1949年，国民政府大厦将倾。
一、渡海赴台
1949年1月5日，陈诚接掌台湾省政府，当日即致电傅斯年：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍需有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负巨艰”。
离开大陆的日子到了，他曾把自己关在屋里三天三夜没有开门。当时傅斯年的头发全白了。傅斯年曾和胡适预估历史走向，这一点他是有预知的。
1月19日，傅斯年迈出了史语所的大院，搭机前往台北。前来送行的，除了白发苍苍的老工仆外，就只有已经决定去往美国的胡适。他们亦师亦友20多年，彼此支持，彼此关切，但也冲突不断，他们都是独立自由派知识分子。有人说，没有傅斯年就没有胡适，这个论点可以见仁见智。
二、掌印台湾大学
1949年1月20日，傅斯年从代理校长杜聪明手中接任国立台湾大学校长。台大中文系教授黄得时请他题字留念，他挥毫写道：“归骨于田横之岛”。无比凄怆。他最重士人之节，自比田横，守义不辱。正如后来他对陶希圣说：“希圣！你以为我是来做校长，我死在这里。”
傅斯年对台大进行了改天换地的改革，傅斯年曾任北大代理校长，他把北大自由的校风带入了台大校园。如今的台大是台湾第一学府。
在他任校长期间，学校是不升国旗的，这个例外只属于傅斯年。他始终拒绝三民主义、联保制度进校园，“学校不兼警察任务，学术不受政治左右。他治下的台大，依然具有“民主国家之自由传统”。
三、死在议坛乃“最光荣之事”
1950年12月20日上午，傅斯年在台湾省议会答复郭国基的教育行政质询时过度激动，“突患脑溢血逝世于议场”，享年55岁。省议会副议长李万居在新闻公布时说“傅斯年先生弃世”，因其台湾闽南语口音而被其学生听成了“傅斯年先生气死”，引发小规模学潮，学生冲出校园，高喊：还我校长。直到台大代理校长和省教育厅厅长陈雪屏出面解释才平息。
根据后来的史料拼接，傅斯年是被活活累死的，而不是气死的，接手台大，耗尽了傅斯年最后的一丝生气。可见陈雪屏语。曾任中研院史语所所长、毕业于台湾大学历史系的王汎森先生曾说：傅斯年是台湾大学建校以来最有影响力的校长。
其实，质询傅斯年的郭国基，也是一位受人尊敬的议员。对于傅斯年之死，他抱有相当的遗憾。但作为议员，郭氏和傅氏都是在尽职尽责。郭国基曾说：
傅先生为一代学人，值得崇敬。但政治家既许身谋国，死在议坛，应无遗憾。这正如战士马革裹尸，水手求被海葬，是最光荣的事。我念愿傅校长的英灵能庇佑我，有一天引导我，赐我光荣死在议坛。”
1970年，郭国基死在立法委员任上，正应了“赐我光荣死在议坛”。
四、身后事及零星悼念
傅斯年逝世后，葬于台湾大学校园，校内设有希腊式纪念亭傅园及“傅钟”；其中，傅钟启用后成为台湾大学的象征，原本为敲五十五下，因其于虚岁55岁去世，敲钟电子化后每节上下课会钟响二十一声，因傅斯年曾说过：“一天只有二十一小时，剩下三小时是用来沉思的。
而此时海峡的对岸，一片静悄悄。与傅斯年颇多摩擦的陈寅恪悼诗傅斯年：
不生不死最堪伤，犹说扶馀海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
这是大陆唯一的一份悼念。
而与傅斯年始终保持史家学术之争但形同水火的顾颉刚则评价傅斯年：一代枭雄。这也算是验证了胡适那句：孟真去世，颉刚定有悼念文字。傅斯年和顾颉刚的学术门径之争，也是胡适萧墙内部之争。
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