9月12日，就在蓝色起源宣布新谢泼德亚轨道飞行器已经盈利1亿美金的3个月后，一架名为NS-3号的新谢泼德火箭点火升空，这将是贝索斯的这个“大玩具”创造新记录的时刻——实现9次重复使用。目前现役的两枚新谢泼德火箭（NS-3和NS-4）都完成了8次起飞和降落，其中NS-3用于搭载科学实验和仪器，最高飞到过116公里；而NS-4主要用来载人，截至2022年9月已经将32名游客送到了卡门线（太空分界线）以上。结果NS-3.9点火约65秒钟后，此时的飞行高度大约为11.4公里，火箭主发动机BE-3的尾焰形状突然发生变化，颜色也逐渐变红，表现出不充分燃烧的情况，随后NS-3.9载荷舱的逃逸发动机点火脱离火箭，并在降落伞的作用下安全着陆。而新谢泼德NS-3.9号火箭却因为发动机问题失控坠地丢失。
由于蓝色起源在社交媒体上全程直播了整个事件过程，而且事发时没有切断镜头，事后也没有删掉视频，因此我们可以用逐帧回放的方式来捕捉一些细节。最重要的一点是我们可以观察到发动机异常时有块状物体从发动机尾部喷了出去，疑似是某个部件破碎或者爆裂。但蓝色起源对问题的原因没有任何表态。第二天，蓝色起源大火箭项目“新格伦”号的副总师参加商业活动时，对外表示现在怀疑新谢泼德号的BE-3发动机出现了问题还为时过早，同时也坦诚在问题解决前，联邦航空管理局FAA暂停了新谢泼德号的飞行许可，也就是NS-4号暂时不能载人飞行了。
贾勒特·琼斯之所以不想让大家将BE-3发动机和这次事故联系在一起是有私心的。琼斯目前领导的新格伦大火箭的二级，就是使用了两台BE-3U发动机进行驱动的。BE-3U是BE3的改进型，新格伦号的研发进度已经严重滞后，而且首飞时机已经从2020年前推迟到2023年的某个时间，更是花费了贝索斯超过30亿美元的资金。这个时候如果新谢泼德号的BE-3出现问题，那么新格伦号也将不得不进行“归零”操作，这会让其首飞时间再次推迟。
也许现在就担心“大玩具”新谢泼德号的事故会影响新格伦的首飞确实为时过早，因为新谢泼德号上的BE-3发动机是“抽气循环”，而新格伦的BE-3U已经升级为“膨胀循环”。前者属于“开式循环”的一种，而后者的复杂度更低。说人话就是新谢泼德号的BE-3发动机问题有一定的概率不会影响BE-3U，新格伦号的首飞再次推迟的借口可能不会是二级发动机的问题。