历朝历代的史官将皇帝的日常生活、言行举止全部收录进《起居注》，作为皇帝日常行为记录。顾炎武在《日知录》中讲：“古之人君，左史记事，右史记言，所以防过失，而示后王。记注之职，其来尙矣。”可以说，从汉以后，几乎历代帝王都有《起居注》，但流传下来的却很少。主要因其一般不外传，仅作为撰修国史的基本材料之一。
对于《起居注》，清朝也不例外。
通过翻看光绪朝的《起居注》，我们能获取如下三点重要信息：
首先，在被软禁在瀛台以后，载湉每天的活动范围受到了限制，他的一举一动都会受到监视。每天起床后，光绪必须动身前往仪銮殿，向老佛爷下跪问安。在载湉被软禁期间，早上的下跪问安成了每日任务，风雨无阻。根据《起居注》的记载，在光绪三十四年也就是1908年10月19日当天，载湉仍照例前往仪銮殿向慈禧请安。
从这份记录我们可知，在10月19日之前，光绪的身体很健康。
其次，在之后的10月20日《起居注》中，开始出现载湉“不豫”的记载，关于日常下跪问安的记载戛然而止。据此推测，光绪的身体在这一天出现了严重的问题，连日常前往仪銮殿问安都无法做到。结合其他文献来看，在10月20日这一天，老佛爷在仪銮殿中下达了指示，任命载沣为摄政王，载沣的儿子溥仪被接入紫禁城。显然，慈禧已经开始交待后事了。
从这一细节可以看出，至少在20日这一天，慈禧已经预料到载湉死期将至。
最后，在10月21日《起居注》中，载湉的身体已经到了“大渐”的程度，也就是说此时的光绪已处于弥留之际，性命垂危。“酉刻，龙驭上宾”，载湉于当晚于瀛台驾崩。更离谱的是，载湉过世后还不到二十四小时，慈禧太后便于仪銮殿殡天。三十八岁的光绪皇帝，反而死在年龄比他大一倍的慈禧太后之前，而且两人过世的时间只差一天。
是无独有偶，还是一场策划好的阴谋？
种种迹象表明，光绪绝非正常死亡。
认为光绪死于非命的学者，给出了以下几种说法：
一、慈禧谋害说。
恽毓鼎在《崇陵传信录》中提到：慈禧太后卧病在床后，载湉表现得非常轻松，甚至“面有喜色”。慈禧听说这件事后，气得火冒三丈，对左右说道：“我绝不能死在他的前面！”
恽毓鼎在光绪身边担任了二十年的“起居注官”，前文中我们提到的《起居注》就是此人负责书写的，因为恽毓鼎非常贴近光绪的生活，所以他的回忆录非常有说服力。
由此推测，慈禧在弥留之际，生怕光绪会在自己过世后重掌朝政，自己苦心经营的朝政及制造的种种冤案会被颠覆。为了避免这种情况的发生，慈禧命人在光绪的饮食中下毒，让光绪死在自己之前。
二、李莲英谋害说。
根据德龄公主留下的《瀛台泣血记》，我们可知以李莲英为首的一众太监，仗着老佛爷的宠信，经常作威作福，甚至连光绪都不放在眼里。光绪在他们眼中就是个失了势的傀儡皇帝，平日里这些太监经常恶语中伤甚至欺辱光绪。
李莲英等人认为，慈禧一旦驾崩，光绪就会重新主政，届时自己早年愚弄光绪的行为势必会遭到清算。为了防止光绪报复，李莲英等人决定先下手为强，在慈禧殡天之前干掉光绪。由于太监们负责光绪的饮食起居，所以他们有下毒的便利条件。
三、袁世凯谋害说。
在《我的前半生》这本书中，我们能看到这样的秘辛：
戊戌变法的过程中，光绪对袁世凯寄予厚望，将政变的重点委托给袁世凯。然而，袁世凯辜负了光绪的信任，在关键时刻袁世凯背叛了皇上，选择依附于实力更强大的慈禧。袁世凯担忧，一旦老佛爷归天，重新上位的光绪绝不会饶了自己。为了永绝后患，袁世凯便打着献药的幌子，将毒药放在补药中进献给光绪，杀掉了光绪。
可以看出，所有关于光绪死于非命的说法，都称光绪死于毒杀。那么，为什么史学界如此笃定光绪死于毒杀呢？
笔者认为这都是受到屈贵庭行医记录的影响。屈贵庭是光绪的太医，在光绪过世之前屈贵庭曾前往瀛台为皇帝诊病。在10月19日晚上，屈贵庭来到瀛台，最后一次检查光绪的病情。屈贵庭发现，光绪原本健康的身体竟在短时间内崩溃。当晚，光绪腹中剧痛，躺在床上翻来覆去睡不着，而且光绪的舌头呈乌青色。
从这段记载可知，虽然谋杀光绪的凶手未知，也无法推敲出幕后主使是何许人也，但光绪被毒杀这一点是可以确定。
当然，之前也有少数学者认为光绪是病死的。他们的解释是：政治上的失意，长期的精神抑郁，更使光绪患有严重的神经官能症，心悸、失眠、食欲不振等症状相继出现，逝世前一年已病入膏肓，直接死亡的原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，并发急性感染。但是，在2008年，经过对光绪皇帝残留的一缕头发的鉴定，证实其确实死于砒霜中毒。
参考资料：
【《光绪帝起居注》、《清史稿·卷二十三·本纪二十三》】