近日，Computational and Structural Biotechnology Journal杂志（IF:6.115）在线发表了刘耀光院士、祝钦龙研究员团队的文章：“BEtarget: A versatile web-based tool to design guide RNAs for base editing in plants”。该文章报道了一个新的工具，名为BEtarget，专门用于设计碱基编辑的gRNA。它目前有46个植物参考基因组和5个非植物模式生物基因组的支持。BEtarget支持设计具有不同类型的protospacer adjacent motifs (PAM)的gRNA，并整合了各种功能，包括自动识别开放阅读框架，预测潜在的脱靶位点，注释密码子变化，以及评估gRNA质量。此外，该程序还提供了一个交互式界面，供用户选择性地显示所需靶点的信息。
本次开发的新工具已经整合到了该团队之前的开发的CRISPR-GE(http://skl.scau.edu.cn/)网站中，一如既往地好用。进入BEtarget工具，可以选择PAM类型、碱基编辑类型以及编辑框范围，随后输入目标的基因组序列即可(图1)。初始结果表列出了所有候选靶点及其位置、链、GC含量、潜在的非靶点和相应的密码子变化。可能的碱基替换和相应的氨基酸变化，包括编辑窗口内的终止密码子突变都以红色突出显示。用户可以选择显示具有预期突变类型的目标位点，可以是所有的候选位点，也可以是只有那些具有终止密码子突变的位点（无意义突变）。通过点击 "查看细节 "链接，用户可以检查详细的潜在脱靶位点及其分数(图2)。
图1 Submission page of BEtarget
图2 Visualization of the results
简而言之，该团队开发了一个灵活多变的碱基编辑器靶序列设计工具，以简化与碱基编辑技术设计有关的复杂问题。
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