中美两国在南海“航行自由”问题上存在严重分歧。美国认为中国在南海的“过度海洋主张”破坏了南海“航行自由”。美方所谓的中国的“过度海洋主张”主要包括“西沙群岛直线领海基线”“中国南海历史性权利”“军用船舶进入南海岛礁12海里需中国事先批准”“在专属经济区内从事军事测量和侦察活动属于违法行为”等。
美国认为，中国继续在南中国海的岛礁上建立军事基地，使中国的实力不断增强，这与美国在“国际水域”上的航行自由的目标相抵触。美国极力主张在各种地区和全球性多边组织框架下讨论南海问题，妄图在南海问题上统一口径，并鼓动日本、印度等国“关注”南中国海问题。
美国有意以南海问题为借口，挑拨中国与东盟国家的关系，抹黑中国的形象，遏制中国的影响力，削弱中国在南海的存在。中国政府认为美国在利用南海问题巩固其在亚太地区的地位和影响力，美国的最终目标是遏制中国的发展和崛起。
中国在南海问题已成为世界媒体关注的焦点，美国等西方国家无视事实，谴责中国在南中国海岛礁建设为“扩张”“以强凌弱”。美国则不断加强在中国周边地区的军事部署，强化“五眼联盟”，介入中国与周边国家的海洋领土争端。
南中国海问题与钓鱼岛问题、台海问题等一起成为美国对中国进行战略挑衅、进一步恶化中国海上和周边战略环境的抓手，频频采取行动，企图使中国陷入多点联动、疲于应付的被动局面。
鉴于目前美国在南海的军事化活动已常态化的现状，中国在南海地区话语权的增强必须以海军和海上作战力量的建设和发展壮大作为重要保障。经过多年的重点建设，中国的海军实力已取得长足发展，但与美国等发达国家相比仍存在一定差距。
在南海问题上，中国一方面在政治上坚定维护自身权益和地区安全的立场，另一方面也在不断强化海军建设，提升海洋硬实力，积极应对美国在南海的军事行动。为此，中国应继续强化自身的海军人才培养、加强海上作战力量的研发和建设工作，提高海上作战力量的数字化和科技化水平，形成更具威慑力的海军作战力量，从而在南海局势中掌握主动权。
同时，中国海军要加大南海巡航力度，对美国和有关国家违反国际法，损害国家主权与安全利益等南海问题采取积极主动，及时果断的应对措施，表明中国捍卫南海和平与稳定，捍卫国家主权利益，增强中国处理南海问题的主动性。