双模拟、多中心治疗甲型H1N1流感临床研究。研究结果证实，连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异；在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟优于奥司他韦。该研究曾被科技日报评为当年的“世界科技十大新闻”。
连花清瘟上市近20年，科学的研究证据推动连花清瘟先后34次列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流、新冠等传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识，纳入国家医保目录、国家基药目录，已成为应对公共卫生事件的代表性中成药，在临床广泛应用中使越来越多的患者获益。