明神宗年仅十岁即继承了皇位，登基后在首辅张居正及太后的监督之下，度过最初十年。
亲政之后出现了短暂的励精图治，之后便开始了长期的消极怠政，不郊、不庙、不朝、不见大臣、不讲经筵、奏疏“留中”、官缺不补。
皇帝长期的怠政行为，严重影响了朝局的正常运作。万历时期，阁部制衡政治体制下阁部矛盾，也显得异常尖锐，阁部斗争在京察中也有体现。
自张居正夺情之争起，朋党政治渐成主流，另外，万历时期整个社会弥漫着纵欲和奢靡的气息，士风俭薄，利欲意识增强。
官员之间为各自利益拉帮结派，各次京察实则沦为各党派之争的重要战场，成为他们打击异己的工具。
01明神宗对朝政态度的转变
明神宗继位时尚在幼年，在即位的最初十年，首辅张居正总揽朝政，明神宗对先生张居正言听计从。
张居正在万历十年（1582 年）去世后，明神宗才是真正意义的大权在握，对政事表现得极为热情。
但好景不长，万历十四年（1586 年）下半年出现消极怠政现象。总的来说，万历前十年，是张居正的时代。
自万历十年（1582 年）至万历十四年（1586 年），明神宗亲政后的四年内，对朝政表现的励精图治；
万历十四年下半年开始逐渐怠政，之后便是长期的消极怠政。皇帝对朝政的态度严重影响着京察的运行结果。
02短期的励精图治
小皇帝朱翊钧登基后，首辅张居正认为皇帝年幼，“视朝不如勤学尤为务实”，便安排明神宗，除举行大型典礼和例行的升殿及面见大臣咨问朝政外，每月三六九日定期视朝，其余时间皆是进行讲学。
小皇帝在大寒、大暑得以歇息之外，日常皆在视朝和讲读，日复一日坚持十年之久。张居正也时常教导小皇帝要崇尚节俭。
如一日在文华殿讲读时，明神宗问他身穿的御袍是什么颜色，张先生回答说是青色的，小皇帝说原是紫色的，因是穿太久掉色的缘故。
张居正便趁机教育小皇帝要崇尚节俭，说皇上若能节约一袍，则可供民间数十名百姓有衣御寒，并举例明世宗所穿不尚华靡，世宗朝国运长久未必不在于此，教导明神宗要以皇祖为法。
小皇帝也对张居正的话深以为然。明神宗生母慈圣皇太后对其也严加管束，每日视朝、讲读结束，立即返回乾清宫，没有太后许可，不得私自出殿门，小有过错即当面谴责。
明神宗继位后十年间，德学得到很好的培养，有望成为一位有作为的皇帝，事实上在亲政后的几年间的确也做到了励精图治。
万历十三年（1585 年），慈圣皇太后称赞明神宗：“皇帝自在冲龄，夙有至性，承颜顺志，朝夕不违。临御以来，祗肃训词，进德修业，勤图治理，慎节起居，继述有光，予衷允怿。”
皇帝励精图治、勤政爱民，认为民为邦本。如万历十二年（1584 年）秋八月至下年春二月京师一直不下雨，河井枯竭，明神宗便传礼部祈雨。
几次祈雨后仍未降雨，明神宗便决定走路，亲自到南郊祭祷，以表诚心。
祭祀典礼结束后，明神宗坚持步行回宫，往返几十公里，不怕辛劳。一月之后天降大雨，谕礼部“上天垂仁，雨泽大霈，朕心欣荷，祈祷着停止，遣官告谢，具仪来行”。
明神宗又下令，灾伤严重之地，免今年田租。河南道试监察御史许守恩，认为明神宗“忧旱而步祷南郊，恤灾而特发帑赈，是至仁也”。
明神宗重拾了自孝宗后，再未举行的辅臣召对之典。万历十三年（1585 年）五月十九日，朱翊钧下朝后，与首辅申时行等讨论按臣董子行的奏疏。
针对董子行提出的抚镇官，应当亲自巡历地方，明神宗认为边事是国之大事，若抚镇官不亲自巡历地方，全权交给地方官，岂不误事？申时行等人表示赞同，说抚镇官每年巡历地方，地方官定不敢有所欺瞒，自能尽心料理。
针对董子行提出的巡抚，应当久任的问题，申时行说巡抚久任，其在职位才得以施展才能，对百姓生活安定是有益的，昨日皇上认为方弘静资历尚浅不准推升，臣子皆深服圣断。
明神宗说巡抚任职年久者，宁可给其加俸加衔，也不可轻易使其职位变动。讨论结束后，明神宗对申时行说今后有政事再来和先生商量。辅臣召对之典，自明孝宗后，明神宗再次重拾。
明神宗亲政初期不仅勤于政事，关心民事，还注重吏治，留意边防。如天下有司官多贪赃坏法，酷害百姓，明神宗告谕吏部今后应严加选用官员，告谕都察院应严加监督，务修实政。
一日，因大风异常，占主边兵，明神宗得知后极是恐惧，传谕内阁：“昨日申初，偶尔大风陡作，四下昏浊，朕甚忧惧。既灵台所奏主边兵，朕闻奏甚惧。兹又遇灯节，卿等可传与兵部，传示各边将官，慎加防备。”
提醒各边将官应慎加防备。并且“轸念将吏劳苦，升赏俱从优厚”，以此激劝人心。
此外，明神宗视朝同公卿大臣商榷政事、亲览章奏、讲读、经筵寒暑不辍等，但明神宗的励精图治可称为昙花一现，之后便开始了长期的消极怠政。
03长期的消极怠政
明神宗消极怠政原因是多方面的，显而易见的一个原因，是明神宗过度沉迷酒色，而导致身体虚弱，疾病缠身，无法处理朝政。
礼部祠祭司主事卢洪春曾在万历十四年（1586年）十月上疏提到，皇上自九月十六日以后，连日传旨头晕力乏，身体不适，暂免朝讲。
明神宗因身体不适经常免朝。但是疾病缠身只是怠政的一个方面，明神宗也传谕内阁“不可因朕疾久以废政事”，不可忽略的是明神宗与文官集团，日益激化的矛盾。
明神宗与文官集团，斗争最为激烈的要数争国本之事。万历十四年（1586 年）正月，明神宗所喜爱的郑氏产下一子。
二月，首辅申时行等人，恳乞明神宗册立太子，并以祖宗朝故事为例，明英宗年仅两岁、明孝宗年仅六岁、明武宗尚未周岁皆已行册立之礼，而如今元子在万历十年（1582 年）诞生，现已五年，应当正名定分。
申时行等人提出今年春月册立太子，至于接受朝贺和出阁讲学等事，可以等一两年之后再行。明神宗却以元子婴弱为由，推迟至二三年后举行。
申时行等人认为举行册立之礼并不繁琐，不过是一受册、一受朝，而名号既可得以确定，大臣们也不必整日因此事再来烦渎皇上。
明神宗仍命遵行前旨。先是阁臣、部臣及科道等官，请册立皇长子为太子，明神宗推脱不行。
随后却下令将生第三子的郑氏，晋升为皇贵妃，朝堂一片哗然，怀疑明神宗想要废长立幼。
户科给事中姜应麟首先上疏，请求明神宗收回成命，郑贵妃虽然贤能，但生下的毕竟是皇三子，如今郑贵妃犹然亚位中宫，而恭妃所生是元子，怎能位在郑贵妃之下？
姜应麟提出应当首先册封元子生母恭妃为皇贵妃，再封生第三皇子的郑贵妃，如此长幼得以分明，既不违背礼制，又不伤情义。
明神宗大怒，姜应麟受到降级处分。各部、科道交章上疏，内容皆请求册立元子为太子，同时进封元子生母恭妃为皇贵妃，避免庶有独进之嫌。
明神宗发出圣谕，姜应麟等人被降处，并非因国本之事，而是因为他们揣摩圣意，引导言论，并斥责他们的做法为沽名渎奏，讪君卖直。明神宗强硬的态度并没有使大臣们妥协。
明神宗册立皇长子一推再推，万历二十一年（1593 年）年正月，首辅王锡爵以明神宗曾亲发大信，在万历二十一年册立太子为由再请册立东宫。
明神宗便引《皇明祖训》内“立嫡不立庶”之训，提出暂先不行册立，以待将来皇后生下嫡子，又说如今元子和皇三子都已经长成，皇五子虽然尚小，三子暂时一并封王，以待日后有嫡立嫡，无嫡立长。
三王并封提出，使双方矛盾更加难以调和，大臣质疑明神宗的奏疏应接不暇，明神宗最终选择消极怠政的方式，来对抗大臣。
万历中期以来，明神宗不郊、不庙、不朝、不见、不讲、不批。
时任大理寺左评事的雒于仁曾说，他入京一年多的时间，仅在朝堂上见到明神宗三次，其余则是经年动火，常日身体虚软无力，圣政早已久废，圣学早已久辍。
明神宗久不视朝，诸臣怀疑明神宗以疾病为借口进行怠政，正如大学士王锡爵所言：“臣等因近侍得以剽间音旨，若外廷百司，耳目不接，谁能无疑？”
吏部尚书杨巍等人也上疏。提及内外大臣对于皇上不视朝猜疑益甚。大臣围绕皇帝怠政、国本、内帑、矿监税使等一系列问题，掀起一股批评明神宗的浪潮。
明神宗怒斥部、院、科道等官，近来各衙门多有不务正业者，“或轻信讹言，沽名卖直，诬讪君上；或妄生议论，扰乱国是，排挤端良；或窥采观望，煽惑人心；或邀结附和，颠倒公论”，又说如今言路阻塞，彼奏此辩，无有是非。
君臣之间产生了巨大的隔阂。大臣与明神宗沟通的主要渠道便是奏疏，而大臣“上奏之疏十留六七”，首辅叶向高也曾无奈地说到“御前之奏牍，其积如山；列署之封章，其沉如海”。
大臣们以上乞休疏的方式来对抗明神宗，奏疏明神宗往往不报，一些官员甚至“杜门”、“挂冠”、封印径去。
本来明神宗就缺官不补，在职官员又纷纷求去，政事壅滞至此，自祖宗朝二百年来从未见有像今日之景象。