一种观点认为，南京大学当年办医学院的时候，直接拿下了鼓楼、军总，南京市口这三家，可以说这是当年南京最好的三家医院。
但这三家现在是各有问题，鼓楼本身不错，但科室不够齐全，受限于规模，现在在江北搞新院区，应该有所改善。军总在军改之后人才被挖得很恐怖。
至于南京市口，如今已被已经被省口赶超，实力是肉眼可见地下滑。之前老南京人只认市口，就像提到妇幼，默认市妇幼不会想到省妇幼一样。但现在再问口腔，都会在省口腔和市口腔犹豫一下了……
对此观点部分认同，南医大确实很努力，把工人医院和省口带到现在的水平不容易，但市口腔也不能说下滑，毕竟在复旦榜还是前十，只能说省口腔发展得更快。
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医院
老南京人一直更认可市属医院系统，并且之前也确实是市属医院强于南医大系（省属）医院，如同鼓楼强于工人医院，市口腔强于省口腔，市妇幼强于省妇幼，市儿童强于省儿童（二附医院）。不过后来市属系统缺少高校支撑，才逐渐被省属系统赶上。
实际上南京的市属医院系统在缺少高校支撑的情况下，能有现在的位置已经是相当不易。像最强的非医学院附属医院，广东省人民医院，本身依托了另一个牌子广东医科院，要知道，它可是有博士点的。
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