清朝自雍正登基后，对基督教不再持之前较为宽松的态度，开始严禁传教。私自组织宗教活动的传教士会被抓捕惩戒，并从澳门或广州遣送回国。
不过基督教的这一轮传教始于明朝万历年间，传教士们一百多年的努力在一些地区取得了不菲的成果，也赢得了一定的群众基础，因此这次“禁教令”执行起来也不是那么容易。
不少地方的传教士、教民在朝廷风头过后，仍然继续进行传教、受洗、礼拜等宗教活动。一些基层官吏为减少麻烦，也因长期受基督教的浸染对教会持同情态度，只要他们不公开活动，大多睁一只眼，闭一只眼，也就是常说的“民不告，官不究”。
但是乾隆十一年，发生的“福安教案”却彻底改变了这种暧昧的局面。
乾隆十一年五月，福建巡抚周学健上奏朝廷称，他在福安县查处一起传教案。查获《圣经》、天主像、面饼等证物及教徒若干。更重要的是他抓住了“罪首”传教士白多禄（福建教区主教）、费若用、德黄正国、施黄正国、华雅敬等（均为西班牙人）。
虽然周学健的奏折说得简单流畅，但是实际过程却非常曲折。
周学健早在三月时就开始抓白多禄等，但是抓了一个多月也没能抓住这些传教士。因为他们在当地颇有声望，不少百姓和教民主动帮助和藏匿他们，“轮流藏匿西洋夷人 …… 一闻缉拿，齐心协力群奉避匿”。
四月份周学健换了一个方法，他开始大量搜捕教民（主要是女性教民），严刑拷打她们逼问传教士的行踪。连续三天刑讯，最终拷问出了德黄正国、施黄正国、费若用、华雅敬的藏匿地点。但是主教白多禄却如同消失一般，一点消息也没有。
后又拷打、搜捕数日，终于在当地民户郭慧人的家中找到了白多禄（教会方面的记录称，白多禄是为不再伤及无辜自首的）。
从周学健自己的奏折中可以得知，白多禄等人除了传教并未横行乡里、为祸一方，也从未聚众闹事、威胁府衙等。那么周学健为什么就容不下他们，一定要抓之而后快呢？
周学健容不下他们的原因，也是基督教在皇朝无法广泛传播的原因。
首先，基督教所持的一些观点、教义与皇朝的社会伦理有着根本性的对立。例如基督教反对偶像崇拜和传统的祭祀文化；基督教倡导的上帝之下皆平等和皇朝一直秉持的“君臣父子、上下尊卑”……
在儒家卫道者眼中，传教士是离经叛道的人，而信教入会的教民则是背叛了祖宗和传统的人 …… 某种程度上他们的“恶”一点也不亚于皇朝的叛逆。
其次，由于皇帝的“猎奇”，让官员们天然的对基督教没有好感。
在官员眼中，皇帝是天下的表率。皇帝除了处理朝政、德教天下外不应该做其它任何事情。即便是传宗接代这种必须的活动，官员们也会劝谏皇帝不要沉迷“榻席之欢”。皇帝听听小曲、斗斗蟋蟀娱乐一下，在不少官员嘴里都是国之将亡的事情。
而清朝的几任皇帝对基督教和传教士的“奇技淫巧”还颇有兴趣，不但让他们随伺身边，还给予一些传教士正式官职。虽然大臣们不敢像明朝那般直接责难皇帝，但是不妨碍他们曲线救国，敌视和攻击传教士。
注：康、雍、乾三任皇帝均非常喜欢传教士的带来的西洋绘画技法，尤其是乾隆。
另外在此之前，基督教和清廷的关系也恶化得很厉害了，清廷及朝堂高官们对于基督教的容忍度也降到了历史最低点。
传教士在东方传教过程中也意识到了上诉矛盾和冲突。对此耶稣会内部产生了分歧，一些传教士认为需要针对东方的传统做一些变通和改变，也就是“华化”；另一部分则坚持教义、教规不能变更。
为了平息争端，罗马教皇克雷芒十一世在1715年（康熙五十四年）颁布通谕《从这日起》，宣布在华传教士不得重提东方礼仪问题（即不允许篡改教义、教规），违者将被视为异端而革出教门。
教皇通谕传到东方后，确实解决了争执，但最终的结果是教会始料未及的。化外蛮夷居然针对天朝发布禁令，康熙随即发布上谕，宣布禁教并驱逐传教士。只是康熙晚年受困于皇位之争，没有心思和精力去督促禁令的执行，这也是雍正登基后重申禁令的原因。
说回“福安教案”，按照之前朝廷的规定，相关传教士被确认罪行后就应该押至澳门或广州驱逐了事。但是周学健很快就意识到了问题的“严重性”，觉得不能这么简单处理。
在将传教士从福安押解回省城巡抚衙门审讯的过程中，周学健惊奇地发现，这些传教士的民心、声望高得离谱。不但百姓哭送，沿途负责押解的官员、差役也主动照顾这些传教士 ……
县门聚集男妇千余人送伊等起身，或抱头痛哭、或送给衣服银钱、或与打扇扎轿 ……
通邑士民衙役不畏王法，舍身崇奉邪教 …… 乃竟困结不解至于如此 ……
《福建巡抚周学健奏报拿获传教士白多禄等审讯并请严禁澳门西洋人潜入内地折》
区区蛮夷居然可以享有海瑞这种级别青天大老爷的待遇。周学健认为这些传教士不是传教这么简单，而是在“蛊惑人心、图谋不轨”。因此周学健不再将此案视为普通的传教案，他开始把教案向“悖逆”这个方向去攀附。
五月二十八日，周学健再次上奏，称白多禄等传教士是假借传教而行“悖逆”之事，他的理由主要是三个。
其一是煽动、引诱民众入教，目的不纯。
周学健指出佛教、道教除了经文，还传授咒语、符箓、法术等，而基督教只有经文，比较敷衍。佛教和道教吸收门徒都讲究“缘法”，要求信众捐纳 ...... 而基督教不但来者不拒，甚至入教还给予奖励。
而且周学健认为传教士的传教资金是他们的国王给予的，他觉得这些番邦蛮王都是穷奢极侈且抠门至极的主。不拿着钱财自己花，而是拉人入教，肯定有着不可告人的目的。
西洋各国国王专利取尽锱铢，而独于行教中国一事则不惜巨费 …… 夫以精心计利之国，而以资财遍散于各省，意欲何为？是其阴行诡秘，是不可测也。
《福建巡抚周学健奏陈洋教之害请将西洋传教士白多禄等按律治罪缘由折》
其二是拉人入教的手段诡秘、阴毒。
周学健理解不了基督教深层次的吸引力，因此他也理解不了教民对传教士的支持以及对基督教忠贞。周学健认为传教士在举行入教仪式时，往需要教徒食用的面饼里下了“迷药”。至于是什么迷药，药效为什么这么强，周学健也给出了解释。
用的是一直流传的“奇方”用“奇药奇引”的说法。周学健觉得这种特殊“迷药”是传教士屠杀儿童后，从死者头颅里提炼而得。因此他认为这些传教士的行为、用心，极其歹毒。
其三是败坏人心礼俗。
除了前文提到的基督教和传统伦理的矛盾冲突外，还有个地方让周学健特别的不能容忍。在教会的感染下，一些女性教民发誓终身不嫁并守贞。
在周学健看来，嫁人并生儿育女是女人的天职和本分，终身不嫁岂不是成了对皇朝毫无用途的“废物”？
而且周学健也不相信这些，他觉得这些女教民所谓的“守贞”只不过是种托辞，她们实际都是传教士的“禁脔”。至于这些女教民为什么坚称自己是自愿的，当然都是他“发现”的“迷药”的功效。
周学健认为如果不予严禁，长此以往，皇朝的臣民大部分都会被教会蛊惑控制，进而危及皇朝的安危。
福安一县，不过西洋四五人潜匿其中，为时未几，遂能使大小男妇数千人坚意信从 …… 假令准此以推，闽省六十余州县，不过二三百西洋人，即可使无不从其夷教矣。
《福建巡抚周学健奏报拿获传教士白多禄等审讯并请严禁澳门西洋人潜入内地折》
因此周学健不仅奏请全国各省严查传教，而且也不想把白多禄等人驱逐了事，拟判“为首者斩立决、从者斩监侯”。由于传教确实违反先皇禁令，所以乾隆很快就谕令各省督抚严查各地传教行为。但是对于周学健的判罚，乾隆似乎就没那么热心了。
直隶总督那苏图向乾隆请示让直隶地区的传教士、教民“戴枷示众”是否合适时，乾隆朱批“如此办理甚可，不必过严以滋乱”；山西巡抚阿理衮奏请如何处置当地传教士时，乾隆朱批“若无别故，押解广东可也”；对于山东捉拿的传教士，乾隆的意见是“薄惩以示警”……
贵州巡抚张广泗搜查传教士后上奏称自己准备“再行缉访”教民，结果乾隆觉得他在故意搞事，反将其斥骂一通“彼非别有所图，亦何必张大其事哉”。
可以看出，乾隆没有处死白多禄的主观意愿，杀不杀都行。他拖着不批是在看朝堂态度，如果大多数朝臣都认为当杀，就杀；如果大多数人觉得不当杀，就逐。
一是乾隆觉得事态并没有周学健说的那么夸张（乾隆在周学健的奏折上朱批有“未免言之过当”），他不想因此搞得血雨腥风。二是乾隆正宠信着郎世宁等基督教士，多多少少也会给他们一些面子。
不过乾隆将案子转三法司后又有了变化，法司里“卫道者”或者说周学健的支持者更多，最终复核的结果是同意周学健的判罚。
乾隆十二年四月，皇帝“从众”勾决了白多禄。但是其余四名传教士的死刑乾隆没有批准，而是要求福建方面将他们先行收押。乾隆如此决断，应该是和稀泥让官员和郎世宁等各退一步吧。
只不过费若用、德黄正国、施黄正国、华雅敬四人最终也没能活下来，因为他们的同胞不懂天朝“礼数”，犯了忌讳。
得知白多禄殉教后，教会有意救回在押的四名传教士，当年九月教会委托一名往返清朝和吕宋进行贸易的西班牙商贸船长处理此事。
在这些西洋人看来，朝廷已经裁决并且白多禄也已被处死，案子已经结束了。但是在东方，案子结案也不代表“结束”，不少情况下还“热乎”着。另外这名船长因为身份的问题，也接触不到福建地区的高官，因此用了个很“天朝”的办法，贿赂一名地方官员代为疏通。
“有心人”也就此看到了逆转案子的方法。很快乾隆就获得海外洋夷欲搭救那四名传教士，同时他也意识到一个问题。朝廷刚处置这些传教士，海外的夷人是怎么获知的？肯定是皇朝内部有人替他们传递消息。内外勾结，等同欲谋逆，这问题就大了。
即如案内白多禄被诛一节，乃系内地情事，吕宋远隔重洋，何以得知？看此情形，显有内地民人，为之传递消息 ……
《乾隆十三年三月上谕内阁》
乾隆十三年九月，乾隆密令福州将军将在押的四名传教士处死，至此没有西方列强干涉的“福安教案”落下了帷幕。此后清朝力行禁教，基督教在东方的第三次传播也以失败告终，满清也进一步的自闭，直至百年后列强用坚船利炮重新轰开大清的国门。