1984年，乔丹在首轮第三顺位被公牛队选中，传奇的职业生涯就此开始。在公牛队效力的13个赛季，乔丹率领球队六次杀进总决赛，而且六次都夺冠了，毫无疑问，乔丹是公牛队队史第一人，然而退役后，他们却变成了老死不相往来的关系。
皮蓬曾经也和公牛队的管理层有矛盾，但是后来和解了，皮蓬还曾在退役后进入公牛队的管理层工作，但是乔丹自从退役后就没去过公牛队的主场，没有和公牛队产生任何联系，2001年他复出时，他选择的是奇才队，而不是公牛队，可见他和公牛队的矛盾并没有随着时间的推移出现缓和，这世间没有无缘无故的恨，乔丹和公牛队之间到底发生了什么？
乔丹和公牛队的矛盾归根结底是他和球队总经理杰里-克劳斯的矛盾，为什么一个总经理敢和已经封神的乔丹叫板呢？一方面，他背后有老板撑腰，老板站在他这边。另一方面，他确实为球队建设做出了重大的贡献，以下是他的神操作：
1987年克劳斯上任的第二年，就聘请来了后来的总冠军教头菲尔杰克逊出任助理教练，同年选来10号新秀“眼镜蛇”霍里斯·格兰特，并从超音速队换来新秀皮蓬，于是，乔丹、皮蓬和格兰特，公牛王朝的第一个“三角战术组合”成立。
1989年，扶正菲尔杰克逊为主帅，完成公牛王朝核心成员的组合，让公牛队在1990-1991赛季开始拿下第一个总冠军，开启第一个三连冠。
1993年引进“欧洲魔术师”托尼-库科奇，1995年慧眼识珠，签下有很多问题许多球队不想要的球员罗德曼，和乔丹皮蓬组成“铁三角”，同时引进了科尔、哈珀等球员，这几位都是公牛队第二个三连冠的重要成员。
可以发现，克劳斯的这些操作为公牛队完成两次三连冠做出了巨大的贡献，所以深得老板的信任，不管做什么决定老板都站在他这边，导致克劳斯的权力很大，与球员的矛盾也渐渐出现了。
克劳斯觉得自己功高盖世，经常打压球员，压榨球员的价值，球队夺冠球员的功劳最大，但是他喜欢往自己脸上贴金，经常在球员面前说不是球员夺冠，而是管理层夺冠，这让许多球员非常不满，乔丹和皮蓬更是和他站在了对立面，克劳斯经常赞美来自欧洲的库科奇，乔丹和皮蓬就在奥运会上联手锁死库科奇，让即将加盟公牛队的库科奇一脸懵逼。
当然，如果仅仅是因为克劳斯抢功劳乔丹就和他势不两立那未免也太小气了。让我们把时间拉回1997年的休赛期，当时公牛队刚刚拿到第五个总冠军，正在为了第六个总冠军、第二次三连冠努力，但是克劳斯已经着眼球队的未来，为了改善球队老龄化问题，并为了乔丹老去做准备，他密谋用皮蓬作为交易筹码换来麦迪，并且试图把和自己有矛盾的主帅菲尔杰克逊扫地出门。
乔丹得知后非常愤怒，立即叫停了这笔即将发生的交易，他表示如果交易走皮蓬和将禅师扫地出门的话那他就不再为公牛队效力，但是克劳斯也是一个非常强势的人，他不想向乔丹妥协，双方闹得不可开交，最后老板出面调解，才有了1998年夺冠的故事。
不过夺冠并没能阻止克劳斯执行自己想法的决心，他在休赛期交易走了皮蓬，菲尔杰克逊也走了，多位夺冠功臣都走了，乔丹最好的朋友查尔斯-奥克利也走了，乔丹对克劳斯、对公牛队彻底寒心，加上劳资协议久久无法达成，最终乔丹选择退役。
退役后乔丹希望能进入公牛队的管理层，并且希望拥有球队的一小部分股份，作为队史贡献最大的球员，他觉得自己有资格得到这样的待遇，当年魔术师也得到了湖人队的股份，但是公牛队的管理层不像湖人那么有人情味，拒绝了乔丹的请求，老板始终只把球员当成赚钱的工具，球员是低于老板一级的，不能平起平坐，这让乔丹始终无法忘怀。
后来乔丹得到奇才队的一点股份，再后来买下了现在的黄蜂队，成为了NBA球队的老板，他的这些行为都是对公牛队老板最好的回击。乔丹是个好胜心极强的球员，一直在努力争口气，公牛队曾是他最爱的球队，但是心中的傲气致使他退役后不再踏进公牛主场一步。