1950年，叶飞陪同陈毅（前）在福建前线云顶指挥所视察。
五
1949年8月24日，福建省人民政府、人民解放军福建军区奉令成立，叶飞任省政府副主席、福建军区司令员。1950年初，经中共中央批准，叶飞任中共福建省委常委（次年为第一副书记、书记）。从此，叶飞作为福建省党政军主要领导人，领导了福建的社会主义革命和建设。
1955年2月，在福建省人民代表大会第一届二次会议上，叶飞被选为省长。同时，继续兼任省委书记。4月，任南京军区副司令员兼福建军区司令员和政治委员。9月，人民解放军实行军衔制，叶飞被授上将军衔，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。
1950年初，福建省人民政府主席张鼎丞（中）、副主席叶飞（左）、陈辛仁在福州合影。
1956年6月，中共福建省第一届代表大会第一次会议在福州召开，叶飞被选为省委第一书记。8月，叶飞任福州军区司令员兼政治委员（1957年9月免兼司令员）。9月。叶飞被选为中共第八届中央候补委员。
1958年8月，由毛泽东亲自“点将”，叶飞以福建前线陆海空三军总指挥的身份指挥了炮击金门战斗。战斗于23日下午打响，前线各部队459门大炮同时开火，猝不及防的金门国民党军仓皇还击。炮战持续两个多小时，解放军发射炮弹3万余发，毙伤国民党军中将以下官兵600余人，停泊在料罗湾的舰只、金门岛内上的工事、阵地，均被严重破坏。此后，打打停停，停停打打，大规模的炮击一直持续到9月中旬。这次炮击金门，引起了全世界的关注，调动了美国的军事力量，支援了中东人民的反侵略斗争，同时也粉碎了美国企图侵占台湾的阴谋。
1959年4月，叶飞任第二届国防委员会委员。1961年2月，叶飞任中共中央华东局书记处书记。1965年1月叶飞任第三届国防委员会委员。
1950年在上海合影。左起：王必成、粟裕、叶飞、陶勇。
1966年8月，在中共第八届十一中全会上，叶飞被递补为中央委员。但不久即被诬为“福建走资本主义道路的当权派”，遭到冲击、监禁，无法主持工作。1967年初，国务院总理周恩来经请示毛泽东同意，以接叶飞进京治病为名，指示福州军区将叶飞送到北京。到北京后，酷爱读书的叶飞，充分利用这一机会反复研读了《马克思恩格斯全集》、《列宁选集》、《毛泽东选集》等经典著作，苦苦钻研在中国建设社会主义的理论问题。
1973年6月，经毛泽东批示，叶飞被解除“监护”，并在8月召开的中国共产党第十次全国代表大会上被选为中央候补委员。由毛泽东提名，在1975年1月召开的第四届全国人民代表大会上，叶飞被任命为国务院交通部部长。
上任交通部领导岗位后，叶飞亲自主抓了买船、建港、援外和落实政策等重要工作，并在邓小平支持下，大力开展整顿。针对交通部机关一方面有大量工作无人干，一方面大批部、局领导被不明不白隔离、“靠边站”，无事干的突出问题，叶飞顶住压力，首先为被无端打成“叛徒”、关押3年多的副部长彭德清彻底平反，恢复了副部长、党组成员职务，恢复工作。之后，又大胆起用蒙冤、落实政策问题尚未解决的周惠任机关党委代理书记，先后“解放”了刘亚雄、马辉之、王西萍等部、局领导，使交通部党组领导力量得到了加强。
20世纪60年代，叶飞与空军司令员刘亚楼（左）接见击落U-2飞机有功人员。
叶飞到交通部上任之初，周恩来、邓小平在谈话中都向他提出，要抓紧时机购买一部分运输船，发展自己的远洋船队，尽快结束租用外轮受制于人的局面。此时，窃据高位的张春桥、江青等等人，正抓住所谓“风庆轮事件”，对“买船”大加挞伐，含沙射影地大批“崇洋媚外”、大批“当代李鸿章”。叶飞看到了问题的复杂性，但更深切地感到，适应国家外贸运输的需要，必须尽快建立一支一定规模的远洋船队，而这单纯依靠国内造船，在短期内是完全不可能的。经过反复思考、研究，他于7月31日签发了《关于继续利用贷款买船及有关问题的请求》，明确陈述了买船的必要性，详细开列了1975年至1978年3年内拟买船舶的吨位、经费借贷方向及成立购船领导小组等事宜。中共中央、国务院领导对交通部的请示非常重视，叶剑英、邓小平、李先念等很快批准了这一请示，江青、张春桥、王洪文等人，迫于形势也圈阅表示同意。这年下半年，叶飞从部远洋局和部属香港招商局选调一批专家，成立了买船小组。年内，通过向香港的中国银行供求买船200余艘、吨位400多万吨。整个1975年，江青等人导演的“风庆轮事件”都在紧一阵慢一阵的鼓噪，而交通部的远洋船队则不动声色地翻了一番，初步改变了远洋运输主要靠租用外轮局面。
1977年9月9日，毛泽东逝世。叶飞接过中共中央关于收听《中共中央、人大常委会、国务院、中央军委告全党全军全国各族人民书》广播的通知，未曾看完已热泪盈眶。几个月前，叶飞已经知道毛泽东病重、病危，他看透了“四人帮”为非作歹徒，妄图篡党篡国的狼子野心，为中国向何处去而悲痛、忧虑、焦急。10月6日，粉碎“四人帮”的喜讯传来，叶飞卸掉思想重负，全身心投入到工作中去，按照国务院领导“以水补铁”的要求突击大抓水上运输，使当年全国交通运输基本上完成了任务。
1953年，叶飞（前）视察福建厦门海堤工程。
1979年2月12日，中共中央军委任命叶飞为海军第一政治委员，同时任海军党委第一书记。上任后，叶飞根据邓小平首先要解决海军党委不振作，内部不团结、不协调问题，再抓好海军发展方向，恢复我军雷厉风行、严格作风问题和要害部门人选问题的指示，首先以弄清在“文化大革命”中受到打击迫害的军以上干部问题为突破口，解决党委“不振作”问题。4月20日，叶飞以海军党委第一书记的身份签发了到海军的第一份党委文件《关于为萧劲光、苏振华、杜义德、刘道生等彻底平反的决定》，为在“文化大革命”中受到打击迫害的萧劲光、苏振华、杜义德、刘道生、卢仁灿、梅嘉生、邓楚白、饶守坤、郭炳坤、康志强、方正平、傅继泽等人彻底平反，为被迫害致死的陶勇、张学思、雷永通、李呈瑞、齐勇等人彻底昭雪，完全恢复名誉。7月20日，海军党委常委扩大会议在青岛召开，研究关于实践是检验真理唯一标准讨论补课问题，讨论拟定海军建设十年发展规划。邓小平在军委常委粟裕陪同下接见出席会议全体人员，并作重要讲话。叶飞在总结讲话中说，邓副主席的讲话，明确提出了海军建设的方针、任务，传达贯彻这次会议精神，最根本的就是要传达、学习、贯彻好邓副主席的讲话。
1980年1月，中共中央军委对海军领导班子进行调整，叶飞由第一政治委员改任司令员。海军政委暂时空缺，由叶飞主持全面工作。由于长期工作劳累、旅途辛劳，5月6日上午，叶飞在看望东海舰队机关部队团以上干部大会上讲话时，突发心肌梗塞，经紧急抢救，6月初被接回北京治疗。
1982年初，中央和军委首长根据他的身体情况，同时考虑到随着改革开放的深入，侨务工作量越来越大，也需要有得力的人去做，便提出将叶飞调出海军，到人大主管侨务工作的方案。总政领导专门找叶飞谈话征求意见，叶飞虽然舍不得离开部队，但仍坚决服从了组织决定。