成祖以边藩篡逆得位，深恐其他的藩王也学他的办法，再来⼀次靖难，即位之后，也采⽤建⽂帝的削藩政策，以次收诸藩王兵权，⾮唯不使⼲预政事，且设⽴种种苛禁以约束之。建⽂四年（1402）徙⾕王于⻓沙，永乐元年（1403）徙宁王于南昌，以⼤宁地畀从靖难有功之朵颜、福余、泰宁三卫，以偿前劳。
削代王、岷王护卫。永乐四年（1406）削⻬王护卫，废为庶⼈。永乐⼗年（1412）削辽王护卫（辽王已于建⽂元年徙荆州）。永乐⼗五年（1417）⾕王以谋反废。永乐⼗⼋年（1420）周王献三护卫。尽削诸王之权，于护卫削之⼜削，必使其⼒不⾜与⼀镇抗。到宣宗时汉王⾼煦（成祖次⼦，宣宗叔⽗，学他⽗亲的办法要诛奸⾂，⼊清君侧），武宗时安化王寘鐇、宁王宸濠果然援靖难之例，起兵造反。由此政府更设为厉禁，诸王⾏动不得⾃，甚⾄出城省墓，亦须奏请。
⼆王不得相⻅。受封后即不得⼊朝。甚⾄在国家危急时，出兵勤王亦所不许。只能⾐租⾷税，凭着王的位号，在地⽅上作威福，肆害官⺠。王以下的宗⼈，⽣则请名，⻓则请婚于朝，国家养之终⾝，丧葬予费。仰⾷于官，不使之出仕，⼜不许其别营⽣计，怕亵渎了皇家的尊严，“不农不仕，吸⺠膏髓”。到后来⽣⻮⽇繁，皇族的⼝数到了七⼋万，国家也养不起了。世宗（1521—1566）时御史林润上疏说：
天下岁供京师粮四百万⽯，⽽诸府禄⽶⾄⼋百⼗三万⽯。
以⼭⻄⾔，存留百五⼗⼆万⽯，⽽宗禄⼆百⼆⼗⼆万。以河南⾔，存留⼋⼗四万三千⽯，⽽宗禄百九⼗⼆万。
不得已⼤加减削，宗藩⽇困。枣阳王祐 请“除宗⼈禄，使以四⺠业⾃为⽣。贤者⽤射策应科第”。政府要顾⾯⼦，还是不许。万历⼆⼗⼆年（1594）郑世⼦载堉再请求特许“宗室皆得儒服就试，⽏论中外职，中试者视⽅品器使”。从此宗室⽅得出仕。国家竭天下之⼒来养活⼗⼏万游荡⽆业的贵族游⺠，不但国⼒为之疲敝不⽀，实际上宗室⼜因不许就业⽽陷于困穷，⾐⾷⽆着，势不能不作奸犯法，扰害平⺠。国家费钱，宗室挨饿，平⺠受罪，这也是当时创⽴祖制的⼈所意想不到的。
成祖削藩的结果，宁、⾕⼆王内徙，尽释诸王兵权，北边空虚。按照当时的形势，“四裔北边为急，倏来倏去，边备须严。
若畿甸去远⽽委守将，则⾮居重取轻之道” 。于是有迁都北京之计，以北京为⾏在，屯驻重兵，皇帝亲⾃统率，抵御蒙古⼈之⼊侵：
太宗靖难之勋既集，切切焉为北顾之虑，建⾏都于燕，因⽽整⼽秣⻢，四征弗庭，亦势所不得已也。銮舆巡幸，劳费实繁，易世之后，不复南幸，此建都所以在燕也。
合政治与军事中⼼为⼀，以国都当敌。朱健曾为成祖迁都下⼀历史的地理的解释。他说：
⾃古建⽴都⾢，率在北⼟，不⽌我朝，⽽我朝近敌为甚。且如汉袭秦旧都关中，匈奴⼊寇，烽⽕辄⾄⽢泉。唐袭隋旧亦都关中，吐蕃⼊寇辄到渭桥，宋袭周旧都汴，⻄⽆灵、夏，北⽆燕、云，其去契丹界，直浃旬⽿。景德之后，亦辄⾄澶渊。三治朝幅员善⼴矣，⽽定都若此者何？制敌便也。我朝定⿍燕京，东北去辽阳尚可数⽇，去渔阳百⾥⽿。⻄北去云中尚可数⽇，去上⾕亦仅倍渔阳⽿。近敌便则常时封殖者尤勤，常时封殖则⼀⽈规画措置者尤亟，是故去敌之近，制敌之便，莫有如今⽇者也。
建都北京的最⼤缺点是北边粮⾷不能⾃，必须仰给东南。海运有⻛波之险，由内河漕运则或有时⽔涸，或被寇盗所阻，稍有意外，便成问题，朱健说：
今国家燕都可谓百⼆⼭河，天府之国。但其间有少不便者，漕粟仰给东南，⽽运河⾃江⽽淮⽽⻩，⾃⻩⽽后⾃汶⽽卫，盈盈⾐带，不绝如线，河流⼀涸，则⻄北之腹尽枵矣。元时亦输粟以供上都，其后兼⾏海运。然当群雄⼲命之时，烽烟四起，运道梗绝，惟有束⼿就困，此京师之第⼀当虑者也。
要解决这两个困难，则第⼀必须⼤治河道，第⼆必须仍驻重兵于南京，镇压东南。成祖初年转漕东南，⽔陆兼挽，仍⽆⼈之旧，参⽤海运。⽽海运多险，陆运亦劳费不赀。永乐九年（1411）命宋礼开会通河。永乐三年（1415）陈瑄凿清江浦，通北京漕运，由运河直达通州，⽽海陆运俱废。运粮官军⼗⼆万⼈，由漕运总兵及总督统之。⼗九年（1421）迁都北京后，以南京为留都，仍设五府六部官，并设南京守备，掌⼀切留守防护之事，节制南京诸卫所。
永乐元年（1403）以北平为北京。永乐四年（1406）诏以明年五⽉建北京宫殿。永乐⼗⼋年（1420）北京郊庙宫殿成，诏以北京为京师，不称⾏在。在实际上，⾃永乐七年（1409）以后，成祖多驻北京，以皇太⼦在南京监国。⾃丘福征本雅失⾥汗败死后，成祖五⼊漠北亲征。⾃永乐五年（1417）北巡以后，即不再南返。南京在事实上，从永乐七年（1409）成祖北巡以后，即已失去政治上的地位，永乐⼗九年（1421）始正式改为陪都。
迁都之举，当时有⼀部分⼈不了解成祖的⽤⼼，⼒持反对论调。《明史》记：
三殿灾，诏求直⾔。群压多⾔都北京⾮便。帝怒，杀主事萧仪，⽈：“⽅迁都时，与⼤⾂密计，久⽽后定，⾮轻举也。”
仁宗（1424—1425）即位后，胡 从经济的⽴场，“⼒⾔建都北京⾮便，请还南都，省南北转运供亿之烦”。胡 是武进⼈，为南⽅⼠⼤夫的领袖，他的意⻅可说是代表南⽅⼈⺠的舆论，政府于是⼜定计还都南京，洪熙元年（1425）三⽉诏北京诸司悉称⾏在。五⽉仁宗崩，迁都之计遂⼜搁置不⾏。⼀直到英宗正统六年（1441），北京三殿两宫都已告成，才决定定都北京，诏⽂武诸司不称⾏在，以南京为陪都。
成祖北迁以后，北京三⾯临敌，边防⼤重。东起鸭绿，⻄抵嘉峪，绵亘万⾥，分地守御。初设辽东、宣府、⼤同、延绥四镇，继设宁夏、⽢肃、蓟州三镇，加上太原、固原，是为九边。每边各设重兵，统以⼤将，副以偏裨，监以宪⾂，镇以开府，联以总督，⽆事则画地防守，有事则犄⾓为援。失策的是即位后，即徙封宁王于江⻄，把⼤宁⼀带地 送给从征有功的朵颜三卫，三卫的占地，⼤致上从古北⼝到⼭海关⾪朵颜卫，⾃⼴宁前屯卫⻄⾄⼴宁镇⽩云⼭⾪泰宁卫，⾃⽩云⼭以北到开原⾪福余卫。从此幽燕东北之险，中国与蒙鞑共之，胡⻢疾驰半⽇可到阙下。
辽东、⼴宁、锦、义等城从此和宣府、怀来隔断悬绝，声不相连。⼜以东胜孤远难守，调左卫于永平，右卫于遵化，⽽墟其地。兴和为阿鲁台所攻，徙治宣府卫城⽽所地⼜虚。开平为元故都，地处极边，⻄接兴和⽽达东胜，东⻄千⾥，最为要塞。从弃⼤宁后，宣府和辽东隔绝，开平失援，胡虏出没，饷道艰难，宣德五年（1430）从薛禄议，弃开平，徙卫于独⽯。后来“三岔河弃⽽辽东悚，河套弃⽽陕右警，⻄河弃⽽⽢州危” 。
国防遂不可问。初期国⼒尚强，对付外敌的⽅法，是以攻为守，太祖、成祖、宣宗三朝并⼤举北征，以兵⼒逼蒙古⼈远遁，使之不敢近塞。英宗以后，国⼒渐衰，于是只以守险为上策，坐待敌来，⻓城以北诸要塞尽弃不守，只靠⻓城来挡住胡骑，⽽边警由之⽇亟。英宗正统四年（1449）⽡剌也先⼊寇围北京。世宗嘉靖⼆⼗九年（1550）鞑靼俺答⼊寇薄都城。这两次的外寇，都因都城兵⼒厚，不能得志，焚掠近畿⽽去。思宗崇祯⼗七年（1644）流寇李⾃成北犯，宣府和居庸的守⾂都开门揖敌，遂⻓驱进围北京，太监曹化淳⼜开门迎⼈，北都遂亡。由此看来，假如明成祖当时不迁都北京，⾃以⾝当敌冲，也许在前两次蒙古⼈⼊犯时，⻩河以北，已不可守，宋⼈南渡之祸，⼜要重演⼀次了。