导读
COVID-19 大流行已经持续了近 3 年，目前仍然是一个全球关注的热点话题。鉴于新冠病毒的广泛传播和不断演变，全球出现了众多变种，比如 alpha (B.1.1.7)、beta (B.1.351)、gamma (P.1)、delta (B.1.617.2)、omicron (B.1.1.529) 等。其中，Omicron 最早在南非被发现，增加的高传播力使其迅速成为全球范围内的优势毒株。
2022 年 12 月之前，中国采取了与其他国家不同的应对策略，从 2020 年的武汉封城到动态清零政策，精准防控，阻止了新冠病毒的传播。随着 Omicron 亚变体致病性的减弱、疫苗接种的普及和防控经验的积累，2022 年 11 月中旬，中国调整和优化了预防和控制策略。
中国在调整防控政策后，疫情在中国的快速传播引起了世界的关注，并引发了人们对此次疫情是否会驱动新 SARS-CoV-2 变体出现的担忧。因此，对流行的 SARS-CoV-2 变体进行全面的时空研究，对于全球应对当前的 COVID-19 大流行至关重要。北京拥有常住人口 2100 万，在政策调整后初期成为中国病例数最多的城市之一。因此，北京 SARS-CoV-2 变种的流行可以被视为中国的一个缩影。
2023 年 2 月 8 日，北京疾控中心副主任王全意团队联合高福院士团队在国际权威医学期刊Lancet发表了题为 Characterisation of SARS-CoV-2 variants in Beijing during 2022: an epidemiological and phylogenetic analysis 的文章，全面描述了 2022 年收集的高质量 SARS-CoV-2 全基因组序列的流行病学和系统发育特征，并特别报道分析了政策调整后 SARS-CoV-2 的基因组特征，为北京市疫情提供了重要信息。
其中，从 2022 年 11 月 14 日到 12 月 20 日获得的 413 个 COVID-19 感染样本的基因组测序分析结果表明，所有病例均由现有毒株引起，北京地区 90% 以上的本地感染病例涉及 Omicron 变异株 BA.5.2 和 BF.7，没有持续的显性变异或新的谱系产生。
图片来源：Lancet
主要研究内容
2022 年 1 月 1 日至 11 月 30 日，北京市共监测到 39007 例本地病例，5 岁以下和 60 岁以上的个体占 663 人 (1.70%)。由于战略调整，自 11 月 14 日起，感染人数明显增加，因此，当地 11 月 30 日至 12 月 28 日的准确感染人数是未知的，只能通过统计推断得到。
北京市 2022 年检测到的本地和输入性病例中，实验室确诊病例共计 3745 例，本研究从中随机选取病例进行基因组测序，共获得 2994 个完整的 SARS-CoV-2 基因组，其中 2881 个是高质量基因组，可用于进一步分析。这些序列的采样时间跨度为全年，采样地点覆盖了北京市全部 17 个区。
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详细的分析表明，这些毒株来自 10 个演化支和 123 个 Pango lineage。与本地病例相比，输入性病例的分支范围更广。不过，在所分析的数据集中没有发现新的 Pango lineage。此外，他们还发现了少量先前报道的重组 SARS-CoV-2 亚变体 XBB (n = 1)，XBB.1 (n = 9) 和 XBB.2 (n = 1)。从全年的角度来看，来自支系 21L (BA.2.2.1) 和 22B/Omicron (BF.7 和 BA.5.2) 在 2022 年期间主导了北京的流行感染。但 2022 年 11 月中旬之后，22B 在北京成为绝对主导流行毒株。
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自 2022 年 11 月 14 日起，北京市新增确诊病例大幅增加，共检测确诊病例 413 例，其中本地病例 350 例，境外输入病例 63 例。在这些本地病例中，BF.7 占 265 株 (75.71%)，成为 11 月 14 日以后的优势菌株，BA.5.2（16.29%）和 BA.5.1（7.71%）分列第二和第三。
他们进一步将本地感染分为门诊患者和住院患者，发现两组中优势菌株均为 BF.7，这与局部感染总体一致，门诊患者与住院患者的病毒株比例差异无统计学意义。
因此，在中国取消最严格的疫情控制政策期间，对北京 413 例新感染 COVID-19 病例的基因组分析表明，所有病例都是由现有菌株引起的，并未出现新的变异株。
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进一步的系统动力学分析表明，BA.5.2 和 BF.7 的有效群体大小在 2022 年 11 月 14 日之后经历了扩张，这表明这两个毒株的遗传多样性有所增加。不过，BA.5.2 和 BF.7 的扩张模式不同，BA.5.2 有效种群规模在 11 月 14 日至 25 日期间变化不大，但在 11 月 25 日前后急剧增加；而 BF.7 的增加却是渐进式的。北京市 BA.5.2 有效种群规模的突然扩大与 11 月 30 日前后 BA.5.2 感染数量的增加是一致的。此外，在最近的疫情中，他们没有发现任何新的 SARS-CoV-2 变种在北京传播。
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结语
综上所述，在本研究中，他们报告了 2022 年北京地区 COVID-19 病例和 SARS-CoV-2 变体的传播趋势。流行病学调查和系统发育分析表明，本地性和输入性感染在谱系分布上存在显著差异。2023 年 11 月 14 日至 12 月 20 日，BF.7 和 BA.5.2 在北京本地感染中占主导地位，没有发现新的 SARS-CoV-2 变种在北京传播。在同一时期，在国际上占主导地位的新冠病毒变体，包括 XBB 和 BQ.1，均未在北京市本地感染病例中检出。总的来说，该研究可以被认为是中国的一个缩影，因为中国的人口交流频繁，而且流行的菌株具有很高的传播性。
该研究共同通讯作者、中国科学院微生物研究所高福院士说道：「考虑到变异对大流行过程的影响，检测在中国最近改变 COVID-19 防控政策后是否出现了新的变异很重要。我们的分析表明，两个已知的 Omicron 变异株亚分支，而不是任何新的变异株，是北京病例数激增的主要原因，这种现象也很可能反映了整个中国的状态。然而，随着 COVID-19 在中国的大规模传播，继续密切监测是非常重要的，以便尽早发现任何可能出现的新变体。」
在同期的评论性文章中，泰伦博斯大学医学与健康科学学院Wolfgang Preiser教授和Tongai Maponga博士写道：「很高兴看到来自中国的这些急需的数据。令人欣慰的是，这项研究没有发现新变异的证据，但这并不令人惊讶，前期有效的疫情控制措施的突然停止充分解释了这种激增。」
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然而，他们仍然指出，在根据北京的数据对中国整体得出结论时要谨慎，他们提到：「在一个幅员辽阔、人口稠密的国家的一个地区发生的 SARS-CoV-2 分子流行病学并不能外推到整个国家。在中国的其他地区，其他的进化动态可能会展开，可能包括被人类感染的动物物种，最终很有可能进一步造成病毒的进化和『回溢』。因此，严密的检测仍然是必须持续进行的。」
参考文献：
1. Yang Pan et al., A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet 2023.
2. Wang C, Horby PW, Hayden FG, Gao GF. A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet 2020; 395: 470–73.
3. Chinese Center for Disease Control and Prevention. National novel coronavirus infection epidemic situation. Jan 25, 2023. https:// www.chinacdc.cn/jkzt/crb/zl/szkb_11803/jszl_13141/202301/ t20230125_263519.html (accessed Jan 31, 2023).
题图来源：自制