1948年，国府为撤退开始准备，为了争取知识分子的同情和支持，拟定了“平津学人抢救运动”，该运动的三人指导小组除了蒋经国、陈雪屏外，就是傅斯年。
傅斯年在国府政界和学界都有着极深的人脉。他为了争取知识分子南下或者去往海外，苦苦劝说，或写信，或面谈。但知识分子都不为所动，即使是自己的学生。
以中研院的81名院士为例，选择出走的也只有19位，61位院士选择留下来，出走的比例仅为25%。
无可奈何落花去。
傅斯年霸道的家长作风也是学人们不愿意与之沟通的一个重要原因。
1949年1月，已经是台湾省主席的陈诚，任命傅斯年为台湾大学校长，并劝他“火速来台，共度时艰”。
受大环境影响，台大和师范学院学潮不断，傅斯年态度非常明确，一是反对，而是保护学生，三是务必要有一个安静的读书环境。这也消耗了傅斯年巨大精力。
1950年12月20日，傅斯年在教育质询中，因突发脑溢血去世。第二天，台大宣布停课一天，并下半旗致哀。他被葬在台大校园，这里目前已是台湾大学精神的象征。
在傅斯年亲人中，儿子傅仁轨的资料极少，也显得非常低调，目前还看不到他的照片。傅斯年逝世时，十五岁的他正在美国读中学，却因为没有钱而不能回台奔丧。这在今天的我们看来，是非常难以理解的。校长的儿子怎么会清贫呢？
傅仁轨为了安慰处于悲痛中的母亲，写了一封家信：
亲爱的母亲：
希望您看到这封信后，能使您鼓起勇气来，为了死去的父亲，继续勇敢的工作下去，我虽然想到，我已经是没有父亲的孩子了，但我并不介意，只有想到您已是单身一人，失去了丈夫的依靠，才使我深深地感到难过。
父亲是祖国所需要的重要人物，但我时常对自己说：人死是不可避免的，终有到来的时候，那么我们为什么还要为死而悲伤呢？那些已经故去了的生前有丰功伟业的人，都受到后人的赞颂，我确信父亲也是一位非凡的人物，一定也能受到后人的赞扬，我并不迷信，但是永远没有人能够使我相信人死就是“过去”，人死身体虽然毁灭，骨头虽要变成灰烬，但是他们的灵魂，哪里去呢？我确切的感觉父亲正在守护着我们。
这些日子功课太忙，没有时间早给你回信，当我在打字时，有一位摄影记者来到打字间，他给我拍了好几张照片，等冲洗好后，给您寄去。
请告诉我您的生活近况，现在您在教书吗？您的薪水能够维持吗？这都是我想知道的。
您的爱子仁轨上，十二月廿六日
傅仁轨的母亲俞大綵，出身著名的绍兴山阴俞氏家族，她当时在台湾大学教授英文。目前应该还健在，只是信息很少了。
而此时的大陆，已经换了人间。
对于傅斯年的去世，大陆一片静悄悄。
傅斯年的北大学生、著名宋史专家邓广铭，在1951年1月，听到恩师逝世的消息之后，不顾与恩师划清界线的大道理，不禁在家中失声痛哭起来，但他却没有敢写追悼傅先生的文字。傅斯年曾委托从美回国的北大数学教授江泽涵（胡适太太江冬秀的堂弟）传话给邓广铭：傅斯年遗留在北平的书籍全部赠送与邓广铭。可惜的是，此时的傅斯年他已成一个被声讨的人物，其遗存物只应被公家没收，学生本人已无权提出处理意见了。
与傅斯年在职位 学问还是亲情多层交集的史家陈寅恪，在听到傅斯年去世的消息后，写了《霜红龛集望海诗云<一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱>感题其后》一首，用中国传统曲笔来悼念与他感情复杂的“傅青主”。
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同人兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
至此，陈寅恪和傅斯年20多年代情谊也结束了。傅斯年一直希望陈氏能去台湾的，即使后来台湾戒严后，傅斯年仍然找到陈诚，为陈寅恪开具了入台申请信。。。
与傅斯年因为学术门径之争而交恶终身的史家顾颉刚，辗转听到【学敌】傅斯年去世的消息后，心情复杂不已。他在自己的日记中写道：
闻傅孟真于半月前在台湾逝世。此人一代枭雄，极能纵横驰骤，竟未能有所成就，可惜也。孟真久病高血压，到美国疗之，稍愈。然医言不能过十年，安知竟不及五年乎！寿五十有五。
虽有遗憾之意，但【可惜也】也流露出老同学、老朋友的真实感情。他们虽然交恶，但还是很尊重彼此的学术成就的。这是后话了。
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