载漪出任总理衙门首席大臣后，发布了诛杀各地洋人的密令：“力庇团民，痛除洋贼”，南方诸省督抚大都以“伪诏”为由拒绝执行，只有毓贤坚决贯彻。
毓贤到山西做巡抚不久，就得到了极好的名声，老百姓都称颂他审案公平，有青天之名。那时义和团侵扰直隶，联军进攻天津，东南各省自保，袁昶和许景澄等以大祸将临，奏请朝廷迅速保护使馆教民，勿召外侮。朝廷的旨意模棱两可。总理衙门负责外交，见祸切肌肤，不得不请旨保护教民。
毓贤
廷寄送到山西，毓贤阅后扔到地上说：“这是汉奸所为，老佛爷必不信此，且端王、刚相等自有主张，岂会如此前后矛盾？”
翌日，端王和刚毅的秘函到达，果然命他力庇团民，痛除洋贼。
毓贤对家人说：“我差点被汉奸所误！”从此凡在廷寄中看见保护洋人及调和等词意，均不再入目，一意庇拳仇教。
6月26日，在他的默许和支持下，大批义和团进入省城太原，公开在衙门前设坛练拳。
6月27日，毓贤在巡抚衙门隆重接见义和团首领，对其款若上宾，鼓励他们与列强为敌，将传教士和中国教民消灭干净。
当天，拳民攻击教堂，富格拉副主教亲往巡抚衙门告急，毓贤托故不见，只令材官传话，说官府会采取措施保护教堂，让他不要害怕，富格拉只好回去了。
毓贤随即前往八旗兵驻地满城，命拳民准备硫黄、火把、煤油等引火之物。到晚上八点时，有一座最壮丽的英国大教堂被拳民纵火焚烧起来，大火冲天，烟焰满城。
拳民焚烧教堂
毓贤兴奋地跑到高处观看，拈着胡须幸灾乐祸地叹息道：“天意啊，这真是天意！”
有营官想设法施救，毓贤坚决阻止道：“你算老几，敢违背天命吗？没有我的命令，谁也不许乱动？”让手下传出令箭：“谁敢救火，军法从事！”
从此军民更无忌惮，肆意杀人劫物。
一个英国传教士从大火中逃出，在众人面前哭号道：“光绪初年山西大旱，赤地千里，我捐赠了五六万两银子，救活了全省数千人，难道今天还不能换我自己一条性命吗？”
那时周围多是拳民党羽，正鼓兴若狂，没有一个人为他求情，围观的百姓害怕祸及自己，也不敢说话，最后被拳民所杀。
一个英国妇女抱着婴儿逃出来，跪在地上哀求道：“我在这里行医治病，每年都要救活三四百人，今天请饶了我们母子的性命吧。”
话没说完，一个士兵用木棒将她击倒，推进火中，她奋力逃出，又被推入，和孩子一起被烧塌的房梁压死，葬身于熊熊烈火中。其余带伤逃出来的人，不知道有多少。
大教堂被焚毁后，毓贤命令搜捕各个分教堂的传教士和教民，将他们集中到一处。先令士兵守住太原六座城门，禁止教士出入，检查行人身上有没有佩戴十字架，佩戴的全部抓起来。
6月28日，毓贤发布诛杀洋人的告示。当天，教堂中的修道主与十余名佣工全被拘押，他们携带的物品大半被守门兵夺去。
午前，拳民抢劫英国教堂，幸亏房主及时出来阻止，房屋未被焚烧。因为昨天英国传教士用枪打死了几个人，午后，数万兵民将天主教堂包围了起来。
毓贤害怕堂内有防备，没敢下令焚烧，命县令白某和几个随员到堂勘验，对教堂人员虚言抚慰。等到晚上十一点时，又委派臬司恩铭前来窥探主教是否会逃出。旋即派兵将教堂大门守住。育婴堂（孤儿院）中有二百二十多个天主教修女，将她们星夜迁往桑棉局，说过二三天局势平定后就把她们送回来，主教勉强答应了。
6月29日，毓贤发布告示，要求所有传教士和中国教徒叛教，否则身家性命不保。自是谣言愈炽，教堂前后，日夜有人看守，每天都有官员前来教堂查验。
毓贤以“县城兵力单薄，担心防护不周”为由，让全省各地的传教士到省城集中保护。先后有四十多个传教士及家属来到太原，他们一到就被关进了太原太平仓铁路工局（铁路公所）的一间屋子里，派士兵在外面把守，时时供应蔬果，谎称将送他们入都。
几天后，将其悉数驱入巡抚衙门关押，肆意羞辱，迫使其叛教。但众人意志坚定，并不屈服。
7月5日，白县令对太原城内的各位主教说：“派士兵守护各个教堂，大为不便，不如你们暂时都集中到一个地方居住，等形势太平了再回去。”主教们只得依从。
白县令命人将各教堂中的人员姓名抄录在一张纸上，把主教、神父、修士、修女等三十多人一起带到猪头巷（天平巷）客馆艾士杰主教住处，将教堂大门封锁，骡马全部牵走。
外国神父
次日，从寿阳押送到省城的英国牧师毕翰道一家七口被关进巡抚衙门。
7月9日午后，白县令来猪头巷探望众教士，假意慰藉了一番后离去。
那天，毓贤忽然身穿官服去参拜母亲，他跪在地上，泣不可止地对八十多岁的老母亲说：“儿子为了国事，不能再顾身家了！”
母亲听了十分惊讶，问他为什么说这种话。他不回答，转身走出去，微服骑马带队去将猪头巷围住，命士兵将四十多个传教士及其家属押送到巡抚衙门，将他们全部剥掉上衣，罚跪于西辕门前广场上。
在百姓的围观中，毓贤向他们发表讲话，厉声数传教士惑众之罪，强烈谴责他们过去若干年在中国犯下的累累罪行，尤其是对中国儿童犯下的罪行。
他的讲话遭到了主教艾士杰的反对。毓贤瞪着艾士杰问：“你来中国，害了多少人了？”艾士杰答道：“从不害人，只知济世救人。”
毓贤狠狠地说：“死到临头还敢嘴硬，你要知道，我现在不怕你们了！”随即命令手下动刑。
拳民和营兵都不敢下手。
毓贤大怒，抽出佩刀朝其一刀劈去。这一刀正砍在脸上，顿时鲜血四溅，艾士杰雪白的胡子瞬间被染成了红色，他惨叫一声，掩面倒地。毓贤上前补上几刀，将其当场杀死。
毓贤喝令剩下的人背教，众人死活不从。
毓贤大怒，命将他们全部拉出去杀掉。士兵和拳民一拥而上，挥刀乱砍，杀死副主教富格拉、神父雷体仁、德奥理，安助理修士，五名中国修道生，七名西方修女，九名服役教徒，英国教堂中男女老少三十余人及佣人二十余名。妇女和儿童被杀时，呼号之声惨不忍闻。
毓贤还不解气，命将他们全部枭首剖心，人头挂在城门上示众，把尸体扔到城外，暴尸数日，尸积如山，许多被野狗吃掉了，幸存的教民偷偷掩埋了一些尸体。
艾士杰是意大利人，27岁来华，32岁到山西，跟随他的亲舅舅——时任山西教区主教的江类思传教，后升任山西教区副主教，山西分为南北两个教区后不久，江类思病故，艾士杰正式担任山西北圻教区主教，驻扎在省城太原东三道巷的主教座堂。
他管理山西教务二十四年，扩建多所修道院，建造了大大小小60余座教堂，其中规模较大的有大同、清源、潦沟、祁县、九汲村和棋子山等地的教堂。
他善于理财，在城乡各处广置房屋田地，使郊区财政不虞匮乏。他入乡随俗，穿中国服装，说中国话，被当地人称为中国洋人。
他开始负责山西教务的1876年，正赶上华北五省亘古罕见的大旱灾，他和英国浸礼会的李提摩太等人大力筹集资金赈济灾民，救活了全省数千穷苦百姓。和他一起遇难的副主教富格拉在山西传教数十年，深受当地居民爱戴，他们后来都被罗马教廷册封为“真福品”。
在“西辕门灭洋事件”当天晚上，太原义和团焚毁了大北门街的天主教总堂。
7月10日，毓贤来到桑棉局，逼令迁到此处的二百二十多个天主教修女背教，她们都不肯听从。
毓贤大怒，命将为首两人斩杀，以盆盛血，令所有修女喝下，有十六个修女争着将血喝干，连呼这是“天主救世的血！天主救世的血！”
毓贤暴怒，命将十六人捆绑起来吊在高处，逼迫其余修女背教，诸女仍不听从，求死的决心更加坚定。毓贤让士兵随意凌辱。
士兵蜂拥而上，从中选出几十个面貌俏丽的修女掠去欲行非礼，全都不肯屈从，有的被掐死后遭到奸尸。所有修女都被杀掉了，尸横如獭祭，看见的人莫不惨伤。
毓贤又命某员率领数十名士兵将教堂中剩余的人员捆送县署，逼令他们背教。有个叫李富的教民，现任平定州守备，告假在家养病，坚决不肯背教，被关进监狱二十九天，折磨致死。教民韩元泰和赵还生，被人诬陷在井里下毒，受刑而死。教民王德年已七十九岁了，与王小和不肯背教，饿死扉圜。
过了几天，士兵和拳民将教堂中的物件全部抢光，放火焚烧。烧毁一座大教堂，两座小教堂，住房四百二十余间。银两尽数入官。
7月10日，拳民将太原城中及近城教民百余家抢掠一空。
7月11日，毓贤发布告示强令教民出教。
7月14日，毓贤派巡捕杜某会同义和团包围了太原头道巷、二道巷李、樊两家院子，杀死天主教徒李泽华等39人。没杀的都逼令出教，不从就逐出城外。
毓贤数次告示全省：“洋人传教，邪术迷人，毒害中土……凡尔教民，亟宜自新……倘仍不改……严拿惩办，立正典刑。”
在太原县百余个村庄中，只有汾西的洞儿沟、高家堡、邵城、姚村、枣园头、田村、南张村、王郭村、古城营、五府营和汾东的杨家堡、殷家堡、柳林庄、东里解、辛村、南格、三贤等村庄有教堂。
7月下旬，北格镇关老爷率领团民围攻三贤村教堂，“该教民聚集教堂杜御，男放火枪，女洒毒水。而拳民奋勇攻扑，三日乃破，所有教堂及教民宅舍悉付回禄。其号‘关老爷’者中枪身亡，拳民毙者四五，受伤者数十人。”
8月6日，小店镇周仓带领团民“攻杨家堡之教民，反教者唯老妪一、少妇一，教堂亦火。”南城角义和团首领三教师率团民先后攻破西柳林、邵城、王郭村、古城营、五府营等数村天主教堂。
8月9日，拳民进攻王郭村时“先焚房院，继攻教堂。该教民预备不周，火药数瓮无故自炸，火枪兵刃亦莫能施……”。
8月12日，拳民攻打古城营时“教民多聚教堂，奔窜十余人。乡约某向受教民贿嘱，至是竭力保护，名曰助杀教民，其实暗放火枪伤害拳民。三教师知觉，举刀欲砍，号菩萨者求免，缚束教堂之旁。十九日，教堂破，乃放。是日，五府营之教堂火，其教民业于前宵全数逃入洞儿沟去矣。”
太原县所属的洞儿沟天主堂，是罗马教皇派遣艾士杰主持修建的大教堂之一，在义和团群起围攻教堂、诛灭洋人的浪潮中，太原及其附近的外国传教士和中国教徒纷纷逃奔到这里避难。当时洞儿沟“……少壮则编列队伍。
列短剑长矛，森立教堂左右；鸟枪、火炮密布教堂周围。昼则树帜以壮威，夜则悬灯以照路，勒兵严阵以待义和拳。”义和团对洞儿沟天主堂仇视已久，想先攻下其屏障梁泉道（在洞儿沟之南），然后再取其老巢。
八月，清源、徐沟、太原等县义和团会攻清源县西南之梁泉道，“该处教民众多，房屋庐舍涣散如星，三家一簇，两家一聚，势如长山蛇，联络不断，处处埋伏，处处守御，洋枪洋炮布置周密，洋夷伏教堂高处指挥，教民列阵以待。其北十里，又有洞儿沟教民为之策应，该教民因之气盛胆雄……”义和团一连会攻七八日也不能攻入。
毓贤纵令拳民随处搜杀教民，土匪趁机掺和，谋发洋财。教民无处藏身，东逃西窜，惶惶不可终日。全省各地富裕的教民都被拳民掠夺。被逼背教，反抗致死的先后达数千人。受害最深的莫过于大同、朔州、五台、太原、徐沟、榆次、汾州、平定诸县，神父教民死伤过半，大量传教士失踪。
自从毓贤就任抚台以来，山西教民睡觉都不能安枕。在他的亲自指挥动员下，山西义和团运动达到了高潮。
毓贤的暴行激起了列强的强烈抗议。但鉴于当时的形势，列强无力前往山西解救那些无助的传教士。
英国驻上海代总领事霍必澜告诉英国政府：“山西巡抚毓贤是一个具有激烈排外情绪的官员。这么多传教士在山西被杀的责任应该由他承担。我们不能期望得到他的帮助，如果没有外援，就没有机会找回那些失踪的传教士。”
后来在陕西巡抚的帮助下才在山西境内成功营救出一批传教士。
拳民焚杀之惨，以山西为最。其他地方拳民杀人放火都是自发的行为，力小而弱，唯独山西是巡抚大人亲自领导指挥，所以力量十分强大。
毓贤虽然刚愎残暴，却极其惧内，他夫人也很仇教，力主痛杀洋人，后来她背上长了个毒疮，百般医治无效，病死在了山西。
在毓贤主政山西的短短数月间，教案波及全省79个州县，共杀死传教士191人（其中天主教方济各会意大利籍主教、修士和修女12名，英国浸信会传教士34名、教士幼童11名）、中国教民及家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋2万余间，是全国各省中传教士和教民死亡最多的一个省。
义和团运动结束后，毓贤在列强的要求下被清廷处决，全省40 余名官员被严惩，120多名义和团首领被抓捕处死，山西被要求赔偿传教士抚恤金和丧葬费等263万两（不包括修建教堂的费用），每年分担庚子赔款116 万两。
庚子赔款
巨额赔款转嫁到人民头上，山西除加征钱粮外，另外增加了几十种税，导致物价暴涨，原来二十文钱一斤的盐涨到四十文一斤，许多商业衰落，手工业大量停产，经济凋敝，民不聊生。除承担巨额赔偿外，清廷还禁止山西士子参加科举考试五年，以示惩罚。
毓贤疯狂排外的行为让山西人民付出了巨大的代价。