5月3日晚，上海市经信委发布了上海市工业企业复工复产疫情防控指引（第二版），在第一版指引的基础上作出修订。指引共分为六个方面，包括落实疫情防控责任、实施场所分区分类管理、强化企业员工管理、加强物流管理和防疫物资储备、做好安全生产和应急处置预案、加强对复工复产企业的服务等。
对比第二版与第一版指引，除了第六方面加强对复工复产企业的服务为全新版块，其他五个方面内容例如场所分区分类管理、员工管理等方面也有更新。例如，在第二版指引中，企业可以按照绿区正常生产、蓝区新进入人员观察、黄区密接或次密接、红区有感染情况等设置不同风险区域，各区做到互相隔离。同一等级区域要划小管理单元，减少不同区域人员的流动接触。企业根据所在区的区域划分，按照封控区、管控区、防范区相应管理要求，落实核酸和抗原筛查。在加强对复工复产企业的服务方面，第二版指引共增加了5条新内容。
例如，符合疫情防控条件的企业可向所在区复工复产牵头部门或相关单位申请"复工证"。返岗人员可在随申办APP上使用"复工证"，向居住地居村委展示"复工证"，"复工证"同时显示人员身份证、单位用工证明、核酸证明等有效信息。居村委经核对身份证，确认所住楼栋7天内无阳性、加做抗原检测阴性即可放行。企业可联系安排客车或出租车等组织员工返岗。对于符合疫情防控条件的中小微企业，加强协调，做好服务。
符合疫情防控条件的企业可向所在区复工复产牵头部门或相关单位申请跨省运输通行证。驾驶员可在随申办APP上申请签发全国统一式样的《上海市重点物资运输车辆通行证》（电子证），开展生产物资等跨省运输。企业履行主体责任，加强通行证管理，不能违规使用，一经发现，列入黑名单，通报处理并给予相应处罚。
指引提出，封闭生产企业可向所在区复工复产牵头部门申请轮换已复工复产人员，相关人员可凭48小时核酸阴性，进小区前加测1次抗原，如阴性可回小区。有条件的区可结合防范区的调整扩大，适时启动防范区内员工由无疫小区至无疫厂区、园区或楼宇的"点对点"半封闭管理，员工可通过班车通勤。