影响新冠病毒核酸检测灵敏度的技术环节

——不可“混检”,但正常检测环节中核酸的稀释或折损也不容忽视

杨瑞锋

北京大学人民医院,北京大学肝病研究所;丙型肝炎和肝病免疫治疗北京市重点实验室;国家感染性疾病临床医学研究中心分中心

近期国内数家新冠病毒核酸检测实验室被曝存在违规的“混检”操作,将n个咽拭子样本各取1/n的体积,混在一起进行提取和逆转录(RT)-PCR。此般“骚操作”可节省试剂成本,降低劳动强度,但会导致检测灵敏度降低,增加“假阴性”风险,影响防疫,因此,实验室管理者也受到了处罚。

“混检”属违规操作,实属不该,但另一方面,新冠病毒核酸检测又有其特殊性。它并非像HBV、HCV和HIV等血源性病毒那样“现成”、均匀地分布于血清或血浆等液态样本中,而需通过拭子(主要为鼻咽或口咽拭子)沾取患处,将其浸没于保存液,让沾染于拭子上的病毒落于其中,接着,通过吸取一部分保存液来提取核酸,之后再吸取一部分核酸模板液进入RT-PCR体系。实际上,诸多环节都伴随核酸的稀释或折损,见下图(图中数据皆为举例说明)。

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假设咽拭子沾取到了1000拷贝新冠病毒RNA,最后能进入RT-PCR体系的病毒可能只剩几个拷贝(见上图),一通操作猛如虎,却伴随核酸惊人的损耗(>99%)。这也就解释了为何个别患者感染新冠病毒,却十有八九测到“阴性”结果;同时也提示,新冠病毒核酸检测的环节更多,更难实现检测的标准化,结果的不确定度更大,所以往往需要多次检测。

我们可用国际主流的CoabsTaqman HCV RNA高敏检测平台作为对比——取500μL血清或血浆,提纯得到HCVRNA模板65μL,取50μL加入RT-PCR体系,总反应体积为100μL。可见,除了提取过程中损耗的一部分HCVRNA,大部分RNA都可投入RT-PCR,可实现高敏核酸定量检测,同时,大体积的操作,也更有利于保证结果的可重复性。

针对新冠病毒核酸检测的每一环节,笔者给出几点有助于提升检测灵敏度的建议,尤其可考虑应用于新冠高风险人群的筛查:

1.减少病毒保存液体积,提高病毒浓度。当前病毒保存液体积通常为3mL,这是单人单检的体积(10或20“混采”的保存液体积更大),毫无疑问,过量的保存液会稀释病毒,实际上,有效淹没咽拭子即可,管子也不必做得那么粗壮;保存液体积压缩一半,即可提前1个循环阈值(Ct)值;若体积压缩到1/10,更可提前3.32个Ct值。不过,保存液体积减少,可能会变得粘稠,提取时,需保证蛋白被充分消化和裂解,而不至于影响RNA的提取。

2.震荡以使咽拭子上的病毒充分脱落于保存液中。静滞的咽拭子不利于病毒脱落,病毒也不易均匀分布在保存液中。若采用自动化吸样装备,枪头只吸取表层保存液,更易漏取病毒。然而,在实践中我们发现,在样本量大的时候,这种操作细节其实非常容易“被迫”省略。

3.增加核酸提取的上样量。当前提取试剂取约200μL保存液用于核酸提取,而国际主流的提取血清或血浆HBV/HCV/HIV核酸的上样量可达400μL甚至更多。若将上样量增加至400μL,即可提前1个Ct值。

4.提高核酸得率。磁珠法提取核酸的得率不及过柱法。不过,为了便于自动化,大都采用磁珠法提取核酸。内部对照(IC),特别是外源性IC,可用于监控核酸提取效率,但目前判断新冠病毒核酸提取效率的指标往往是IC有扩增曲线即可,很少要求Ct值或Ct均值须落入某一狭窄的区间以精确监控提取效率。

5.减少洗脱液体积,提高模板RNA浓度。例如,若能将洗脱液从100μL缩至50μL,可提前1个Ct值。

6.增加投入RT-PCR体系的RNA模板液比例。例如,若将RNA模板从5μL增加至10μL而体系总体积不变,可提前1个Ct值;若能增加至20μL,则可提前2个Ct值,以此类推。当然,前提是提纯技术要过关,RNA要够纯,否则加大模板体积,会带入各种阻碍RT-PCR反应的物质,适得其反。

7.增大RT-PCR反应体系。当前的新冠核酸RP-PCR体系总体积多为25μL,增大体系有利于投入更多的模板RNA参与反应,统计学上讲,也有利于提高痕量核酸被扩增的概率,但试剂成本也相应会增加。

医学检验的落脚点往往是社会经济学,需要在追求灵敏度和成本效益之间做到平衡。即使如此,我们仍应意识到存在影响灵敏度的技术环节,提示我们应专注技术,保持匠心,争取实现新冠病毒和HBV、HCV和HIV一样的“高敏”、标准化核酸检测,为抗击疫情提供更有力的技术保障。

感谢滦南县医院检验科朱学良对本文提出建议。

编辑:笪文武 审校:陈雪礼