汉末三国的军队编制也分为战时和平时两种，大家所熟悉的各种将军都属于战时体制，这个体制跟现在类似，也分成两大块：中央司令部和下面的各个战区。
中央司令部主要由大将军、骠骑将军、车骑将军和卫将军组成。其中大将军地位最高，相当于全国武装力量总司令，下面的几位分别相当于第一第二第三副司令。
从大将军到卫将军都不常设，也不全设，如果不设大将军那么骠骑将军就相当于代理总司令。如果不设大将军也不设置骠骑将军，车骑将军就相当于代理总司令，以此类推。
三国时代，唯一特殊的是孙吴，孙权当皇帝，后在大将军的前面加了一个“上”字，称为上大将军，其实就相当于大将军，而下面的大将军得相当于骠骑将军。
在汉末三国的军队编制里，中央司令部下面通常设东、西、南、北四大战区，也叫前、后、左、右四大战区。战区的司令由四方将军担任，也就是前将军、后将军、左将军、右将军。比如刘备就曾封关羽为前将军，黄忠为后将军，张飞为右将军 马超为左将军。
在四方将军下面还有四征将军、即征东将军、征西将军、征南将军、征北将军。比如魏国张郃、夏侯渊、郭淮、邓艾 等人曾任征西将军。张辽、曹休、满宠曾任征东将军。再往下还有四镇将军（赵云曾任镇东将军）、四平将军（吕布曾任平东将军）、四安将军（陶谦曾任安东将军）。
汉末三国更多的是一些杂号将军，手下通常有一个军，按照当时的编制人数大约1-2万人相当于我们现在的军长。
现在的军通常都有一个番号，如中国人民解放军第79集团军、第81集团军、第十五空降军等。但当时人们不喜欢这样做，但也得有一个区别的名称，于是就有了讨逆军、讨虏军、横野军等。他们的“军长”，就成了讨逆将军（孙策曾任）、讨虏将军（黄忠曾任）、横野将军（徐晃曾由偏将军迁任横野将军）等，比这些杂号将军地位稍低一点的是偏将军，俾将军，他们相当于“副军长”。
在杂号将军之下，汉末三国还有一些其他军官如中郎将（如虎贲中郎将，统领虎贲军；羽林中郎将，统羽林军）、校尉、都尉（曹操就曾任掌管羽林骑的骑都尉）、司马等。
中郎将和校尉地位差不多，大体相当于大校师长，不同之处在于中郎将过去是禁军的指挥官，后来天下乱了，各地实力派也任命自己手下为中郎将，但通常在人们心目中中郎将比都尉分量稍微重一点。
而且各郡国地方武装指挥官也称都尉，所谓都尉相当于旅长或者是地方保安旅旅长，再往下是司马，司马的手里通常是一到两千人左右，相当于团长，史书里经常提到别部死马，那就是相当于独立团团长了。
汉末军队的基本作战单位实行二五制，最基础的单位为伍，即每五个人有一个伍长。两个伍为什，每十个人有一个什长。五什为队，每五十个人有一个队率。两个队为一屯，每一百人有一个屯长。五个屯为一个曲，每五百人有一个军侯。两个曲成一部，每1000人有一个军司马。