9月13日，东京都知事小池百合子正式宣布，决定与新冠病毒共存。为配合国家方针，将从本月26日起重新评估医疗机构对所有感染者的发病报告“全数掌握”的运用方式。
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今后申报对象仅限于65岁以上的老年人和有重症化风险的人等。其他64岁以下没有基础疾病的患者，医疗机构不提交发生报告，保健所也不联络患者进行健康观察。为了应对被排除在申报对象之外的患者的骤变等情况，东京都的方针是让患者在网上自行登录“阳性者登记中心”，从而与医疗咨询、住宿疗养、配餐服务等联系起来。
针对新冠后遗症，东京都政府在其网站上公开了都内可接诊新冠后遗症患者的医疗机构地。
尽管东京都政府此前已开设后遗症专用咨询窗口，然而还是有许多民众表示“不知该去哪里就诊”。为方便民众自行查询，东京都政府整理编制了可接诊后遗症患者的医疗机构地图，于9月8日起在网站上公开，此次公开的地图包括都内402家可接诊后遗症患者的医疗机构。
同时，日本厚生劳动省的疫苗小组会14日同意把针对新冠奥密克戎毒株的新疫苗定位为《预防接种法》上的“特例临时接种”，将免费实施。20日将从作为第四剂接种对象的60岁以上人群及医务人员起，启动接种工作。10月中旬将扩大至已接种至少两剂的12岁以上所有人群。接种间隔暂时仍要求距上次接种至少经过5个月。
使用的疫苗是厚劳省12日特例批准的美国辉瑞和莫德纳两家公司针对奥密克戎“BA.1”毒株的疫苗。到10月中旬将向地方政府配送共3300万剂。设想9至10月为约6850万人实施接种。
为防备岁末年初疫情蔓延，力争建立起10至11月单日接种超过100万剂的态势，让有意愿者在年内完成接种。