对于经学来说，这种一切以科学精神和方法进行的研究方式，放弃了经学的“魂”，把经学放置在资料、知识的角度来解读，去掉了今文经学赋予经学的“为万世立法”的神圣地位，从而也瓦解了经学作为全民教育必需品的理论依据。
自此以后，经学真的变成一种古董，就像吴稚晖所言，这种古董的保存应该是“各国最高学院抽几个古董高等学者出来作不断的整理，这如何还可以花青年脑力呢”。将经学视为古董正是在科学视野下将经学材料化的过程，在顾颉刚等经过科学洗礼的学者眼中“上自星辰，下至河海，变幻如人心，污秽如屎溺，没有不可加以研究的。
国学的研究
国学是什么？是中国的历史，是历史科学中的中国的一部分。研究国学，就是研究历史科学中的中国的一部分，也就是用了科学方法去研究中国历史的材料”。
用科学的方法来研究经学是近代经学研究的重要转变，其中最核心的特点就是用治史的方法来治经。从章学诚到章太炎再到胡适，经学实现了研究方法的转变，用史学的眼光看待经学，用西方的方法研究经学，使得经学的研究走向科学化的道路。
在中国传统社会，治经者一般分为两种主要模式，“宋学”模式与“汉学”模式。“宋学”模式注重儒家的道德修养方法，教育过程先读《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》等书，然后读《五经》、诸子。
“汉学”模式有两种立场，古文经学的学者从文字训诂入手，先读《说文解字》、《尔雅》这类文字类的古书，然后再去学习经书；今文经学的学者在教育中注重孔子的微言大义，学习者先学《春秋公羊传》、《礼记·王制》等偏向于典章制度的古书，然后再扩展到《五经》。
传统治学观念一直延续到清末，以康有为、廖平为代表的今文经学派和以章太炎为代表的古文经学派都引领一时之风骚。科学的治经方法引入之后，经学研究产生了根本性的变化。
周予同在《怎样研究经学》一文中写道：“站在经学研究的现阶段上，我们不能像从前的学者一样，偏信以往经学上某一学派的主张，我们第一，首先要懂得‘经’是什么？第二，要懂得什么叫做‘经学’？第三，要懂得经学上有什么‘派别’？这些经学派别不同的特征究竟是什么？第四，要追究这些经学学派为什么会发生？它的最基本的原因是什么？综合来说，就是先从经学史的研究入手。”
经学的研究
周予同认为经学研究有两个阶段，首先要懂得经学，其次是要超越经学。懂得经学要吸取“汉学”与“宋学”、古今文经学的优点，超越经学则要实现对传统治学方式的扬弃。对传统治学的扬弃表现最明显的就是从“六经皆史”向“六经皆史料”的转变。
“六经皆史”是清代史学家章学诚的名言。章学诚认为：古代“未尝离事而言理，六经皆先王之政典也”。他认为六经是夏商周三代以上的历史，是当时典章政教的历史记录，是有德有位的人用来纲维天下的典法宝，这些书由周公汇集大成，经孔子传于后世。囿于时代的原因，章学诚的“六经皆史”还是站在经学本位上的。
随着西学东渐，清末古文经学的殿军人物章太炎则将经学研究从“经学本位”转向“史学本位”，开启了用系统眼光研究经学的新时代。
如果说章学诚眼中的“六经”是指上古时期的先王政典、官书，章太炎眼中的“六经”则是上古时期社会的踪迹记载，例如《诗经》是列国政治，《礼》、《乐》是周朝法制，《易经》也是太史卜筮之书。章太炎提出“六经皆史”主要是试图从历史研究的角度去解读经学，明其行事、识其时制、通其故言。
经学作为中国最古老的历史记载，关系到国族的根源，其重要性在于建构现代民族国家。章太炎将经学史学化，把经学视为上古历史，瓦解了经学的权威性。在传统社会经被视为“常道”，被视为万世立法的依据。
章太炎则认为：“真实可以称为经的，原只是古代的官书”。章太炎指出孔子作《孝经》，墨子也有《经上》、《经下》，甚至还有《周髀算经》，古代的官书都可以称为经，只是经过孔子删定以后，《六经》开始独占了经的名字，其他的书只能当作参考书了。
将“经”视为古书的统称，将孔子视为“良史”，经学成为史籍，使得今文经学宣扬的孔子为“素王”，经学为立法依据，都失去依据。
章太炎的学生朱希祖就认为：“经学之名，亦须捐除。我们治古书，却不当作教主的经典看待。况且《易》、《诗》、《书》、《礼》，本非孔子一家之物，《春秋》之前的书本非孔子一人所可以垄断的。”既然“经”的本义是织物上的纵线，没有什么天经地义，不可移易的含义，那么尊孔读经的神圣性便不复存在。
章太炎及其弟子将经学的神圣性祛除，经书仅为古书的代称，没有什么神秘崇高的意义，预示着经学的史料化即将来临。
经学的史料化
经学的史料化是经学研究视野的再一次重大转变，标志着经学研究科学化路线的进一步提升。陈壁生认为：“中国学术从‘以经为纲’到‘以史为本’的转型过程中，章太炎以其雄厚的经学基础与广泛的影响力，肇其端始，而胡适之则以其对西方学术的了解与‘再造文明’的口号，全面改造章氏旧说而总揽其成”。
经过胡适对国学的重新界定，传统的四部之学从“史”进一步变为“史料”，通过西方学科分类的规划，将经学作为史料纳入现代学科的研究范畴。
胡适在《<国学季刊>发刊宣言》一文中系统地阐述了其对研究国学的看法。在胡适看来，国学就是国故学，国故学包括一切过去的文化历史。当时很多学人认为熟悉古书的大师已经全部过世，国学也即将灭亡。
胡适却认为国学的未来一定胜于国学的过去，其原因在于科学的方法即将被引入古书的研究当中。清代三百年被称为“朴学时代”，很多古书被整理，很多古书及古物被发现。
不过胡适认为清儒治学存在三个明显的缺点：首先，是研究范围太狭窄，一切古学都是经学的丫头，在经学这狭小的范围内还存在门户之见，众多优秀的学者在三五本经书中挤来挤去，耗费了无尽的精力。
其次，清儒太注重材料的集聚与剖解，而不注重材料的组织与贯通，其弊病在于只有经师，而无思想家，只有校注，没有著作。清儒辛辛苦苦进行字词训诂，自以为打倒了宋学，然事实上学校里学的还是朱熹的《四书集注》、《诗集传》、《易本传》等书。
第三，缺乏比较的材料。因为学者们专注于研究经书，在经书中比来比去，其实还是见解孤陋。根据清儒治学的弊病，胡适提出了他的研究建议，这些建议开启了现代科学研究经学的新时代。
胡适认为首先要扩大研究范围，国故不但包括“国粹”，也包括“国渣”，不了解“国渣”，如何懂得“国粹”？扩充国学范围要将上下三四千年的文化以历史的眼光统整，以汉还汉，以魏晋还魏晋，以程朱还程朱，还古人以本来面目。这种“各自归还”的做法，开启了古史辨的新思潮。
既然经书皆是“任人打扮的小姑娘”，经过历代学者的粉饰失去了“本来面目”，就要恢复他们的原型。顾颉刚在推翻“孔子删述六经”时就写到：“六经自是周代通行的几部书，《论语》上见不到一句删述的话，到了孟子，才说他作《春秋》；到了《史记》才说他赞《易》，序《书》，删《诗》；到《尚书纬》才说他删《书》，到清代的今文家才说他作《易传》、作《仪礼》。”
经过顾颉刚的这种“疑古”，经书好似都是“层累”地编造的，其真实性皆值得怀疑，权威性自然更加大打折扣。
经学研究的史料化还在于经学史料地位的下降，此时儒家经典与村野小说在史料面前具有同等价值。胡适以文学为例，提出了科学研究古书的方法。庙堂文学应该研究，草野文学亦应该研究。
在历史学家眼中，民间小儿的歌谣与《诗》三百篇具有同等价值；民间小说与高文典籍同等重要。文学方面，应该将《诗》三百篇还给周代的无名诗人再评判它的价值。从研究价值来看，《道藏》中极其荒谬的道教典籍与《尚书》、《周易》有同等价值。
这样一种解读，彻底的将经学“史料化”，经学典籍与村儒札记具有同样的地位与研究价值，成为需要通过现代眼光整理的“国故”。
结语
总的来说，这些“国故”应该怎样去进行科学的整理呢？胡适提出了索引式的整理。《说文解字》杂乱无章，如果按照笔画做一个检字索引，则非常容易入门。所有的经书和不容易检查的书都应该做成索引，成为人人可用的古书。