1948年，国民党在大陆败局已经，开始了抢救学人运动，抢救的对象有胡适、陈寅恪、梅贻琦等，他们都是当时中国最为顶级的自由派知识分子。
风雨中研院
中央研究院是中华民国的最高学术研究机构，当时，中研院人文组成就高于世界水平，数理组和生物组成就与世界水平相当。在1981年评选的81位中央研究院院士，是大陆第一届且是唯一一届院士选举，他们是众多优秀知识分子中最为精华的部分。
但是在1949的大动荡中，中研院院士也一分为三，连同所有的情谊一并斩断，在中原绵延千年的中华文化开始大迁徙，知识分子开始大流亡。
傅斯年、胡适和赵元任等12人远走台湾或者海外。。。
梁思成兄弟 等选择留下
国民党的“抢救学人运动”以失败告终，在1949年去与留的历史关头，绝大部分中国知识分子选择了留守故土。
像“宋朝士人”的那样殉国
对于中国传统知识分子而言，这场政权的更迭不仅有“亡国”的问题，更有“亡天下”的意味，除了离开的学人外，许多知识分子选择自杀，比如号称蒋介石“领袖文胆”陈布雷，蒋介石的结拜兄弟、负责党宣工作的戴季陶等。
傅斯年说：平情而论，果然共产党能解决中国问题，我们为阶级的缘故，丧其性命，有何不可。我们虽不曾榨取劳苦大众，而只是尽心竭力忠其所职者，一旦“火炎昆岗，玉石俱焚”，自然当与坏东西们同归于尽。犹之乎宋朝亡国时，若干好的士人，比贪官污吏还死得快些一样子。
他也曾想自杀，但被中研院史语所同仁劝阻，为避免“文化荒漠”“学术中断”“禁锢思想”，将整个史语所（当时中国文物最为精华的部分）完整的搬到台湾，在中央研究院中的14所院所中，史语所是唯一一个整体迁台，院所没有留在大陆的科研机构。
知识分子可敬可悲可怜可叹又可恨
胡适、傅斯年、钱穆等对中国历史走向预估的比较精准，能够世事洞察人和事儿，留下“面包与自由”或“宋江之流”的预言后，离开大陆；
一生都在坚持“独立之精神，自由之思想”的陈寅恪，则是犹豫不决，瞻前顾后，进退失据；
也有始终埋头故纸堆中，一生做学问，不问政治，始终和政府保持距离，不管谁来，我只教我的书，不愿意效法明朝灭亡时，朱舜水出走中国而流亡日本传播中国文化，王夫之逃进山洞依然为往圣继绝学，如向达教授、新儒学宗师熊十力、马一浮等，这一比例知识分子人数最多；
更有拥抱新政权的吴晗、陈垣、李四光、郭沫若等，他们前面风光无限，后面也是凄惨无限，甘愿做政治打手，丢尽天下传统士子的气节和骨气。
“自古而今，中国传统读书人都是悲剧人物”
摇摆不定是中国知识分子的常态，左是改造出来的，右是原生的。留在大陆的知识分子结局令人唏嘘不已。
选择出走的知识分子，大多都顺利转移到台湾，有的去了香港、美国等地，有的晚年又去了台湾。
不过台湾多年的“戡乱”，也没少对知识分子进行打压，他们精神上同样愁闷悲苦，比如胡适在孤岛上屡受围攻；雷震被投入监狱。但这些知识分子依然受到礼遇，可以学术研究、人格尊严也是有的。
知识分子之间的思想争鸣，继续在台岛延续，彼此攻击但也彼此尊重，但对于台岛上的知识分子这一整体的命运，他们则是心灵相通的。正如新儒家大家之一的徐复观先生说：“在深切了解在真正地自由未实现以前，所有的书生，都是悲剧的命运；除非一个人的良知心丧尽，把悲剧当喜剧来演奏。”