元兴元年三月五日，也就是在桓玄进入京师的第二天，就有人举报会稽王司马道子酗酒、不孝，按照法律，应当被斩首。在桓玄的授意下晋安帝下诏，将司马道子流放到安成郡，斩杀司马元显及其包括世子东海王司马彦璋在内的六个儿子，斩杀谯王司马尚之、前豫州刺史庾楷父子、张法顺、太傅从事中郎毛泰及其弟弟游击将军毛邃、太傅参军荀逊、吏部郎袁遵等人；将司马尚之的二弟、丹阳尹司马恢之，其三弟、辅国将军司马允之，毛泰的四弟、太傅主簿毛遁流放到广州。
对于流放到外地的司马道子等人，桓玄当然不会放心，司马道子等人在流放途中就被押送的人员诛杀，司马道子死时年仅39岁，司马元显年仅21岁。
司马道子一党顷刻之间土崩瓦解，桓玄随即将矛头指向了刘牢之。其实，几乎在处置司马道子等人的同时，桓玄任命其堂兄桓修为徐州、兖州刺史，就已暴露出他要处置刘牢之的决心。
在任命桓修的同时，桓玄改任刘牢之为征东将军、会稽内史。仅仅从名号上看，由镇北将军到征东将军，刘牢之是受提拔了。但关键是刘牢之失去了北府军队。而且会稽作为对付孙恩义军的最前线，再也不是什么富庶之地了。接到这一任命后，刘牢之说∶“刚开始就要夺去我的兵权，我将要大祸临头了!”然而，此时刘牢之的儿子刘敬宣还在桓玄手中，况且桓玄刚刚取得大胜，刘牢之不敢轻举妄动。刘敬宣对桓玄说，让自己回到父亲身边，劝说父亲接受任命，桓玄竟然同意了。
桓玄住在司马道子的相府，刘敬宣对相府的地形非常熟悉，他回到父亲身边后，即与父亲商量偷袭桓玄，两人商定以后，刘敬宣又回到了相府，准备里应外合。可是，第二天一大早却出现大雾，相府没有按时开门，直到日上三竿以后，相府才开门，因此，刘敬宣没有按照约定的时间从相府中脱身。而刘牢之却以为是两人的阴谋泄漏了，刘敬宣可能已被桓玄逮捕，于是，他赶忙率军从京师转移到城外北郊的班渎。
方寸已乱的刘牢之将手下的幕僚、将佐全部集中起来开会，在会上商议割据长江以北，与桓玄对抗。此时，刘敬宣已从京师逃出，刘牢之让他去京口接出家眷，但刘敬宣再次耽误了约定日期。刘牢之误以为刘敬宣及全家已被刘袭所杀，他惊慌失措，率领私人卫队向北逃窜。行至新洲，众叛亲离的刘牢之精神崩溃，选择了自缢而死。不多久，刘敬宣就赶到了，他看到父亲已死，没有时间去哭吊父亲，匆匆忙忙地逃奔高雅之。
逃到广陵的刘敬宣，与高雅之、司马休之一起继续北逃。一行人带着家眷，辗转来到后秦占领的洛阳，各自向长安派出子弟作为人质，请求姚兴发兵消灭桓玄。然而，此时的姚兴根本无力兼顾东南，他允许司马休之等人在后秦刚刚占领的黄河与淮河之间招募军队。司马休之等人招募了数千人的军队，又返回到彭城附近，继续招集北府旧部，准备报仇。
对桓玄来说，一切都进行得十分顺利。更让桓玄高兴的是，就在他刚刚拿下京师之时，孙恩竟然在进攻临海不胜的情况下，又跳海而死了。在桓玄看来，自己可谓是顺风顺水。志得意满的他，改任太尉、都督中外诸军事、扬州牧，兼豫州刺史，总百揆，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。又任命皇帝的弟弟司马德文为太宰，大赦，并改元为大亨。
来到建康不足一月时间，桓玄就办了这么多大事，随后，他打算效仿其父桓温，住在京师附近的姑孰。
自孝武帝司马曜死后，东晋政局一直处于风雨飘摇中。先是王恭起兵，后是孙恩之乱，桓玄崛起，司马道子被杀，百姓早已厌倦了战争，一心指望着桓玄能够让百姓安定。桓玄刚刚抵达京师的时候，拨乱反正，诛杀了司马道子父子及其党羽，一扫司马道子父子贪婪、昏庸的做法，让东晋朝堂的面貌为之一新。然而，桓玄诛杀司马道子父子，仅仅出于党争，而非为社稷。因此，桓玄执掌朝廷大权以后，与司马道子父子一样，穷奢极欲，大兴土木，朝令夕改，独断专行。