因为害怕报复！
准噶尔汗国可不是普通的蒙古部落，他是面积超过500万平方公里的大帝国，统一了整个新疆及中亚地区，是大中华区地区仅次于大清帝国的二当家。
关键准噶尔汗国野心还太大，还入侵西藏最远打到了距离北京400公里的乌兰察布，一旦实控西藏，进而统一整个蒙古，那满清必将灭亡。
一直以来，满清依靠和亲、信教和分化三把利剑统治蒙古，严格限制各旗属民越旗游牧、耕种、往来、婚嫁，害怕就是蒙古再出一个成吉思汗，统一各部落，毕竟当年统一后的蒙古锐不可当，直接把第一代入住中原的金朝灭国。
而准格尔汗国却免疫满清三把利剑，屡次打着统一蒙古的旗号，进犯其他蒙古部落，严重威胁满清统治根基，所以满清早就想将准噶尔汗亡国灭种。
而准噶尔汗国确实也很能打，康熙、雍正、乾隆祖孙三代，不间断对准格尔汗用兵，也不能完全把准格尔汗国打败，双方互有胜负。
事情的转折出现在乾隆二十年，强大的准格尔汗国出现内乱，各派因为继承人问题大打出手，乱成一锅粥，更要命的是准格尔汗国在这一年出现了严重的瘟疫，大量人口消亡，国家出现严重危机。
而就在准噶尔内部爆发持续的严重危机之时，俄国和清朝几乎同时制定出兵准噶尔的计划，如果俄国抢先一步，那么新疆就可能永远没有了。好在乾隆够果断，在满朝文武只有傅恒一人支持下，果断拍板，趁他乱，要他命，出兵伊犁，开启了灭亡准格尔汗国之战。
这次征战异常顺利，满清只用5万人，耗时三个月，就攻入伊犁，灭亡准噶尔。
随后，乾隆更是以“尽行剪灭，永绝根株”策略，对准噶尔人进行屠杀，除少量准噶尔人逃往俄国以外，六十万准噶尔部人被屠戮殆尽，从此，准噶尔从一个民族变成了一个地名。
马基雅维利在《君主论》里面明确论证过，统治一个地区最好的方案是把本地人杀光然后移民，行一次大非法，得百年大合法。
所以对这次准噶尔灭族行为，正义与否不好评价，但是不得不承认，这是最彻底解决民族矛盾的方法，效果大家也看得到，至今连个翻案的都没有，好评率达到了100％。