虽然岛津齐彬一派遭到了岛津齐兴的残酷弹压，但是不幸中的万幸的是在此过程中有4名齐彬派的藩士成功逃脱，并在选择脱藩后逃亡到了筑前福冈藩，向福冈藩藩主黑田齐溥求援，话说齐彬的曾祖父岛津重豪生有26个子女（12女14子），其在女儿茂姬成为将军御台所以后，利用“国丈”的身份大力推行亲缘政治，除长子岛津齐宣继承了萨摩藩以外，剩余诸多子女基本都嫁给或者过继给了各家大名，而黑田齐溥便是岛津重豪的送入福冈藩的第十三子，也就是齐彬的叔祖父，除黑田齐溥以外继承藩主之位的还有中津藩藩主奥平昌高（次子）和八户藩藩主南部信顺（十四子）等人，岛津重豪的亲缘政治给萨摩藩构建了庞大的亲戚网，同时也给此时的岛津齐彬提供了绝地翻盘的机会。
话说岛津齐彬自幼由岛津重豪带大，深受重豪的影响，因此他的风格与重豪极其相像，酷爱兰学，被认为是重豪思想的继承人，也因此使得作为重豪子女的黑田齐溥等人很自然的与其亲近，成为了天然的齐彬派，于是当黑田齐溥得知岛津齐彬孤立求援、情况危机之时，很快做出反应向幕府提出申诉，随之消息很快传开，作为岛津重豪第十四子陆奥国八户藩藩主南部信顺也紧随其后向幕府进行了申诉。面对两大藩国的联名申诉以及事件的持续发酿，幕府不得不对此事做出反应，出面进行干预，为萨摩藩收拾残局，最终在岛津齐兴登城拜见之时，将军德川家庆向其赐下茶器“十德”，暗示其应该尽早隐居以平息事态，岛津齐彬终于迎来了绝地大翻盘。
嘉永四年（1851年），无法违抗将军命令的岛津齐兴被迫宣布隐居，结束了长达42年的超长待机，年过40的岛津齐彬终于得偿所愿继承了藩主之位，是为萨摩藩第十一代藩主。
岛津齐彬在继任藩主之位后便立刻着手按照兰学的思想推行“富国强兵”的策略。在藩内，他以“殖产兴业”为主导政策下，开始建设日本第一个近代西式工厂群，其包含了造船业、制铁业（反射炉、熔矿炉的建造）、纺织业、军事工业（大炮、地雷、水雷）、制造业（玻璃制品）等多种产业，这些产业最后被统一称为“集成馆事业”。在这些产业中以造船业最为重要，通过对造船业技术的发展，萨摩藩完成了第一艘西式帆船“伊吕波丸”和西式军舰“升平丸”的建造，并且在船只制造过程中为了解决帆船布等部件的制作问题，推动了相应的冶炼、纺织、军事等工业的发展。
在发展实业的同时岛津齐彬也十分注重人才培养和提拔，这一时期出身于下级武士的西乡隆盛、大久保利通等人均得到了齐彬的提拔，其中西乡隆盛先后担任了中御小姓和御庭方役等职务，成为了齐彬的亲信扈从，而大久保利通则先后担任了御藏役、徒目付等职务，两人均逐渐的在藩内崭露头角。
嘉永四年(1851年)，出身自土佐藩，在国外漂泊了10余年的约翰万次郎（又名中滨万次郎、约翰·蒙1827-1898）从美国返回日本，由于其精通英语与造船术等，因此受到了岛津齐彬的庇护，并让其教导藩士们造船技术，后来由于黑船来航事件的影响，约翰万次郎受到幕府征召，作为幕府旗本，受命开设军舰传习所。
岛津齐彬在继任藩主之前便与松平庆永、伊达宗城、山内丰信、德川齐昭、德川庆恕等雄藩大名多有往来，他们一起积极介入幕政，向老中阿部正弘呼吁幕政改革，并逐渐的形成了一个以支持一桥庆喜继任将军以实现政治报复的团体“一桥派”与当时幕府内部遵循血缘关系，主张拥立纪州藩藩主德川庆福的保守派势力组成“南纪派”相互对抗。
嘉永六年(1853年)，为了更好的对抗幕府内部的“南纪派”势力，岛津齐彬决定与幕府开展联姻，将一名值得信任的岛津氏公主嫁给当时刚刚即位的第十三代将军德川家定，以增添在大奥的影响立，最后经过选拔选定了分家今和泉岛津氏当主岛津忠刚的长女於一，将之收为养女，改名笃姬，之后又在安政三年(1856年)让其成为右大臣近卫忠熙的养女，并在当年成功成为德川家定的正室，如果有想要了解笃姬的，可以选择观看2008年有宫崎葵主演的大河剧《笃姬》。
安政四年(1857年)，作为岛津齐彬盟友的老中首席阿部正弘去世。随着阿部正弘的去世，幕府内部的保守派势力开始抬头，并逐渐掌握了幕府的实权，并在安政五年(1858年)强力推举彦根藩藩主井伊直弼就任幕府大老一职，随着井伊直弼就任大老一职，其利用自己的地位，发动强权确立了纪州藩藩主德川庆福为下一任将军（同年即位为第十四代将军），并开始大举镇压作为反对派势力，最终“一桥派”的多位大名被处以谨慎隐居处罚，尊王攘夷派等势力也受到了极大的影响，牵连者达到100人以上，是为“安政大狱”。
面对井伊直弼的铁幕政策，远在萨摩的岛津齐彬决定率领5,000藩兵上洛进行武力抗议。但是，在出发前的阅兵过程中，岛津齐彬突然病倒，不久去世，享年50岁，由于岛津齐彬死的过于突然，且事件节点特殊，所以有说是死于中毒。
由于当时除了六子哲丸以外，岛津齐彬的儿子均已夭折，因此其死前将家督之位传给了养子岛津忠德（岛津久光长子）继承，并将三女岛津暐子指婚给岛津忠德，希望待到哲丸成年后再由其继承藩主之位，由此岛津忠德成为了萨摩藩第十二代、也是末代藩主。（很可惜的是次年岛津哲丸夭折，岛津齐彬的男性血脉宣告断绝）
岛津忠德继任之时还十分年轻（19岁），所以由其祖父岛津齐兴担任后见役辅佐其处理藩政，由此萨摩藩内的保守势力也开始抬头，在这一时期齐彬的心血“集成馆事业”被缩减，再加上当时正处在安政大狱之时，使得萨摩藩内的进步势力大受打击，不过在但是岛津齐兴保护了西乡隆盛等人这点还是值得称道（岛津齐彬死后西乡隆盛一度自杀未遂，之后又因安政大狱遭到通缉）
安政六年(1859年)，担任岛津茂久监护人的岛津齐兴去世，享年69岁.随着岛津齐兴的去世，作为岛津忠德生父的的岛津久光开始扩大其在藩内的影响力，并逐渐掌握了萨摩藩的藩政，到了文久元年(1861年)之时，岛津久光正式回归本家，开始在藩内受到“国父”的礼遇，之后更是被尊称为“副城公”，成为萨摩藩的实际掌权人。
在岛津久光扩大权力的过程中，他逐渐受到大久保利通等人的影响，思想发生转变，开始重用小松清廉(带刀)、中山尚之介等人，并于由大久保利通、税所笃、伊地知贞馨(堀仲左卫门)、岩下方平、海江田信义、吉井友实等中下级藩士组成的有志团体“精忠组”达成一致，开始延续兄长齐彬的政策，不过要指出的是他西乡隆盛的关系却始终不睦，更是在文久二年(1862年)将西乡隆盛流放到了远岛之上(最初是德之岛，后改为冲永良部岛)，一直到元治元年（1864年）才赦免西乡隆盛。
文久二年(1862年)，伍德索普·查尔斯·克拉克、查尔斯·雷诺克斯·理查德森、威廉·马歇尔、玛格丽特·博洛代尔等四名外国人由于不懂得日本的礼仪在武藏国橘树郡生麦村冲撞了岛津久光的队列，遭到了岛津家的家臣奈良原喜左卫门、海江田信义等人的攻击，最终造成1人死亡，2人受伤的结果，是为“生麦事件”。
“生麦事件”发生后，英国虽然得到了幕府10万英镑赔偿金，但是仍然对萨摩藩不依不饶。为了逼迫萨摩藩，更是于文久三年(1863年)派出七艘军舰组成的舰队向萨摩藩发起了进攻，炮击了鹿儿岛城，萨摩藩的近代工厂研究所·集成馆被破坏，面对英国的经过，萨摩藩发起总动员对来犯英舰予以回击，此战虽然萨摩损失不小，但是英国也付出了惨痛的代价，其舰队一艘战舰重伤，两艘中伤，包含舰长副舰长一共死伤了63人。
文久三年(1863年)，为抑制以长长洲藩为首的尊攘激进派，萨摩藩联合会津藩、中川宫（久迩宫朝彦亲王）、近卫忠熙、忠房父子等公武合体派，发动了“八月十八日政变”，解除长州藩兵担任警卫皇宫的任务，并将其逐出京都，之后三条实美、壬生基修、锦小路赖德等七名尊攘派公卿不得不逃奔长洲藩，即“七卿流亡”。
“八月十八日政变”后，长州藩丧失了政治上的主导权，但日本朝廷仍然继续攘夷的政策，元治元年（1864年）受到“天狗党之乱”的影响，日本各地的尊皇攘夷派期望长州藩复返京都的呼声逐渐高涨，使得长州藩内的激进派又开始抬头，加之当年发生池田屋事件，最终促成激进派以"向天皇陈诉藩主的冤罪"为名起兵上洛，引发“禁门之变”，在禁门之变中萨摩藩、会津藩与长州藩进行了激烈的交战，并最终击败了长州藩的军队。
“禁门之变”后，长州藩被指定为朝敌，在求得朝廷发布征讨长州的敕命后，幕府动员35个藩，总计15万兵力发动了第一次长州征伐，从艺州口、石州口、大岛口、小仓口、萩口五个方向向长州藩发动了进攻，其中萨摩藩作为进攻萩口先锋行动，在此过程中萨摩藩与长州藩之间的关系有所改善，并帮助长州藩进项了斡旋，最终长州藩以三家老(国司亲相,益田亲施,福原前僴)切腹和四参谋(穴户真正澄,竹内正兵卫,中村九郎,佐久间左兵卫)斩首为代价向幕府表示降服。
庆应元年（1865年），长州藩的高杉晋作等发动政变，打倒了藩内的保守派，使得长州藩再次确立了倒幕的主张，使得第十四代将军德川家茂决定再次征讨长州。但是在战事开始前的庆应二年（1866年），在脱藩的原土佐藩士坂本龙马与中冈慎太郎等人的斡旋，萨摩藩和长州藩在京都萨摩藩邸内缔结秘密盟约，因此萨摩藩拒绝出兵长州，最终第二次长州征伐以幕府军大败而宣告结束。
PS：萨长盟约以坂本龙马为中间人，萨摩藩的代表为西乡隆盛和小松带刀，而长州藩的代表则是木户孝允，盟约共分六条：
一、开战后萨摩派二千余兵上京与驻京之兵合流，稳住京都大阪要害之地。
二、若长州看似有胜算时，萨摩负责向朝廷进言。
三、万一看似要败，长州一年半载也不至于毁灭，这之间萨摩也必须尽力。
四、与幕府的战争结束后，萨摩一定要对朝廷诉说长州冤枉。
五、若土佐、一桥、、会津、桑名等藩一定要怂恿朝廷、违背正义，再三进言也无用的话，只能决战。
六、洗清冤屈后，双方诚心实意为国家粉身碎骨尽力。
庆应三年(1867年)，在中冈慎太郎的斡旋下，萨摩藩又与土佐藩签订“萨土讨幕密约”，缔结了武力讨幕的军事同盟，倒幕同盟进一步扩大。
同年（7月），第十四任幕府将军德川家茂去世，一桥庆喜继任将军之位，改名德川庆喜，一桥派的夙愿终于达成，于是对幕府还存在幻想的萨摩藩（岛津久光）与越前福井藩（松平春岳）、土佐藩（山内容堂）、宇和岛藩（伊达宗城）在京都召开“四侯会议”，与德川庆喜就兵库开港和长州藩处置等进行了磋商，但是会议最后以失败而告终，受此影响，让萨摩藩进一步确立了武力倒幕主张。
同年（11月），萨摩藩接到朝廷讨幕的密敕，使得讨幕正式合法化，但是当月德川庆喜突然实施了“大政奉还”，由此朝廷开始实行“王政复古”，但是“大政奉还”仅仅只是缓兵之计，日本朝廷表面上获得了权力但是其实实权仍然掌握在幕府手里，使得王政复古成为了空谈。
随着王政复古的失败，为了讨幕萨摩藩开始通过雇佣流氓地痞作乱的方式对幕府进行挑衅，最终迫使幕府出兵讨伐萨摩，以此为契机武力倒幕正式拉开了序幕。
庆应4年(1868年)，由萨摩藩和长州藩组成的新政府军约5,000人与幕府军约15,000人在鸟羽、伏见进行了首次交战，是为鸟羽·伏见之战，此战最终新政府军以少胜多击败了幕府军。
随着新政府军在鸟羽·伏见之战取得胜利，朝廷和许多还在观望的藩国也迅速表面了倒幕的立场，而幕府及佐幕势力则被认定为叛军，德川幕府瞬间变得摇摇欲坠，最终在戊辰战争后于当年彻底倒台，结束了其对日本长达260余年的统治。
德川幕府倒台后，在戊辰战争中立下大功的川村纯义、野津镇雄、伊集院兼宽等为代表的的下级武士势力开始抬头，并最终掌握了萨摩藩的藩政。
明治二年(1869年)，岛津久光因明治维新的功绩获得赏典禄10万石，并在之后的明治四年(1871年)，从岛津氏内分家，成立玉里岛津氏。
明治四年（1871年），废藩置县后，萨摩藩被改称为鹿儿岛县。
明治五年（1872年），琉球被从鹿儿岛县内划出，单独成立琉球藩设置后，成为政府的直辖领地。
明治六年（1873年），明治政府内部爆发了“征韩论”之争，最终以大久保利通、岩仓具视为首的归国派成功说服明治天皇颁旨反对即时征韩，主张征伐朝鲜（韩）的西乡隆盛被迫下野返回故乡鹿儿岛，是为“明治六年政变”（征韩论政变），政变发生后，西乡隆盛自感意见不被采纳，在新政府中备受排挤于是愤而辞官回乡，而许多当时在政府内担任职务的萨摩藩士族也跟随西乡隆盛返乡。
明治七年（1874年），为了约束在明治六年政变后下野的归乡的士族，西乡隆盛于在藩内开设私学校，该校为一所军事学校，其授课内容包括了炮术等军事学科。
明治九年（1876年），明治政府颁布废刀令和实施秩禄改革，彻底废除了延续了数百年来旧武士阶级的带刀、俸禄等特权。造成各地士族的极大不满，并最终引发了神风连之乱、秋月之乱、萩之乱等士族的武装叛乱。随着各地叛乱不断，使得新政府对于当时保留有最强战斗力的旧萨摩士族的不信任感进一步加深，接连在萨摩做了许多小动作。
明治十年（1877年），随着旧萨摩藩士族发现新政府在派人运输军火库的武器弹药后攻击了鹿儿岛火药库，被誉为最大士族叛乱的“西南战争”正式拉开了序幕，叛军推举西乡隆盛为首领，分成7个大队，共计3万余人，在九州多地向新政府发起了进攻，而新政府对于此次叛乱早有预见，集结了6万余人的部队参加了平叛，最终在历时7个多月的战事之后，叛乱以失败而告终，作为维新三杰之一的西乡隆盛也自杀身亡。
明治十一年（1878年），维新三杰中的另一位大久保利通遭暗杀身亡。
明治十七年(1884年)，《华族令》颁布，岛津忠德被授予公爵爵位，列入华族之中，而岛津忠德的生父岛津久光也因为遭倒幕中的巨大功绩受封公爵爵位，在当时受封的十一个公爵中萨摩岛津氏一家占据两个席位，一时风光无两。
历代藩主